水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析

水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 达分析刘鑫　张恒　阚虎飞　周立帅　黄昊　宋林林　翟焕趁　张君　鲁国东∗(福建农林大学功能基因组学研究中心,福州３５０００２;∗通讯联系人,EＧmail:gdlufafu＠１６３．com)BioinformaticandExpressionAnalysisofRiceUbiquitinＧconjugatingEnzymeGeneFamilyLIUXin,ZHANGHeng,KANHuＧfei,ZHOULiＧshuai,HUANGHao,SONGLinＧlin,ZHAIHuanＧchen,ZHANGJun,LUGuoＧdong∗(TheFunctionalGenomicsCenter,FujianAgricultureandForestryUniversity,Fuzhou３５０００２,China;∗Correspondingauthor,EＧmail:gdlufafu＠１６３．com)LIUXin,ZHANGHeng,KANHufei,etal．BioinformaticandexpressionanalysisofriceubiquitinＧconjugatingenzymegenefamily．ChinJRiceSci,２０１６,３０(３):２２３Ｇ２３１．Abstract:Theubiquitin/proteasomesystemplaysanimportantroleinplantgrowthanddevelopment,morphogenesisanddiseaseresistance．Recentstudieshaveshownthatsomepathogenscanmimicthehostplantubiquitin/proteasomesystemcomponentstoachievetheirownpurposes．UbiquitinＧconjugatingenzymeisthesecondenzymeintheubiquitinationprocessandisindispensablefortheplantubiquitin/proteasomesystem．Previousstudiesshowedthatthereare４８predictedubiquitinＧconjugatingenzymegenesinricegenome．InordertopreliminarilyelucidatethefunctionsofriceubiquitinＧconjugatingenzymegenesinplantdiseaseresistance,bioinformatic,RNAＧseqandqRTＧPCRmethodswereusedtoanalyzecharacteristicsandexpressionpatternsofriceubiquitinＧconjugatingenzymegenefamily．Phylogenetictreeanalysesindicatethatthe４８riceubiquitinＧconjugatingenzymegenescanbedividedinto３groups,７subＧgroupsintotal．ProteindomainanalysisshowedthatubiquitinＧconjugatingenzymegenesmainlyconsistofabigubiquitinＧconjugatingenzymecatalyticdomain．ExpressionanalysisinsilicosuggestedthatmostofthericeubiquitinＧconjugatingenzymescanbeinducedbyblastfungusinfection．PlantcisＧactingelementsanalysisindicatedthatfourpathogenresistancecisＧactingelementsandonehypersensitivityreactioncisＧactingelementhavehighdistributioninthepromoterregionofthe４８riceubiquitinＧconjugatingenzymegenes．