linux 安装 lammps

linux安装lammps方法一：【原创】Linux下安装单机多核并行lammps（附meam包）(2010-12-0808:45:50)转载▼标签：lammps并行安装meam分类：计算材料  总结 初级经济法重点总结下载党员个人总结TXt高中句型全总结.doc高中句型全总结.doc理论力学知识点总结pdf ：Linux下安装单机并行lammps○．机器配置：1．处理器：IntelXEON×22．主板：IntelS5500BC3．内存：金士顿4G×64．操作系统：RedhatEnterprise5.3x86_64一．下载需要的源文件fftw-2.1.5.tar.gz下载地址：mpich2-1.0.2p1.tar.gz下载地址：lammps-1Dec10.tar.gz下载地址：并以root身份（以下均在root下）拷贝到/usr/local/src目录下二．安装FFTW#tarxvzffftw-2.1.5.tar.gz#cdfftw-2.1.5#./configure--prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu--enable-float#make#makeinstall三．安装MPICH2#tarxvzfmpich2-1.0.2p1.tar.gz#cdmpich2-1.0.2p1#./configure--prefix=/opt/mpich2-gnu#make#makeinstall如果不出错，应该就是安装成功了。接下来的工作时进行配置。MPI应用一个管理器来管理运行MPI程序，这个管理器就是mpd，但是在正式开始运行mpd前还需要一个基于安全考虑的配置文件.mpd.conf，这个文件是要放在运行程序的用户的home目录下，本例子中就是/home/mpi/.mpd.conf，而且这个文件只能由这个用户读写，创建文件的命令是，#cd$HOME#touch.mpd.conf#chmod600.mpd.conf什么意思，我暂时也不太清楚，但是就这么做就可以了。可参考：四．安装lammps，附带meam包#tarxvzflammps-1Dec10.tar.gz#cdlammps-1Dec10/cdlib/meam/#make-fMakefile.gfortran (intallmeam,youcanalsochooseotherversions)#cd../src/MAKE#vimMakefile.g++ (edittheMakefile)***********************************Makefile.g++beginn**********************************（说明：红色字表示改动或添加的部分）#g++=RedHatLinuxbox,g++4,gfortran,MPICH2,FFTWSHELL=/bin/sh#---------------------------------------------------------------------#compiler/linkersettings#specifyflagsandlibrariesneededforyourcompilerCC=      g++CCFLAGS=   -g-O-DFFT_FFTW-DLAMMPS_GZIP-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK\-I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include\-I/opt/mpich2-gnu/include \-I../../lib/meamDEPFLAGS=   -MLINK=     g++LINKFLAGS=  -g-O-L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib\-L/opt/mpich2-gnu/lib\-L../../lib/meamLIB=     ARCHIVE=   arARFLAGS=   -rcSIZE=     size#---------------------------------------------------------------------#LAMMPS-specificsettings#specifysettingsforLAMMPSfeaturesyouwilluse#LAMMPSifdefoptions,seedoc/Section_start.htmlLMP_INC=   -DLAMMPS_GZIP#MPIlibrary,canbesrc/STUBSdummylib#INC=pathformpi.h,MPIcompilersettings#PATH=pathforMPIlibrary#LIB=nameofMPIlibraryMPI_INC=   -DMPICH_SKIP_MPICXXMPI_PATH=MPI_LIB=   -lmpich-lpthread#FFTlibrary,canbe-DFFT_NONEifnotusingPPPMfromKSPACEpackage#INC=-DFFT_FFTW,-DFFT_INTEL,-DFFT_NONE,etc,FFTcompilersettings#PATH=pathforFFTlibrary#LIB=nameofFFTlibraryFFT_INC=   -DFFT_FFTWFFT_PATH=   -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/includeFFT_LIB=   -lfftw#additionalsystemlibrariesneededbyLAMMPSpackagelibraries#thesesettingsareIGNOREDifthecorrespondingLAMMPSpackage# (e.g.gpu,meam)isNOTincludedintheLAMMPSbuild#SYSLIB=namesoflibraries#SYSPATH=pathsoflibrariesgpu_SYSLIB=   -lcudartmeam_SYSLIB=   -lgfortran-lmeam-lpthreadreax_SYSLIB=   -lgfortranuser-atc_SYSLIB= -lblas-llapackgpu_SYSPATH=   -L/usr/local/cuda/lib64meam_SYSPATH= -L../../lib/meamreax_SYSPATH=user-atc_SYSPATH=……以下省略……***********************************Makefile.g++end**********************************#makeclean-all(清除临时文件，如果你之前已经编译过lammps，需要执行此操作)#makeyes-MEAM(告诉lammps要编译meampackage)#makeg++经过数十秒的字符流闪屏，如果没有出现意外，应该会在当前目录（src）下生成lmp_g++文件。恭喜你！你已经成功安装lammps！使用makepackage-status可以查询meam是否正确安装。