[精选]环境科学高级建模方法(第6-1节)-Gaussian-输入

第6节Gaussian计算法讲义 内容 财务内部控制制度的内容财务内部控制制度的内容人员招聘与配置的内容项目成本控制的内容消防安全演练内容 提要绘制构型高斯计算数据查找Cp计算建模高斯计算采用Gaussian98程序打开高斯计算输入文件129.txt,可得到高斯计算输出文件129.out.Gaussian程序的作用和结构1、得到分子的微观结构，成为实验的辅助工具。2、得到“实验不能测定的结构参数和其它多种多样的参数”，一定程度上完善了化学和物理等学科的各种方法。3、计算方法(水平)主要由“方法”和“基组”组成。4、打开使用 说明 关于失联党员情况说明岗位说明总经理岗位说明书会计岗位说明书行政主管岗位说明书 书 关于书的成语关于读书的排比句社区图书漂流公约怎么写关于读书的小报汉书pdf 。有关“理论”和“实验”的关系高斯计算输入文件的格式%chk=di.chk-------------------------------------------Link0部分%nproc=3-------------------------------------------------限定多核计算#nb3lyp/6-311G**optfreqoptcyc=100scfcyc=100--计算执行路径部分(空一行)title-----------------------------------------------------------标 题 快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题 部分(说明行)(空一行)01-------------------------------------------------------电荷与多重度(2S+1)6-3.4098340.4920190.00-------------------（笛卡尔直角坐标，6-3.262444-0.9039930.00或Z-matrix的键长、键角和二面角）6-2.006519-1.5102420.006-0.885533-0.678926-0.00高斯计算输入文件的格式“#”描述Gaussian输入文件的执行路径部分需要以#符号开头，作为这一行的第一个非空格字符。这一行的其它部分使用自由格式。对于大部分的计算工作，所有的信息都可位于这一行，但也可以超过一行（超过的行前的#符号可用也可不用）。执行路径部分必须以空行作为结束。如果在执行路径部分没有出现关键字，则计算默认为HF/STO-3GSP。可用的形式#N正常打印级别；这是默认的。#P产生额外输出。包括每一执行模块在开始和结束时与计算机系统有关的各种信息（包括执行时间数据），以及SCF计算的收敛信息。#T精简输出：只打印重要的信息和结果。高斯计算输入链接文件的格式%chk=di.chk%nproc=3#nb3lyp/6-311G**optfreq(空一行)title(空一行)0160-3.4098340.4920190.0060-3.262444-0.9039930.0060-2.006519-1.5102420.00(空一行)--Link1--(链接)%chk=di(同上一个文件)#nb3lyp/6-311G**geom(几何)=checkguess(猜测)=readvol=(tight)di01Gaussian03中使用的方法及适用范围SP,ScanOpt,Force,BOMDFreqIRCPolar分子力学方法***AM1,PM3（等）***HF*****DFT方法*****CASSCF*****MP2*****MP3,MP4(SDQ)****MP4(SDTQ),MP5*QCISD,CCD,CCSD***Gaussian03计算方法分子力学方法(MM)：Gaussian中有三种分子力学方法。它们用于ONIOM计算，但也可以用作独立的方法：Amber，DREIDING，UFF。AM1,PM3（等）：半经验计算。HF：进行Hartree-Fock计算。密度泛函(DFT)方法：提供相当多的密度泛函理论(DFT)模型。一般还包括用户可以自行组合的Hartree-Fock和DFT的混合方法。CASSCF：指定进行完全活性空间多组态SCF(MC-SCF)计算。MP2，MP3,MP4，MP4,MP5方法：这些方法关键字要求在Hartree-Fock计算（单重态用RHF，高自旋态用UHF）之后接着进行Møller-Plesset相关能修正的计算[60]，在二次项截断为MP2，在三次项截断为MP3，在四次项截断为MP4，在五次项截断为MP5。解析梯度可用于MP2,MP3和MP4(SDQ)，解析频率可用于MP2。二级，三级，四级和五级Møller-Plesset微扰理论计算相关能。QCISD：这个方法关键字进行包括单、双取代的二次CI计算。CCD,CCSD：这个方法关键字进行耦合簇计算，CCD计算使用Hartree-Fock行列式的双取代，CCSD使用单、双取代。双取代的耦合簇理论(CCD)，单双取代耦合簇理论(CCSD)􀁺使用AMBER，DREIDING[38]和UFF力场的分子力学计算。􀁺使用CNDO,INDO,MINDO/3,MNDO,AM1，和PM3模型哈密顿量的半经验计算。􀁺使用闭壳层(RHF)，自旋非限制开壳层(UHF)，自旋限制开壳层(ROHF)Hartree-Fock波函的自洽场(SCF)计算。