RNAＧseqdatafromcompatibleandincompatiblemonogenicriceafterriceblastfungusinfectionshowedthat４４riceubiquitinＧconjugatingenzymegeneswereexpressedat３６hoursaftertreatment,amongwhichmorethan５０％werehighlyexpressedgenes．qRTＧPCRanalysisshowedthatexpressionofsomeubiquitinＧconjugatingenzymegenescanbeinducedbytheinoculationofriceblastfungusbothincompatibleandincompatiblemonogenicrice．However,inincompatiblericetheexpressionofriceubiquitinＧconjugatingenzymegenestendstobeinhibitedafterriceblastfungusinoculation．Keywords:rice;ubiquitinＧconjugatingenzyme;ubiquitin/proteasomesystem;bioinformatics;Magnaportheoryzae;RNAＧseq;qRTＧPCR刘鑫,张恒,阚虎飞,等．水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析．中国水稻科学,２０１６,３０(３):２２３Ｇ２３１．摘　要:泛素/蛋白酶体系统在植物的生长发育、形态建成和抗病反应等过程中起着重要的作用.近年的研究表明,某些病原菌能够模拟寄主植物泛素/蛋白酶体系统组分,从而达到利用该系统为病原菌服务的目的.泛素结合酶是泛素化反应过程中的第二个酶,对植物泛素/蛋白酶体系统的正常运行不可或缺.已有的研究表明,水稻基因组数据库中存在４８个预测的泛素结合酶基因.为了初步揭示这些泛素结合酶基因在植物抗病防御反应中的功能,研究其与植物抗病性的关系.本研究通过生物信息学、RNAＧseq和qRTＧPCR的方法,分析了水稻泛素结合酶基因家族的特征及其表达模式.系统进化树分析表明,４８个水稻泛素结合酶基因可分为３个大组,总共７个亚组.蛋白结构域分析表明,水稻泛素结合酶基因主要由一个泛素结合酶催化结构域组成.电子表达谱分析表明,大多数水稻泛素结合酶基因能被稻瘟病菌诱导表达.启动子区顺式作用元件分析表明,４个抗病相关顺式作用元件和１个过敏性反应相关顺式作用元件在４８个水稻泛素结合酶基因的启动子区有很高的分布.稻瘟病菌接种亲和性和非亲和性水稻单基因系的RNAＧseq结果表明,处理３６h读取到的水稻泛素结合酶基因为４４个,其中高表达基因数量超过读取到的泛素结合酶基因总数的５０％.qRTＧPCR分析结果表明稻瘟病菌的侵染在亲和和非亲和组合中都能诱导部分水稻泛素结合酶基因的表达.在非亲和组合中水稻泛素结合酶基因的表达倾向于受到抑制.关键词:水稻;泛素结合酶;泛素/蛋白酶体系统;生物信息学;稻瘟病菌;RNAＧseq;qRTＧPCR中图分类号:Q７５５;S５１１􀆰０１　　　　　　　　　　文献标识码:A　　　文章编号:１００１Ｇ７２１６(２０１６)０３Ｇ０２２３Ｇ０９收稿日期:２０１５Ｇ１１Ｇ３０;修改稿收到日期:２０１６Ｇ０３Ｇ１６.基金项目:国家科技支撑 计划 项目进度计划表范例计划下载计划下载计划下载课程教学计划下载 资助项目(２０１３BAD１９B０３).３２２中国水稻科学(ChinJRiceSci),２０１６,３０(３):２２３－２３１http://www．ricesci．cnDOI:１０．１６８１９/j．１００１Ｇ７２１６．２０１６．５１７７　　植物泛素/蛋白酶体系统是细胞内蛋白质降解的主要途径,在植物的生长发育、形态建成和抗病反应等过程中起着重要的作用[１].近年的研究又表明,某些病原菌能够模拟寄主植物泛素/蛋白酶系统组分,从而达到利用该系统为病原菌服务的目的[２].泛素/蛋白酶体途径主要由泛素激活酶E１、泛素结合酶E２、泛素蛋白连接酶E３、蛋白酶体和去泛素化酶(DUBs)组成.反应的过程从泛素分子在ATP提供能量的情况下被E１激活开始,激活的泛素分子以硫酯键连接到E１上,E１进一步与E２结合,通过交酯作用将泛素分子转移到E２上,E２再与E３结合,而E３主要负责招募底物,就这样底物被泛素标记上了,之后被蛋白酶体降解成小段多肽.同时,在去泛素化酶的作用下,泛素分子重新回收利用[３,４].泛素化在植物的生物和非生物胁迫响应过程中扮演了重要角色[２Ｇ５].