中华骨髓库湖北分库志愿者HLA_A_02亚型基因多态性分析

� 通讯作者 � 武汉血液中心,武汉 430030 作者简介:李王霞( 1978年- ) ,女,在读硕士,主管技师,主要从事血 液免疫学研究,同时供职于武汉血液中心, E-mail : xja33@ 163. com。 doi: 10. 3969/ j. issn. 1000-484X. 2011. 01. 010 �遗传免疫学� 中华骨髓库湖北分库志愿者HLA-A* 02亚型基因多态性分析 李王霞 � 宁 � 勇 � � 沈 � 钢� � 吴剑媚� � 朱远雁 � � 刘光箭� � 邹 � 洁� � 强 � 文 � (湖北中医药大学,武汉 430065) � � 中国图书分类号 � R457. 1+ 1� � 文献标识码 � A � � 文章编号 � 1000-484X(2011)01-0041-04 [摘 � 要] � 目的:检测中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA-A* 02 基因亚型, 了解其亚型基因多态性分布特点。 方法 快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载 :采用 序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应技术( PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序技术( PCR-SBT)对分库1 364 名志愿者进行 HLA-A高分辨率分型。结果: 1 364 例HLA-A 基因分型结果中,共 691 例 A* 02阳性, A* 02 低分辨基因型频率为 0. 301,检出 A* 0201、A* 0203、A* 0205、A* 0206、A* 0207、A* 0210、A* 0211、A* 0290, 8个等位基因。其中 A* 0201 是优势基因, A* 0207、 A* 0206、A* 0203为常见型基因, 本研究人群中还检测出了东亚人群罕见型基因: A* 0205、A* 0211、A* 0290。其基因频率分 布与台湾慈济脐血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人比较, 存在统计学差异。此人群 A* 02 低、高分辨杂合度分别为 83. 4%、 96� 7% ,其高分辨率纯合子呈现规律性的分布。结论:中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA- A* 02 亚型基因频率呈高度多态性, 其基因多态性与台湾慈济脐血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人存在显著性差异。 [关键词] � 骨髓;HLA-A* 02;基因多态性;基因频率 Analysis of HLA-A* 02 gene subtype polymorphisms in Hubei branch of Chinese Bone Marrow Bank LI Wang-Xia, NING Yong , SHEN Gang , WUJian-Mei , ZH U Yuan-Yan, LIU Guang-Jian, ZOU Jie, QIANG Wen. Hubei University of Traditional Chinese Medicine, Wuhan 430065, China [Abstract] � Objective:To study the characteristics of HLA-A* 02 gene subtype polymorphisms by detecting the high resolution typing HLA-A gene of populations in Chinese BoneMarrow Bank (Hubei province) . Methods:PCR-SSOP and PCR-SBT were used to analyze the high resolution typing HLA-A gene of 1 364 volunteers in Hubei province. Results:Among the tested HLA-A gene of 1 364 volunteers, A* 02 was positive in 691 individuals with 0. 301 of low- resolution frequency. Eight different HLA-A* 02 alleles, A* 0201, A* 0203, A* 0205, A* 0206, A* 0207, A* 0210, A* 0211 and A* 0290, were identified in Chinese Bone Marrow Bank, of which A* 0201 was predominant allele while A* 0207, A* 0206 and A* 0203 were common alleles. Meanwhile, several rare alleles in East Asia population including A* 0205, A* 0211 and A* 0290 were also identified. There was a significant difference in the frequency distribution of HLA-A* 02 gene when compared with Taiwan Tzu Chi Cord Blood Bank, Japanese, Ireland Northern and USA Asian.The heterozygosity of A* 02 of populations in Chinese Bone Marrow Bank ( Hubei province) was 83. 4% at high- resolution level, 96. 