ORP识别及其可靠性验证ORF（OpenReadingFrame）识别及其可靠性验证苏奎20090402701030罗艳涛20090402701032什么是ORF？ ORF（开放阅读框）：是一段较长（>300bp）的有义密码子序列，位于起始密码子(usually,ATG)和终止密码子(无义密码子,TGA,TAGorTAA)之间。 ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。NCBIORFFinder ORFFinder 是一个图形的序列分析工具，通过执行六个可读框的翻译，分析并找到序列...
ORF（OpenReadingFrame）识别及其可靠性验证苏奎20090402701030罗艳涛20090402701032什么是ORF？ ORF（开放阅读框）：是一段较长（>300bp）的有义密码子序列，位于起始密码子(usually,ATG)和终止密码子(无义密码子,TGA,TAGorTAA)之间。 ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。NCBIORFFinder ORFFinder 是一个图形的序列分析工具，通过执行六个可读框的翻译，分析并找到序列的ORF区(开放读码框架)，这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子列出所有可能的ORF区，并推导出氨基酸序列。实例分析实例：应用ORFFinder预测水稻瘤矮病毒（RGDV）S8片段的ORF。背景：为构建融合蛋白的表达载体，需要对RGDVS8片段的基因序列（GenBank登录号：AY216767）进行ORF分析并确定其位置，为设计表达引物提供信息。1.提交序列2.参数设置ORFFinder默认分析的是全长序列，可以根据实际分析需要，设置序列的长度，如21~130bp；遗传密码默认使用标准密码子，ORFFinder提供了22种遗传密码可供选择，只需在下拉菜单中进行选择即可。这里我们使用默认参数，设置完毕，按下“OrfFind”按钮开始ORF预测。3.预测结果ORFFinder预测结果在上图选择+3相位的ORF，点击阅读框（上图箭头处），此时选择的ORF颜色由原来的绿色变为紫色，图示下方核酸序列及对应翻译的氨基酸序列。ORF预测的可靠性 密码子第3碱基趋向于相同的几率是否远大于仅仅由随即产生的几率 分析ORF中的密码子是否与那些用于同一生物其他基因中的密码子相一致 将ORF翻译成氨基酸序列，然后将结果序列与序列数据进行比较，如果发现1个或多个显著相似序列，则所预测ORF的可信度较高4.验证参数设置如上图箭头从左到右依次选择blastp，nr在点击BLAST即可进行比对验证5.结果解读由结果可知，BLASTP比对结果搜索到多个显著相似的序列，故预测ORF的可信度比较高。若要获取该ORF所编码的蛋白质序列，可以点击步骤4中的“Accept”按钮后，在“GenBank”的下拉框选择“3Fasta”，并点击“View”按钮，即可获取该ORF所编码的蛋白质序列。谢谢
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