稻瘟病菌(Magnaportheoryzae)引起的稻瘟病是水稻的主要病害之一,其发生导致水稻产量大幅减少,严重时甚至颗粒无收[７].Zeng等[８]的研究结果表明,Spl１１是一个拥有泛素蛋白连接酶E３活性的植物细胞死亡和防御反应的负调节子,非亲和及亲和的水稻Ｇ稻瘟病菌互作都能诱导Spl１１的表达.Park等[９]的研究表明,稻瘟病菌效应蛋白AvrPizＧt通过作用于RING型E３泛素连接酶APIP６来抑制病原相关分子模式(PAMPs)触发的PTI反应.蒋春苗等[１０]从疣粒野生稻中克隆到一个泛素结合酶基因OmE２,并证明这个基因受白叶枯病菌诱导表达.这些研究说明,泛素/蛋白酶体系统在水稻抗病防御中有着重要的作用,但目前已有的研究多集中于E３泛素连接酶的功能.胡婷丽等[１１]综述了不同类型E３泛素连接酶介导的泛素化在植物抗病中的作用.杨玖霞等[１２]近来对E３泛素连接酶在植物抗病分子机理方面的调节作用进行了专 题 快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题 论述.相比之下,对于泛素结合酶E２在植物抗病防御反应中功能的研究则很少.我们前期的研究发现过表达水稻的一个泛素结合酶基因能够增强水稻对稻瘟病菌的抗性,相应的RNAi株系对稻瘟病菌的抗性减弱[１３].而已有研究表明,水稻基因组数据库中存在４８个预测的泛素结合酶基因,其中只有３９个含有有活性的半胱氨酸位点[１４,１５].拟南芥AtUBC１和AtUBC２基因参与开花抑制基因FLC的激活并抑制开花[１６].过表达拟南芥AtUBC３２基因使植株对盐胁迫的响应敏感度下降[１７].在拟南芥中过表达绿豆VrUBC１基因、花生AhUBC２基因或大豆GmUBC２基因能增强植株的抗旱性[１８Ｇ２０].在拟南芥中异位表达野生稻OgUBC基因增强了植株对灰葡萄孢及紫外线UVＧB辐射的抗性[２１].为了初步探讨水稻泛素结合酶基因在水稻抗病反应中扮演的角色,本研究通过生物信息学、RNAＧseq及qRTＧPCR的方法对该家族基因的特征及表达模式进行了初步研究.１　材料与方法１．１　水稻泛素结合酶基因序列的获取根据Hansol等[１４]的补充材料信息,从TIGR数据库(http://rice．plantbiology．msu．edu/)中下载到４８个水稻泛素结合酶基因的碱基序列和氨基酸序列[１４,２２].１．２　水稻泛素结合酶基因系统进化树的构建４８个水稻OsUBC基因的蛋白氨基酸序列通过MEGA５．０５软件的ClustalW算法比对,其中(gapＧopen)和(gapＧextensionpenalties)值分别设置为１０和０．１.比对完的序列用邻接法,bootstrap１００００次抽样来构建系统树.１．３　水稻泛素结合酶基因的结构域分析结构域分析由Pfam２７．０(http://pfam．xfam．org/)在线完成[２３].输入的是蛋白氨基酸序列,参数设置如下:CutＧoff选UseEＧvalue,EＧvalue值为默认的１．０.１．４　水稻泛素结合酶基因的电子表达谱电子表达谱数据来自NCBI中的GEOProfiles(http://www．ncbi．nlm．nih．gov/geoprofiles/)数据库中的microarray结果,人工统计分析.１．５　水稻泛素结合酶基因启动子区顺式作用元件聚类分析起始密码子上游１５００bp的序列来自TIGR数据库,应用的是水稻基因组浏览网页(http://rice．plantbiology．msu．edu/cgiＧbin/gbrowse/rice/),找到相应基因位点后,缩放到合适大小,然后点击Go按钮,在下载出来的序列中寻找对应基因的起始密码子序列并手动截取起始密码子上游１５００bp的序列.启动子区的顺式作用元件分析在PLACE网站(http://www．dna．affrc．go．jp/PLACE/signalscan．html)完成[２４,２５].聚类分析由Cluster３．０和JavaTreeView软件共同完成[２６].１．６　稻瘟病菌接种水稻后的转录组分析稻瘟病菌菌株Guy１１孢子悬浮液,浓度为１×４２２中国水稻科学(ChinJRiceSci)　第３０卷第３期(２０１６年５月)１０５个/mL,喷雾接种到３叶１心期的Pid２和Pid３单基因系上.于接种后３６h取样,提取植物总RNA,将符合要求的样品送至北京六合华大基因科技股份有限公司进行测序.RPKM(readsperkbpermilionreads)代表的是每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数[２７].１．