7% at low-resolution levels, respectively, and the distribution of A* 02 homozygote at high-resolution level was regular. Conclusion:A high polymorphism of HLA-A* 02 gene frequency is present in Chinese Bone Marrow Bank ( Hubei province) , with significant difference from those in Taiwan Tzu Chi Cord Blood Bank, Japanese, Ireland Northern and USA Asians. [Key words] � Bone marrow; HLA-A* 02; Genetic polymorphism; Allele frequence � � HLA是迄今为止所知的人类最复杂的遗传系 统,由一系列紧密连锁的基因组成,具有高度的多态 性。HLA-A是经典的�类等位基因, HLA-A* 02是 其最大的等位基因家族, 同时具有高度的多态性。 自 1958年HLA-A2首次发现至今共有 96个 HLA-A * 02等位基因[ 1]。我们采用了序列特异性寡核苷 酸探针聚合酶链反应技术( PCR-SSOP)及聚合酶链 反应-直接测序技术( PCR-SBT) , 对 1 364 名中华骨 髓库湖北分库志愿者进行了 HLA-A 高分辨率基因 分型,并对HLA-A* 02分型数据进行亚型基因多态 性分析。现报道如下: �41�李王霞等 � 中华骨髓库湖北分库志愿者HLA-A* 02亚型基因多态性分析 � 第 1期 1 � 材料与方法 1.1� 研究对象 � 2006年3月~ 2008年 9月,由中华骨 髓库湖北分库招募的1 364志愿者,资料自述为准。 1. 2 � 仪器及试剂 � Gene Quant pro DNA 定量仪; PTC-100型 DNA 扩增仪 (美国 MJ Research 公司) ; DNA提取试剂盒 (天根 批号: I8028) ; PCR 试剂: LABTypeTH SSOP(美国 One-Lambda 公司, 批号: A: 003) ; HLA-A SBT 分型试剂盒 (美国 Rose 公司, 批 号: A: 20090418) ; LUMINEX流式细胞仪、ABI 3730XL 测序仪。 1. 3 � 实验方法 � 血样 DNA采用 DNA 提取试剂盒 提取, 分型方法采用 PCR-SSOP 技术及 PCR-SBT 技术。 1. 4 � 统计学分析 � 直接计算基因频率,不同人群间 抗原频率比较用 R � C 表 �2 检验, Hardy-Weinberg 平衡卡方检测使用 arlequin软件进行。 2 � 结果 2. 1 � 中华骨髓库湖北分库志愿者HLA-A � Hardy- Weinberg平衡检测 � 对 1 364例 HLA-A 基因分型结 果与希望值进行 H-W平衡检测,低分辨率分型结果 (即星号后两位)、高分辨率分型结果(即星号后四 位) P 值均< 0�05(表1)。 2. 2 � 中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA-A* 02亚型 基因频率分布与其他人群对比(表 2) � 1 364 例 HLA-A基因分型结果中,共 691例A* 02阳性, 检出 A* 02低分辨基因型频率为 0. 301, 检出 A* 0201、 A* 0203、A * 0205、A * 0206、A * 0207、A * 0210、 A* 0211、A* 0290, 8个等位基因。其中 A* 0201是 优势基因,A* 0207、A* 0206、A* 0203为常见型基 因,本研究人群中还检测出了东亚人群罕见型基因: A* 0205、A * 0211、A * 0290。与其他人群对比, A* 0203与 A* 0207在湖北、台湾、日本人群中都有 相应的检出频率, 其中 A* 0207是东亚与高加索人 群区别基因。 2. 3 � 中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA-A* 02杂合 度(表 3) � 691例A* 02阳性低分辨分型结果中,有 115例纯合子和 576 例杂合子, 杂合度为 83. 4% ( 576/ 691) ,在高分辨分型结果中, 有 23例纯合子和 668例杂合子, 杂合度为 96. 7% ( 668/ 691)。低分辨 纯合子在高分辨水平上表现出多样性, 共 6种基因 型。高分纯合子全为 A * 0201, 其纯合子比例是 20%( 23/ 115)。 表 1� 1 364例中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA-A基因分型结果 Hardy-Weinberg 平衡检验 Tab. 1� Hardy-Weinberg Equilibrium Test for HLA-A from 1 364 volunteers in Hubei province ( Chinese Bone Marrow Bank) Resolut ion Populat ion size ( n ) Observed Expected P SD Low 1 364 0. 794 0 0. 841 2 0. 041 4 0. 000 4 High 1 364 0. 882 0 0. 887 0 0. 000 1 0. 000 1 表 2� HLA-A* 02基因亚型在湖北分库及其他四个人群中的分布 Tab. 2� Comparison of HLA-A* 02 alleles frequency in four reported populations HLA-A* Hubei ( n= 1 364� 2) Taiwan[2] ( n= 710� 2) Japanese[3] ( n= 1 392� 2) Northern Ireland[ 2] ( n= 1 000� 2) Asian American[2] ( n= 2 160� 2) 02011) 0. 