􀁺使用二级，三级[61]，四级[62,63]和五级[64]Møller-Plesset微扰理论计算相关能。MP2计算可用直接和半直接方法，有效地使用可用的内存和磁盘空间。􀁺用组态相互作用(CI)计算相关能，即可使用全部双激发(CID)，也可使用全部单激发和双激发(CISD)。􀁺双取代的耦合簇理论(CCD)，单双取代耦合簇理论(CCSD)，单双取代的二次组态相互作用(QCISD),和Brueckner轨道双取代耦合簇理论(BD)。还可以计算非迭代的三取代（QCISD和BD还有四取代）的贡献。􀁺密度泛函理论(DFT)，一般还包括用户可以自行组合的Hartree-Fock和DFT的混合方法。可用的泛函完整列 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 见第三章。􀁺自动的高精度能量方法：G1理论，G2理论，G2(MP2)理论，G3理论，G3(MP2)，以及其它的变体；完全基组(CBS)方法:CBS-4,CSB-q,CBS-Q，CBS-Q//B3，和CBS-QCI/APNO，以及一般的CBS外推方法；Martin的W1方法（加上了微小的修改）。􀁺一般的MCSCF，包括完全活性空间SCF(CASSCF)，并可选择包含MP2相关能计算。算法的改善使得Gaussian03可处理14个以内的活性轨道。还支持RASSCF变体。􀁺广义价键-完全电子对(GVB-PP)SCF方法。Gaussian03关键词SP：这个计算类型关键字指定进行单点能量计算。Scan：这个计算类型关键字指示进行分子势能曲面(PES)扫描计算。Opt：这个关键字进行分子几何优化计算。计算过程中持续调整分子的几何形状，直到发现势能曲面上的稳定点为止。Freq：这个计算类型关键字用于计算力常数、振动频率及强度。SCRF：这一关键字指定在溶剂存在的环境下进行计算。IRC：这个方法关键字要求进行反应路径跟踪计算。初始结构(在分子说明部分给出)是过渡态的结构，反应路径可以是从该点的一个或全部两个方向。PBC：这个关键字指定周期边界条件任务的选项。Gaussian03关键词Force：这个计算类型关键字指示在原子核处进行作用力（即能量梯度）的单一计算。同时也计算偶极矩。BOMD：这个关键字要求使用Born-Oppenheimer分子动力学模型做经典轨迹计算。ADMP：这个关键字指定经典轨道轨迹计算，使用原子中心密度矩阵传播的分子动力学模型。这个方法与Born-Oppenheimer分子动力学(参见BOMD关键字)的功能相似，但大大减少了计算量。Polar：这个方法关键字指示进行偶极电场极化率的计算（如果可能的话也计算超极化率）。Stable：这一计算类型方法指定进行Hartree-Fock或DFT波函的稳定性测试计算。ONIOM：这个关键字进行两层或三层的ONIOM计算。在这个程序中，要研究的分子体系分成两层或三层，分别用不同的化学模型处理。接下来的结果自动组合到最终要预测的结果。基组应用范围极化函数弥散函数STO-3GH-Xe*3-21GH-Xe*或**+6-21GH-Cl(d)4-31GH-Ne(d)或(d,p)6-31GH-Kr(3df,3pd)++6-311GH-Kr(3df,3pd)++D95H-Cl(除了Mg和Na)(3df,3pd)++D95VH-Ne(d)或(d,p)++SHCH-Cl*CEP-4GH-Rn*（仅用于Li-Ar）CEP-31GH-Rn*（仅用于Li-Ar）CEP-121GH-Rn*（仅用于Li-Ar）LANL2MBH-Ba,La-BiLANL2DZH,Li-Ba,La-BiGaussian03基组基组应用范围极化函数弥散函数SDD,SDDAll除Fr和Ra的整个周期表cc-pV(DTQ5)ZH-He,B-Ne,Al-Ar,Ga-Kr包含在定义中加AUG-前缀cc-pV6ZH,B-Ne包含在定义中加AUG-前缀SVH-KrSVPH-Kr包含在定义中TZV和TZVPH-Kr包含在定义中MidiXH,C-F,S-Cl,I,Br包含在定义中EPR-II,EPR-IIIH,B,C,N,O,F包含在定义中UGBSH-LrUGBS(1,2,3)PMTSmallH-ArDGDZVPH-XeDGDZVP2H-F,Al-Ar,Sc-ZnDGTZVPH,C-F,Al-ArGaussian03基组绘制构型采用chemoffice2004中的chemdraw程序绘制化合物分子的平面构型，见图1。保存上述文件格式为*.cdx（系列化合物按异构体取代位置命名，以1，2，9-PCPT为例）,如129.cdx.一、平面坐标绘制构型采用chemoffice2004中的chem3D程序打开129.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，见图2。保存上述文件格式为*.gjc,如129.gjc.二.空间坐标绘制构型用记事本方式打开文件129.gjc,得到化合物的空间坐标，见图3。三.空间坐标的获取绘制构型用图3中的相应坐标替换图4中的相应坐标,保存为*.txt,如129.txt,即为高斯计算输入文件。四.高斯输入文件的制作第五次作业将第五次作业中AM1计算的分子采用B3LYP/6-31G*基组计算，提交输出文件(文件名：姓名-学号-第五次作业-分子名称)。谢谢！