７　稻瘟病菌侵染情况下水稻泛素结合酶基因的表达分析将浓度约为１×１０５个/mL的Guy１１孢子悬浮液接种到３叶１心期的Pid２和Pid３单基因系水稻幼苗上,于接种前(即０h),及接种后１h,３h,６h,１２h,２４h取样.提取植物总RNA,反转录,稀释到合适浓度进行qRTＧPCR定量分析.数据统计运用SPSS软件进行,显著性分析采用的是最小显著差数法(LSD),显著性水平０．０５.２　结果与分析２．１　水稻泛素结合酶基因的系统进化树分析系统进化树分析结果表明水稻泛素结合酶主要分为３个大组,其中Ⅰ大组包含４个亚组(ⅠＧa,ⅠＧb,ⅠＧc,ⅠＧd),Ⅱ大组包括３个亚组(ⅡＧa,ⅡＧb,ⅡＧc),Ⅲ大组可分成２个亚组———ⅢＧa和ⅢＧb(图１).第ⅡＧa亚组中只有２个基因,可能在进化过程中由同一个基因复制而来.２．２　蛋白结构域分析蛋白结构域分析结果表明,除了OsUBC３８之外,其余４７个水稻泛素结合酶基因都含有一个大的泛素结合酶催化结构域(UBCcdomain).除此之外,还零星分布有Lowcomplexity结构域.２．３　电子表达谱分析电子表达谱数据统计选取了生物胁迫因素１个,即稻瘟病菌的侵染;非生物胁迫因素１个,即盐胁迫;激素处理因素３个,即脱落酸、赤霉素、细胞分裂素;激发子１个,即寡聚糖几丁质.结果如表１所示,从中可以看出,除了OsUBC９、OsUBC１４、OsＧUBC１５和几个数据不可用的基因外,其他都能被稻瘟病菌的侵染诱导表达,这说明水稻泛素结合酶很可能在抵抗稻瘟病菌的侵染过程中发挥重要的作用.２．４　启动子区顺式作用元件的分析启动子区的顺式作用元件分析选取抗病相关顺式作用元件９个(S００００４２,S００００５６,S０００２３２,S０００３９０,S０００３９１,S０００４３０,S０００４４３,S０００４４７,S０００４５３);激发子相关顺式作用元件３个(S０００１４２,S０００２００,S０００４９２);苯丙氨酸解氨酶相关顺式作用元件３个(S０００１３７,S０００４００,S０００４４４);过敏性反应相关顺式作用元件１个(S０００１９８).值得一提的是,４个抗病相关顺式作用元件(S０００３９０,S０００４３０,S０００４４７,S０００４５３)和１个过敏性反应相关顺式作用元件S０００１９８在水稻泛素结合酶基因的启动子区有很高的分布(图２).这说明水稻泛素结合酶很可能参与了稻瘟病菌侵染过程中的抗病防御反应.２．５　稻瘟病菌接种水稻后的转录组数据分析２．５．１　RNAＧseq测序质量报告测序结果中,cleanreads数占总数据的９８􀆰０２％.以reads数量作为横坐标,识别到的基因百分数为纵坐标,进行测序饱和度的测验.结果表明,随着reads数的增多,识别到的基因百分数增长速度趋于平缓,说明识别到的基因数趋于饱和,测序数据可用于后续的分析(图３).２．５．２　RNAＧseq数据中水稻泛素结合酶基因的表达情况分析RNAＧseq数据中读取到水稻泛素结合酶基因４４个.根据一般的标准,RPKM值在０．１到３．７５之间的为低表达基因,３．７５到１５之间的为中等表达基因,大于１５的为高表达基因[２７].RNAＧseq读取到的水稻泛素结合酶基因中超过５０％的基因属于高表达基因.值得一提的是OsUBC１６在Pid２(亲和组合)和Pid３(非亲和组合)中的RPKM值分别为５５８．４３和６７５．２３,差别明显.OsUBC１７的RPKM值则在Pid２中为１５０．６０,高于Pid３中的１２４．４３.相比之下,OsUBC１８和OsUBC２５在Pid２和Pid３中未表现出太大差别(图４).２．６　稻瘟病菌诱导情况下几个水稻泛素结合酶基因表达情况分析为了进一步验证RNAＧseq数据的可靠性,选取了OsUBC１６、OsUBC１７、OsUBC１８和OsUBC２５来做qRTＧPCR分析.结果表明Guy１１接种Pid２单基因系水稻能诱导OsUBC１６、OsUBC１８的表达.接种２４h后,OsUBC１６基因的表达显著高于０h.非亲和组合中,OsUBC１６、OsUBC１７在接种后１h就被显著诱导表达,３h之后OsUBC１６的表达就开始受到抑制,而１２hOsUBC１７的表达达到一个高峰值.OsUBC２５基因的表达量在接种后１h开始就５２２刘鑫等:水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析图１　水稻泛素结合酶基因家族系统进化树Fig．１．PhylogenetictreeofriceUBCgenefamily．６２２中国水稻科学(ChinJRiceSci)　第３０卷第３期(２０１６年５月)表１　水稻泛素结合酶基因家族电子表达谱Table１．ExpressionpatternofriceUBCgenefamilyinsilico．