132 0. 104 0. 116 0. 274 0. 095 02031) 0. 026 0. 073 0. 001 0 0 0205 0. 002 0 0 0. 012 0. 003 02061) 0. 035 0. 031 0. 087 0 0. 039 02071) 0. 103 0. 099 0. 034 0 0 0210 0. 001 0 0. 004 0 0 0211 0. 001 0 0 0 0. 012 0213 0 0 0 0 0. 001 0216 0 0 0 0 0. 001 0217 0 0 0 0. 001 0 0218 0 0 0. 001 0 0 0220 0 0 0 0 0. 001 0290 0. 001 0 0 0 0 Total 0. 301 0. 307 0. 243 0. 287 0. 152 Note: The most common alleles in Hubei population are HLA-A* 0201, 0207, 0206 and 0203. �2 value of these alleles between Hubei population and Taiwan, Japanese, Northern Ireland, and Asian American population are 54. 593 5, 173. 4 283, 453. 207, 347. 1 269, respectively, all w ith 1) P < 0. 01. �42� 中国免疫学杂志 2011年第 27卷 表3 � 中华骨髓库湖北分库志愿者 HLA-A* 02 纯合子组合 ( n= 1 364) Tab. 3 � HLA-A* 02 homozygote frequency in Hubei popula- tion ( n= 1 364) HLA-A* 0201 0203 0205 0206 0207 0290 Total 0201 23 6 1 12 72 1 115 3 � 讨论 HLA-A* 02是发现最早、在人群中携带频率最 高、呈高度多态性的 �类分子,广泛分布于世界各种 族人群,不同人种甚至相同人种不同地域基因亚型 频率有明显差异[ 4]。所以有学者认为 HLA-A* 02 是人类研究中的一个�人口特定�标志[ 5]。其亚型基 因多态性源于生物进化过程的基因突变, 有的仅限 于一个碱基的突变, 如 A* 02171与 A* 02172 的差 别仅是第 1外显子的一个碱基突变而导致[ 4]。 有研究表明, HLA-A * 02阳性的个体 CD8+ 细 胞均可产生记忆反应, 但不同的 A* 02亚型能诱导 不同的T 细胞反应[ 6, 7] , 故在HLA-A* 02阳性个体 中供、受者 A* 02亚型的相合度是组织、器官移植 成功的关键因素之一。据报道, 虽然不同 A* 02亚 型之间相差仅一个到数个碱基, 但骨髓移植时, 因 供、受者 A* 02亚型不相合, 而导致术后成功率明 显下降[ 7, 8]。由此提示了移植前进行高分辨率配型 的必要性。 HLA-A* 02与疾病的相关性研究也是一个热门 话题。如Fisher 等认为, 由自身抗体引起的抗肾小 球基底膜病与 A * 02 强相关[ 9]。Burt 等[ 10] 提出 A* 02是美国白人鼻咽癌发病的保护基因。而田伟 等[ 11]认为HLA-A2与中国南方汉族鼻咽癌不存在原 发性关联。随着高分辨分型技术的出现, A* 02 亚 型与疾病关联也有所报道, Ren等[ 12]发现 HLA-A* 0201是新加坡华人鼻咽癌易感基因,另一亚型 A* 0207为保护基因。A* 0205则被认为是撒丁人疟疾 的易感基因[ 4]。 为保证人群的可比性, 其余四个对比人群均来 自骨髓或脐血库。由表 1可知,不同人群的HLA-A* 02亚型分布有所相似, 也有不同。如 5个人群的优 势基因一致为 A* 0201,但北爱尔兰此亚型基因频 率最高,其次是湖北分库志愿者。从总体基因频率 分布来看, 湖北分库志愿者基因频率分布比较接近 台湾、日本人群:A* 0203与 A* 0207在东亚人群中 都有相应的检出频率,而在高加索人群中未见检出, 尤其是A* 0207是东亚人群与高加索人群的区别基 因。同时在东亚人群中湖北分库志愿者也有其自身 的特点,在常见与优势基因中,A* 0201、A* 0203、A * 0206、A* 0207基因频率较台湾、日本人群有显著 性差异; 检测出了东亚人群罕见型基因:A* 0205、A * 0211、A* 0290。另外, 湖北分库志愿者基因频率 分布兼有中国南北汉族的特点, 提示由于湖北交通 便利及高校居多而导致流动人口的增加, 导致此研 究人群的地区和民族的多样性, 但不能忽视,中国南 北分界线有待更多的研究予以明确[ 11]。 另外, 115 例低分辨纯合子中, 主要是优势基 因、常见基因的组合, 都存在一个等位基因 A * 0201,故其高分纯合子全为 A* 0201。总的来说, 其 杂合度( 96. 7%)较南北汉族较高(南方汉族杂合度 为 96%,北方汉族杂合度为 92%) ,但整体分布较集 中[ 13]。这种规律性的分布, 对于A* 02低分纯合子 骨髓移植供者的寻找与选择有重要指导意义。 此研究人群在做H-W平衡检测时,低分辨率分 型结果、高分辨率分型结果 P 值均< 0. 05, 这种现 象提示H-W平衡检测虽然被认为是群体数据分析 的基础, 但其只是群体遗传学规律中的一条特殊规 律,并不适应于许多自然群体的遗传平衡[ 14]。中华 骨髓库湖北分库志愿者这个人群并不是随机群体, 有年龄段和身体健康状况的选择, 另外 1 364例标 本,数目较小,且这个人群并不来自一个较为密封的 城镇,与 Hardy-Weinberg 法则不符。 综上所述,HLA-A* 02的研究是一个古老而又 长远的话题, A* 02 亚型基因多态性的分析为其等 位基因结构功能研究、组织器官移植、疾病的易感 性、人类基因遗传奠定了数据基础。 4 � 参考文献 1 � European Bioinformat ion Institute. 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