Modeller v9.10下载及安装手册（Linux平台） 2011-09-30 一、
说明
关于失联党员情况说明岗位说明总经理岗位说明书会计岗位说明书行政主管岗位说明书
： 1. Modeller版本：9.10 2. 安装平台：Linux 64bit. 3. Modeller的源码语言为Fortran90，实验室不提供源码下载。通过Python语言运行，不提供可视化界面。但是商业软件InsightII和Discovery Studio整合了Modeller模块，并且为之配备了可视化的操作界面。详情请联系Accelrys公司。 二、下载： 下载地址：http://salilab.org/modeller/download_installation.html。该页面也有各种平台的安装说明。这里选择“Generic Unix tarball”，使本安装手册更具普遍性，避免因不同Linux版本差异而造成的问题。 下载前需先在其网站注册：http://salilab.org/modeller/registration.html。我们此前已经注册过，注册邮箱为hsfang889@cpu.edu.cn，KEY：MODELIRANJE ，此KEY对于8或者9开头版本的Modeller都适用，如v8.2，v9.10。请妥善保管。 三、安装要求： 1. glibc版本：>=2.3 说明：1）gnu发布的libc库，即c运行库。glibc是linux系统中最底层的应用程序接口，几乎其它任何运行库都会依赖于glibc。也就是该库说所有的Linux系统自带的。 2）Linux下查看glibc版本方法： a． 终端里输入/lib/libc.so.6。 “GNU C Library stable release version 2.11.1” 一行即当前系统的glibc版本。 b． 终端中输入“ls -l /lib/libc.so.6”，则输出结果所指向的文件名就包括了版本信息，如下例中版本即2.11.1.： $ ls -l /lib/libc.so.6 ...(省略) /lib/libc.so.6 -> libc-2.11.1.so. 3）如果glibc版本低于2.3：不建议升级Glibc，因为整个系统几乎所有应用程序都依赖于原有的libc，所以升级的时候make install命令会打断旧的动态库链接。这样会造成不同的链接只想新旧不同版本的库文件，很容易造成系统崩溃。因此如要升级推荐直接安装更高版本的Linux操作系统。另外，其实2.3版本已经很低了，是在2002年之前的版本，所以现在的Linux的glibc版本都是高于2.3的。 2. glib版本：>=2.2 说明：1）glib是gtk+的一套函数库，gtk+主要用于桌面系统的开发。在linux平台上，像其它任何软件一样，glib依赖于glibc。 2）Linux下查看glibc版本方法：终端中输入“ls -l /lib/libglib-2.0.so.0”，则输出结果所指向的文件名就包括了版本信息，如下例中版本即： $ ls -l /lib/libglib-2.0.so.0 ...(省略) /lib/libglib-2.0.so.0 -> libglib-2.0.so.0.2400.1 3) 如果glibc版本低于2.2： 去ftp://ftp.gtk.org/pub/gtk/下载安装相应的高版本即可。另外，2.2版本是2005年开发的，所以现在Linux系统自带的glibc版本都是高于2.2的。 四、安装过程：（全部通过终端的命令行完成） 1. 解压缩： 对下载好的压缩包文件进行解压缩，解压命令： tar -xvf modeller-9.10.tar 这样，压缩包里的文件和文件夹会被解压名为./modeller-9.10的目录下，包括如下文件或者文件夹： doc/, examples/, Install, INSTALLATION, README, modlib/, bin/ 2. 安装： 进入./modeller-9.10目录，运行Install文件：./Install 安装过程中需用户确认若干信息，如注册码KEY等（详见下文），方可完成安装。如果不慎输错信息，可以重新运行Install文件。 安装过程中需要用户确认的信息： 1） 安装平台确认： “ The currently supported architectures are as follows: 1) Linux x86 PC (e.g. RedHat, SuSe). 2) SUN Inc. Solaris workstation. 3) DEC Inc. Alpha OSF/1 workstation. 4) IBM AIX OS. 5) Itanium 2 box (Linux). 6) x86_64 (Opteron/EM64T) box (Linux). 7) Alternative x86 Linux binary (e.g. for FreeBSD). Select the type of your computer from the list above [6]: ” 列出Modeller目前支持的平台，并会自动识别当前用户的安装平台。所以一般直接回车即可。如果识别错误，可以输入正确的平台编号，再回车继续。 2） 选择安装路径 “ Full directory name in which to install MODELLER 9.10 [/home/kiwi/bin/modeller9.10]: ” [...]内是默认的安装路径，如果用户无须更改，直接回车；如果需要更改，输入路径全称回车即可。如果输入的路径不存在，会提示“There is no such directory; it will be created.”