SSRRFLPπnucleotidedifferencesofgenomicsequencesNFste基于分子基因型的植物H/μe/(1Heμ0−遗传多样性估值He)Hardy-Weinbergequilibriumπ=4Neμ0AFLPISSRRAPDAllozymeCT,GA；CA,GT,CG,AT问题的提出p+q=lHe=2pq(genediversity)•遗传多样性估值：半世纪来，分子进化中性理论的分子标记技术，同工酶（1960’s）、SSR（1989’s）、RAPD（1990）、AFLP（1995）；1980初始少量有限测序。•所有分子标记的参数：间接
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示Nucleotidediversity(π)，即：nucleotidedifferencesofgenomicsequences•π=“随机两个DNA序列中(位点)的平均核苷酸差异数”，≈SNP(单核苷酸多态性SingleNucleotidePolymorphisms)•分子标记遗传多样性应用的He（期望杂合度）,“知其然、不知所以然”，H-Wexpectedheterozygosity•He=π？种间、种内可比性？至今未大数据(统计)证实！Averageheterozygosity(H)p2+2pq+q2=(p+q)2=1Allelicdiversity(A)Proportionoflocipolymorphic(P)Hardy-Weinberg平衡的假设条件Hardy,G.H(英国数学家)和Weinberg，W.（德国医生）的姓来命名，于同一年（1908年）各自发现了这一法则。•随机交配;•符合孟德尔遗传;•父母本同等生育率;•配子体同等受精率;•所有后代个体同等成活率;•无迁移封闭居群;•无突变、无选择等;•大居群;……FemalesA(p)a(q)A(p)AA(p2)Aa(pq)Malesa(q)Aa(qp)aa(q2)问题的提出•不同植物、不同遗传、进化、历史背景，He与π关系？•在中性平衡、无限位点模型假设下，π=4Neμ0,Ne:有效群体大小，μ0:每个核苷酸突变率•在Hardy-Weinbergequilibrium下、p且+无q限=l位点模型，He可表示为4Neμ/(4Neμ+1),•则，，而有不同分子标记估值的He，又有•，假设：突变率比μ0/μ、μ2/μ1为恒定•值值，He/(1−He)为固定参数≈π•He–π转化，为将不同分子标p2记+2、p在q+不q同2=植(p物+q的)2估=1值统一化（π）提供理论基础遗传多样性估值及其重要性•居群遗传学(Populationgenetics)、保育遗传学(Conservationgenetics)•生物进化与遗传多样性，等•资源评价及发掘应用•育种及参数其应用•生物濒危灭绝及其保护等遗传多样性估值及其重要性•近半个世纪对遗传因素与生物灭绝关系的争论，如“Landescenario”（1988）克拉花Clarkiapulchella•除少数实验案例如Clarkiapulchella，Melitaeacinxia外，直接实验证据有限,•至今绝大多争论是基于理论推导“先有鸡，还是先有蛋”•?正庆网蛱蝶Melitaeacinxia基础数据标准化及基准参考•建立植物遗传多样性统一的π参数：将现有不同分子标记、不同植物的He进行参数转化•评价植物多样性与植物性状和灭绝风险的关系•为进化遗传学研究及保育实践提供基准数据•衔接新一代的测序技术应用，如SNP方法•资料：截止2013年5月发表的分子标记对遗传多样性估值的文献，剔去瑕疵（如：参数计算有误）、重复（同种多篇合并）、争论（如：倍性不详），共计1434篇有效论文，涉及1577个物种、336个科、45目•五种常用分子标记（AFLP,Allozyme,ISSR,RAPD,SSR）得出的期望杂合度（expectedheterozygosityHe)及核苷酸多态性（π）；He：居群水平Hs；物种水平Ht•Hetoπ：分子标记He与π相关检验并π=bHe/(1−He)得出各植物的π平均值•多倍体、作物类型（农作、果、蔬）剔去分子标记遗传多样性估值比较•除SSR外的其他四种分子标记估值非常相似，He(s):0.159-0.182He(t):0.198-0.246•SSR-He值三倍,He(s):0.55;He(t):0.64•测序π值幅度范围：0.00027to0.03318、均值0.008π=He/(1−He)•相关回归
分析
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，确认统计学显著性并等到校正系数•Allozyme-、RAPD-、SSR-He值，He/(1−He)=π•AFLP-、ISSR-He值经SSR和RAPD间接转换•π=bHe/(1−He)，相关系数b:0.021(Allozyme),0.013(RAPD),0.002(SSR),0.012(AFLP,6.333×0.002)and0.014(ISSR,1.072×0.013)πsandπt基准数据库•进一步剔去瑕疵数据，剔去栽培种类、分类学不确定类群、多倍体类群等，共得到966πs（居群水平）和728πt（物种水平）•植物居群水平（πs）遗传多样性变异范围：0.0000025to0.03285，平均0.00374；物种水平（πt）：0.0000025to0.12900，平均0.00569。涉及47目、155科的种子植物•即：种子植物遗传多样性可以相差万->10万倍。Interspecific•按APGIII(2009)系统关系标定被子植物目的遗传多样性，被子植物同目不同的科间遗传多样性可相差可达几十倍。•被子植物遗传多样性研究最多的科是：菊科，豆科和禾本科•裸子植物：松科生活史性状、濒危状态与遗传多样性
总结
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、思考•根据中性理论、哈棣平衡的分子基因型估值的遗传多样性是相对的、有效的，但误差过大、可比性差•一致性π值数据库建立提供了基准参照，并可与NGS的SNP分子标记过渡衔接•π值的种间、属间、科间差异可比，但需更大数据的进一步验证•π值的遗传多样性与植物生活史性状密切相关，特别是繁育系统和分布范围•遗传多样性丧失与植物濒危灭绝具有相关性，是否为“因果关系”的争论没意义问题与展望中性理论，或更确切地应称为中性突变与随机漂移理论；木村资生（KimuraMotoo）1968年提出<达尔文1859《物种起源》CT,GA；CA,GT,CG,AT中科院华南植物园
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