Installed NO:packageASPHEREInstalled NO:packageCLASS2Installed NO:packageCOLLOIDInstalled NO:packageDIPOLEInstalled NO:packageDSMCInstalled NO:packageGPUInstalled NO:packageGRANULARInstalledYES:packageKSPACEInstalledYES:packageMANYBODYInstalledYES:packageMEAMInstalledYES:packageMOLECULEInstalled NO:packageOPTInstalled NO:packagePERIInstalled NO:packagePOEMSInstalled NO:packageREAXInstalled NO:packageREPLICAInstalled NO:packageSHOCKInstalled NO:packageSRDInstalled NO:packageXTCInstalled NO:packageUSER-ACKLANDInstalled NO:packageUSER-ATCInstalled NO:packageUSER-CD-EAMInstalled NO:packageUSER-CG-CMMInstalled NO:packageUSER-EFFInstalled NO:packageUSER-EWALDNInstalled NO:packageUSER-IMDInstalled NO:packageUSER-REAXCInstalled NO:packageUSER-SMD五.运行lammps为了方便运行lammps，将lammps添加到路径中。这里我通过添加ln命令实现。#cd/usr/local/bin (这里，我默认已经将该目录添加到路径了。)#ln-s/usr/local/src/lammps-1Dec10/lmp_g++然后就可以尝试运行一个例子：cd到example/meam目录下#lmp_g++NewMolecule…Browse…thenLoad读入xyz文件Graphics->Representation…CreateRep新建层（VMD中对同一个Rep中所有原子的大小颜色同时控制，所以要对不同种类的原子分别设置显示效果，需要新建几个Rep）Selections结合Keywords和Value设置每个层中的原子。（SelectedAtoms中把all删除，然后双击某个Keywords如type，然后再在Value栏里双击某个种类，之后Apply）Drawstyle中ColoringMethod建议选择ColorID，然后在后面选择颜色；DrawingMethod建议选择Beads，然后在SphereScale和SphereResolution中调整球的大小和清晰度计算结果的数据处理在lammps中也显得不是很方便，你可能需要自己编程进一步处理。至于一些数据曲线的作图，Windows下的Origin，Linux下的labplot足以应付这个问题了。以上我只是把features.html和non_features.html里面的内容结合我的理解简单地说了几句。方法四：安装基本按下面这个过程安装的，自己还修改了一些makefile，不是完全参照的。安装中提示很多文件不能识别，查的原因是缺少头文件，在fix_poems.cpp中添加#include，问题解决。（{}内容转自网络）{下载并解压缩源文件包以后，进入解压后路径下的src/目录，只要简单的“makedebian”就可以得到可执行文件(lmp_debian)得到lmp_debian之后，就可以运行那些例子了。但是你并没有得到lammps所支持的所有功能。lammps支持package，有系统自带的也有用户自行开发的。默认只编译"kspace","manybody",和"molecule"三个系统自带的包。其他还有一些“asphereclass2colloiddipoledpdgranularmeamoptpoemsxtc”包没有编译进可执行程序，也就是说你不能使用那些额外功能。如果需要全部编译。这可以通过先“makeyes-all”然后“makeclean”,"makedebian"来完成。稍微有一点麻烦的是，有两个包“meam”和“poems”是第三方开发的独立程序，源代码并没有在src目录下。你需要到../lib/中才可以看见它们的目录，需要分别编译。先说poems，应该用用于刚体模拟的，进入lib/poems/后，直接“makeMakefile.g++”再说编译meam，这个meam是fortran写的，前面由于已经安装了gfortran，作者也给了Makefile.gfortran,所以只要“makeMakefile.gfortran”即可得到libmeam.a了到这里，我们准备好了所有的lammps附属包，可以重新编译最终的可执行文件了。为了能让编译器找到需要库和头文件，我们还需手工修改一下makefile。我这里就是修改src/MAKE/Makefile.debian。要改这三行：CCFLAGS=-g-O-I/usr/lib/mpich/include/-DFFT_FFTW-DLAMMPS_GZIP-I/lammps全路径/lib/poems/-I/lammps全路径/lib/meam/LINKFLAGS=-g-O-L/lammps全路径/lib/poems/-L/lammps路径/lib/meam/USRLIB=-lfftw-lmpich-lpoems-lmeam-lgfortran-lgfortranbegin注意加粗的地方是要添加的。大致的意思就是告诉编译器哪里有额外的库文件，头文件。}方法五：下载之后,你会得到一个*.tar.gz的压缩文件包,在linux的终端,用以下的命令解压.      gunziplammps*.tar.gz     tarxvflammps*.tar      之后,你会得到一个名为lammps-*的文件夹(注意,这里的*是通配符).最新版本的lammps是用C++写的,编译之前,你的linux系统中需要有一个编译器.抱歉地说,我忘记ubuntu是否自带这个编译器了,如果没有的话,用sudoapt-getinstallbuild-essential这个命令安装,这需要你的系统管理员帐户和密码.      下面说ubuntu下编译单机版的lammps的过程(并行的编译我还没去学习,如果需要,建议你查阅这个帖子----Byhooge.lu).     补充说明一点:     ~lammps/src/MAKE目录下的makefile.serial首行注释为“#serial=RedHatLinuxbox,icc,noMPI,noFFTs”这表示默认的C++编译器为Intel的icc,如果你按照前述安装了build-essential,需要你将该文件中以下几行中出现的两个icc改为gcc然后保存,再进行编译.CC=icc       CCFLAGS=-O-I../STUBS-DFFT_NONE    DEPFLAGS=-M    LINK=icc       LINKFLAGS=-O-L../STUBS   USRLIB=-lmpi    SYSLIB=-lstdc++   ARCHIVE=ar    ARFLAGS=-rc    SIZE=size      首先到~lammps/src/STUBS目录下,输入make,回车.      然后返回到~lammps/src/目录下,输入makeserial,回车.     好了,现在你会看到屏幕上的字幕流,表示lammps正在被编译.喝口茶,等会儿,剩下的事情ubuntu会帮你搞定.如果成功编译,在~lammps/src/目录下,会生成了一个名为lmp_serial的可执行文件,计算,就是靠它了. (返回本文目录)