基因　Gene　表达诱导因素Expressioninducingfactors稻瘟病菌侵染Blastfungusinfection盐胁迫Salinitystress脱落酸Abscisicacid赤霉素Gibberelin细胞分裂素Cytokinin寡聚糖几丁质ChitinoligosaccharideOsUBC１＋＋＋＋＋＋OsUBC２＋＋＋＋＋＋OsUBC３＋＋nn＋nOsUBC４＋＋＋＋＋＋OsUBC５＋＋＋＋＋＋OsUBC６＋＋＋＋＋＋OsUBC７＋＋nn＋nOsUBC８＋＋＋＋＋＋OsUBC９nn＋＋＋＋OsUBC１０＋＋＋＋＋＋OsUBC１１＋＋＋＋＋＋OsUBC１２＋＋nn＋nOsUBC１３＋＋nn＋nOsUBC１４nn＋＋n＋OsUBC１５nnnnnnOsUBC１６＋＋＋＋＋＋OsUBC１７＋＋＋＋＋＋OsUBC１８＋＋＋＋＋＋OsUBC１９＋＋＋＋＋＋OsUBC２０NNNNNNOsUBC２１NNNNNNOsUBC２２NNNNNNOsUBC２３NNNNNNOsUBC２４＋＋＋＋＋＋OsUBC２５NNNNNNOsUBC２６＋＋＋＋＋＋OsUBC２７＋＋＋＋＋＋OsUBC２８＋＋＋＋＋＋OsUBC２９＋＋＋＋＋＋OsUBC３０＋＋＋＋＋＋OsUBC３１＋＋nn＋nOsUBC３２＋＋＋＋＋＋OsUBC３３＋＋＋＋＋＋OsUBC３４＋＋＋＋＋＋OsUBC３５NNNNNNOsUBC３６NNNNNNOsUBC３７＋＋nn＋＋OsUBC３８＋＋＋＋＋＋OsUBC３９NNNNNNOsUBC４０＋＋＋＋＋＋OsUBC４１＋＋nn＋NOsUBC４２＋＋＋＋＋＋OsUBC４３＋＋＋＋＋＋OsUBC４４＋＋＋＋＋＋OsUBC４５＋＋＋＋＋＋OsUBC４６＋＋＋＋＋＋OsUBC４７＋＋nn＋NOsUBC４８＋＋＋＋＋＋　　“＋”代表可诱导表达,“n”代表无相关数据,“N”表示无数据可用.‘＋’,Inducible;‘n’,Norelateddata;‘N’,Unavailable．７２２刘鑫等:水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析图２　水稻泛素结合酶基因启动子区顺式作用元件聚类分析Fig．２．ClusteranalysisofcisＧelementinthepromoterregionofriceUBCgenes．图３　水稻RNAＧseq测序饱和度分析Fig．３．SaturationanalysisofriceRNAＧseqdata．受到极显著的抑制(图５).３　讨论Zeng等[３]早在２００６年就强调泛素/蛋白酶体系统可能在植物和微生物互作的过程中发挥了重要的作用,并且提供了很多间接的证据.而后在２０１０图４　四个水稻泛素结合酶基因在Pid２和Pid３单基因系水稻中表达情况比较Fig．４．ExpressioncomparisonoffourriceubiquitinＧconjugatingenＧzymegeneinPid２andPid３monogeniclines．年Dielen等[２]发表在«分子植物病理学»上的一篇综述更是强调“植物防御反应的每一步都涉及到泛素/蛋白酶体系统”.同时,作者还提到“泛素/蛋白酶体系统不光是寄主植物用来防御的武器,８２２中国水稻科学(ChinJRiceSci)　第３０卷第３期(２０１６年５月)∗,∗∗分别表示表达量显著和极显著上调.∗,∗∗indicatesignificantlyorextremelysignificantlyupregulatedexpressionlevels,respectively．图５　接种稻瘟病菌后水稻泛素结合酶基因的表达量变化Fig．５．ExpressionlevelofriceubiquitinＧconjugatingenzymegenesafterMagnaportheoryzaeinoculation．也是一些病原菌攻击的靶标,从而抑制这个系统的正常运行或者利用这个系统为病原菌服务”.因此,我们不难提出设想:病原菌在侵染植物的过程中扰乱了寄主植物的泛素/蛋白酶体系统,从而也打破了寄主植物细胞体内的稳态,从而有利于病菌的侵染;还有一种模式就是:病原菌分泌效应蛋白进入寄主植物细胞中,模拟寄主植物泛素/蛋白酶体系统的组分,从而利用寄主的泛素蛋白酶体系统以利于病菌的成功侵染.从４８个水稻泛素结合酶基因的系统进化树来看,水稻泛素结合酶家族基因在进化过程中存在复制事件,即同一家族的两个基因存在片段重复或者串联重复.例如:OsUBC２５和OsUBC２６在碱基序列上存在片段重复,但是功能方面是否有冗余还有待进一步论证.另外,水稻泛素结合酶家族基因在进化过程中存在功能的分化现象.