，帮助用户新建相应的路径。 3） 输入注册码KEY： “ License key, obtained from our academic license server at http://salilab.org/modeller/registration.html: ” 输入注册的KEY，这里是MODELIRANJE。 4） 确认信息并开始安装： “The following settings will be used: The type of this machine : x86_64-intel8 Destination installation directory: /home/kiwi/mylab/modeller9.10 License key : MODELIRANJE If they are incorrect, abort installation (ctrl-c) and run Install again. Press
to begin the installation: ” 确认之前输入的信息。如果没有错误，则回车开始安装。 5） 将Modeller命令加入到Linux系统命令中： “Use the /home/kiwi/mylab/modeller9.10/bin/mod9.10 script to run Modeller. You probably want to add this directory to your PATH variable, or to create a symlink to some directory which is in the PATH, e.g. With the command: ln -sf /home/kiwi/mylab/modeller9.10/bin/mod9.10 /usr/bin/ ------------------------------------------------------------------------ Press to continue: ” 使用命令： ln -sf /home/kiwi/mylab/modeller9.10/bin/mod9.10 /usr/bin/ 即可将Modeller加入到Linux系统命令中，省去了每次必须在Modeller安装目录下使用的麻烦。可以直接在终端中输入“mod9.10”，使用Modeller。这个需要安装结束之后由用户自己操作，回车只是继续安装过程，并不会添加mod9.10到Linux系统命令中。 6） 也可以将Modeller作为Python的一个模块使用。 “You can also use Modeller as a Python module, if you have Python installed (any version between 2.3 and 3.2). Do this using the script: /home/kiwi/mylab/modeller9.10/bin/modpy.sh Simply add your regular Python command line after this script, e.g. /home/kiwi/mylab/modeller9.10/bin/modpy.sh python myscript.py Alternatively, you could ensure that the following directories containing Python modules are in your Python path: /home/kiwi/mylab/modeller9.10/modlib /home/kiwi/mylab/modeller9.10/lib/x86_64-intel8 (for Python 2.3 or Python 2.4) /home/kiwi/mylab/modeller9.10/lib/x86_64-intel8/python2.5 (for Python 2.5, 2.6, 2.7) /home/kiwi/mylab/modeller9.10/lib/x86_64-intel8/python3.0 (for Python 3.0, 3.1) /home/kiwi/mylab/modeller9.10/lib/x86_64-intel8/python3.2 (for Python 3.2) (e.g. by setting the PYTHONPATH environment variable) and that the following directory containing dynamic libraries is in your dynamic library search path: /home/kiwi/mylab/modeller9.10/lib/x86_64-intel8 (e.g. by setting the LD_LIBRARY_PATH variable - LIBPATH on AIX systems). Ask your systems administrator for help if you wish to do this. ------------------------------------------------------------------------ Press to continue: ” 视用户自己的需要进行操作即可。这个需要安装结束之后由用户自己操作，回车只是继续安装过程，并不会自动添加Modeller到Python模块里。 7） 安装完成 完成以上步骤并且系统没有报错之后，整个Modeller的安装过程就完成了。
浙公网安备 33021202002483