在水稻泛素结合酶基因家族中存在９个泛素结合酶变体(UEV,ubiquitinE２variants)[２８,２９].这些UEV是否还有泛素结合酶活性暂且没有报道,但是半胱氨酸Ｇ巯基位点作为泛素结合酶与泛素分子的结合位点在E２发挥功能的过程中至关重要.由此可见,至少这９个UEV可能趋于行使泛素结合酶以外的功能.而水稻泛素结合酶家族基因在进化中的复制事件则说明在进化过程中不断有新的泛素结合酶呈现.从电子表达谱来看,水稻泛素结合酶大多数能被稻瘟病菌的侵染诱导表达.从启动子区顺式作用元件来看,４个抗病相关顺式作用元件和１个过敏性反应相关顺式作用元件在水稻泛素结合酶基因的启动子区有较高的分布.本实验室前期的研究结果也表明,稻瘟病菌和JA处理能够诱导OsUBC２６的９２２刘鑫等:水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析表达[１３].这也让我们更有理由相信水稻的泛素结合酶参与了稻瘟病菌侵染信号途径的响应,并且很可能与JA信号途径有关.E等[１５]的研究也表明水稻泛素结合酶的表达至少能被IAA,６ＧBA,GA,ABA中的两种诱导.虽然Hansol等[１４]对４０个水稻E２s和１７个水稻ARMＧUＧboxE３s的互作模式做了探讨,但是,在水稻中E２和E３的互作网络还鲜有报道,大多数水稻泛素蛋白连接酶的底物还处于未知阶段.目前,可以确定的是水稻泛素结合酶参与了水稻与稻瘟病菌的互作过程.qRTＧPCR的结果说明不同水稻泛素结合酶在水稻响应稻瘟病菌侵染的过程中扮演了不同的角色.这可以从水稻泛素结合酶基因的表达模式在稻瘟病菌与水稻的亲和互作和非亲和互作中表现出很大的差别看出来.这些差别说明在稻瘟病菌侵染的过程中水稻泛素结合酶之间可能存在系统的调控.已有的研究表明泛素结合酶E２主要决定泛素链的长度和拓扑结构,而不同拓扑结构的泛素链标记的蛋白分子将行使不同的功能,例如以K４８相连的泛素链标记的蛋白分子主要被送往２６S蛋白酶体进行降解,而以K６３相连的泛素链标记的蛋白分子则主要在信号转导方面起作用[３０].因此,我们可以推测那些在稻瘟病菌侵染初期就被诱导高表达的水稻泛素结合酶基因很可能在水稻抗病防御反应的信号转导方面起了作用,而被诱导表达较晚的水稻泛素结合酶基因则可能主要在水稻启动防御反应方面起了作用,例如通过泛素化途径降解掉一些防御反应相关的抑制蛋白,从而启动水稻的抗病防御反应.参考文献:[１]　HershkoA．Theubiquitinsystemforproteindegradationandsomeofitsrolesinthecontroloftheceldivisioncycle．CellDeathDiffer,２００５,１２:１１９１Ｇ１１９７．[２]　DielenA,BadaouiS,CandresseT,etal．Theubiquitin/２６SproteasomesysteminplantＧpathogeninteractions:AneverＧendinghideＧandＧseekgame．MolPlantPathol,２０１０,１１(２):２９３Ｇ３０８．[３]　ZengLR,MiguelEV,ZhuT,etal．UbiquitinationＧmediatedproteindegradationandmodification:AnemergingthemeinplantＧmicrobeinteractions．CellRes,２００６,１６:４２３Ｇ４２６．[４]　StoneSL．Theroleofubiquitinandthe２６Sproteasomeinplantabioticstresssignaling．FrontPlantSci,２０１４,５．[５]　MarinoD,PeetersN,RivasS．UbiquitinationduringplantimＧmunesignaling．PlantPhysiol,２０１２,１６０(１):１５Ｇ２７．[６]　SmaleJ,VierstraRD．Theubiquitin２６SproteasomeproteoＧlyticpathway．AnnuRevPlantBiol,２００４,５５:５５５Ｇ５９０．[７]　MaddenLV,WheelisM．ThethreatofplantpathogensasweaponsagainstU．S．crops．AnnuRevPhytopathol,２００３,４１(４):１５５Ｇ１７６．[８]　ZengLR,QuSH,BordeosA,etal．Spottedleaf１１,anegaＧtiveregulatorofplantceldeathanddefense,encodesaUＧBox/ArmadilorepeatproteinendowedwithE３ubiquitinligＧaseactivity．PlantCell,２００４,１６:２７９５Ｇ２８０８．[９]　ParkC,ChenSB,ShirsekarG,etal．TheMagnaportheoryzaeeffectorAvrPizＧttargetstheRINGE３ubiquitinligaseAPIP６tosuppresspathogenＧassociatedmolecularpatternＧtrigＧgeredimmunityinrice．PlantCell,２０１２,２４:４７４８Ｇ４７６２．[１０]蒋春苗,黄兴奇,付坚,等．疣粒野生稻泛素结合酶基因的全长cDNA序列克隆与分析．作物学报,２０１２,３８(５):８０８Ｇ８１３．JiangCM,HuangXQ,FuJ,etal．CloningandanalysisonfulＧLengthcDNAsequenceofubiquitinＧconjugatingenzymegenefromOryzameyerianaBail．ActaAgronSin,２０１２,３８(５):８０８Ｇ８１３．(inChinesewithEnglishabstract)[１１]胡婷丽,李魏,刘雄伦,等．泛素化在植物抗病中的作用．微生物学通报,２０１４,４１(６):１１７５Ｇ１１７９．HuTL,LiW,LiuXL,etal．Theroleofubiquitinationinplantdiseaseresistance．MicrobiolChina,２０１４,４１(６):１１７５Ｇ１１７９．(inChinesewithEnglishabstract)[１２]杨玖霞,张浩,王志龙,等．E３泛素连接酶调控植物抗病分子机理研究进展．植物保护,２０１５,４１(４):１Ｇ８．YangJX,ZhangH,WangZL,etal．RecentprogressesintheregulationmechanismofE３ligasesinplantdiseaseresistance．PlantProtect,２０１５,４１(４):１Ｇ８．(inChinesewithEnglishabstract)[１３]林艺娟．OsRBCS和OsUBC２在水稻抗病防御中的作用机制．福州:福建农林大学,２０１４．LinYJ．ThemechanismofOsRBCsandOsUBC２inricedisＧeaseresistance．Fuzhou:FujianAgricultureandForestryUniＧversity,２０１４．(inChinesewithEnglishabstract)[１４]HansolB,WooTK．Classificationandinteractionmodesof４０riceE２ubiquitinＧconjugatingenzymeswith１７riceARMＧUＧboxE３ubiquitinligases．BiochemBiophysResCommun,２０１４,４４４:５７５Ｇ５８０．[１５]EZG,ZhangYP,LiTT,etal．CharacterizationoftheubiqＧuitinＧconjugatingenzymegenefamilyinriceandevaluationofexpressionprofilesunderabioticstressesandhormonetreatＧments．PLoSONE,２０１５,１０(４)．[１６]XuL,MénardR,BerrA,etal．TheE２ubiquitinＧconjugatingenzymes,AtUBC１andAtUBC２,playredundantrolesandareinvolvedinactivationofFLCexpressionandrepressionoffloweringinArabidopsisthaliana．PlantJ,２００９,５７(２):２７９Ｇ２８８．[１７]CuiF,LiuLJ,ZhaoQZ,etal．ArabidopsisubiquitinconjuＧgaseUBC３２isanERADcomponentthatfunctionsinbrassiＧnosteroidＧmediatedsaltstresstolerance．PlantCell,２０１２,２４(１):２３３Ｇ２４４．０３２中国水稻科学(ChinJRiceSci)　第３０卷第３期(２０１６年５月)[１８]ChungE,ChoCW,SoHA,etal．OverexpressionofVrUBC１,amungbeanE２ubiquitinＧconjugatingenzyme,enＧhancesosmoticstresstoleranceinArabidopsis．PLoSONE,２０１３,８(６)．[１９]WanXR,MoAQ,LiuS,etal．ConstitutiveexpressionofapeanutubiquitinＧconjugatingenzymegeneinArabidopsisconＧfersimprovedwaterＧstresstolerancethroughregulationofstressＧresponsivegeneexpression．JBiosciBioengin,２０１１,１１１(４):４７８Ｇ４８４．[２０]ZhouGA,ChangRZ,QiuLJ．OverexpressionofsoybeanubiquitinＧconjugatingenzymegeneGmUBC２confersenhanceddroughtandsalttolerancethroughmodulatingabioticstressＧresponsivegeneexpressioninArabidopsis．PlantMolBiol,２０１０,７２(４Ｇ５):３５７Ｇ３６７．[２１]JeonEH,PakJH,KimMJ,etal．EctopicexpressionofubiquitinＧconjugatingenzymegenefromwildrice,OgUBC１,confersresistanceagainstUVＧBradiationandBotrytisinfecＧtioninArabidopsisthaliana．BiochemBiophysResCommun,２０１２,４２７(２):３０９Ｇ３１４．[２２]KawaharaY,BastideMDL,HamiltonJP,etal．ImproveＧmentoftheOryzasativaNipponbarereferencegenomeusingnextgenerationsequenceandopticalmapdata．Rice,２０１３,６:４．[２３]FinnRD,BatemanA,ClementsJ,etal．ThePfamproteinfamiliesdatabase．NuclAcidsRes,２０１４,DatabaseIssue４２:D２２２ＧD２３０．[２４]HigoK,UgawaY,IwamotoM,etal．PlantcisＧactingregulaＧtoryDNAelements(PLACE)database．NuclAcidsRes,１９９９,２７:２９７Ｇ３００．[２５]PrestridgeDS．SIGNALSCAN:AcomputerprogramthatscansDNAsequencesforeukaryotictranscriptionalelements．ComputerApplBiosci,１９９１,７:２０３Ｇ２０６．[２６]deHoonMJL,ImotoS,NolanJ,etal．OpensourceclusteＧringsoftware．Bioinformatics,２００４,２０(９):１４５３Ｇ１４５４．[２７]MortazaviA,WiliamsBA,Mccue,etal．MappingandquanＧtifyingmammaliantranscriptomesbyRNAＧSeq．NatMethＧods,２００８,５(７):６２１Ｇ６２８．[２８]vanDemarkAP,HofmannRM,TsuiC,etal．MolecularinＧsightsintopolyubiquitinchainassembly:CrystalstructureoftheMms２/Ubc１３heterodimer．Cell,２００１,１０５(６):７１１Ｇ７２０．[２９]AndersenPL,ZhouH,PastushokL,etal．DistinctregulaＧtionofUbc１３functionsbythetwoubiquitinＧconjugatingenＧzymevariantsMms２andUev１A．JCellBiol,２００５,１７０(５):７４５Ｇ７５５．[３０]YeY,RapeM．Buildingubiquitinchains:E２enzymesatwork．NatRevMolCellBiol,２００９,１０(１１):７５５Ｇ７６４．１３２刘鑫等:水稻泛素结合酶基因家族的生物信息学与表达分析