imagej教程

关于本 手册 华为质量管理手册 下载焊接手册下载团建手册下载团建手册下载ld手册下载 - 请先阅读 ImageJ是一个公共领域的Java图像处理程序由美国国立卫生研究院的Macintosh形象的启发。它运行在 任何一个Java 1.1或更高版本的虚拟机电脑，无论是作为一个applet或网上下载的应用程序作为一个。 笔者，韦恩Rasband（wayne@codon.nih.gov），是在研究科，国立 心理健康，贝塞斯达，马里兰州，美国。 约ImageJ信息的最佳来源，可以发现在ImageJ网页（http://rsb.info.nih.gov/ij/）和 通过订阅ImageJ邮件列表（在主页上的细节）。本手册的目的是要介绍给 ImageJ光学显微镜 - 一个ImageJ的剧目一小部分。 ImageJ的一种方式，一个“插件”现在越来越多的补充本地大量功能（可选 需要额外安装）。的核心职能进行了详细的描述在ImageJ网站（按照 单证链接）。一个插件是一个文件（名为*.类），需要在“插件”子文件夹 ImageJ文件夹，否则ImageJ不会加载它。 在本手册中，本机的功能是指在斜体，黑白文本，由插件斜体，深蓝色 文本。 ImageJ功能都可以通过键盘快捷键访问，或“热键”。一些热键是硬到有线 ImageJ，而另一些用户定义的。与大多数其他Windows应用程序，键盘快捷方式不 要求“控制”键被按下（在Microsoft Word中，热键“复制”，例如，是按Ctrl + C）后，在 ImageJ，这就是“C”的。除非你已经安装了从赖特细胞成像设备网站（手册ImageJ 和软件的链接），插件本手册中提到的和定制的键盘快捷方式或多或少（ “热键”）可能无法工作。 这也仅仅是被插件收集整理和我组织，他们都已经获得 摆脱ImageJ网站或其他地方上网。这项工作的信贷应该去 作者的插件（见附件）。请确保他们得到适当的承认，在任何 出版，他们的工作便利。我试图包括适当引用或联系方式 每位作者。让我知道任何遗漏，我会立即改正。 如果你是一个插件作者，你是不是你的插件的方式描述或包含或快乐 引，请让我知道。我会在必要时更新此手册。 本手册的目的是介绍性的概述，让您建立和运行，因此，并不详尽。 我开始工作，而在本手册Babraham学院，剑桥，英国（地址如下）就业。我 认为现在是一个“进展中的工作”。请发送任何意见： 托尼柯林斯博士 设施经理 赖特细胞成像设备 多伦多西方研究所 管委会13-407 399 Bathurst街 多伦多，开，M5T 2S8 电子邮箱：tonyc@uhnres.utoronto.ca 网址：www.uhnresearch.ca / wcif 目录 1安装ImageJ ............................................... .................................................. ........................... 1 1.1视窗................................................ .................................................. ................................................一 1.1.1安装程序文件............................................ .................................................. .............................................一 1.1.2更新核心 方案 气瓶 现场处置方案 .pdf气瓶 现场处置方案 .doc见习基地管理方案.doc关于群访事件的化解方案建筑工地扬尘治理专项方案下载 ............................................ .................................................. ..........................................一 1.1.3设置内存分配............................................ .................................................. ........................................一 1.2 Mac和Linux .............................................. .................................................. .........................................一 1.3 OS2的................................................ .................................................. .................................................. .......一 1.4 QuickTime的功能............................................... .................................................. .........................一 1.5升级................................................ .................................................. ..............................................一 1.5.1 ImageJ核心方案............................................ .................................................. ..........................................一 1.5.2插件.............................................. .................................................. .................................................. ............ 2 1.6 Java运行环境.............................................. .................................................. ..................... 2 1.6.1关于.............................................. .................................................. .................................................. .............. 2 1.6.2 JRE的版本比较............................................ .................................................. ..................................... 2 1.6.3安装的JRE ............................................ .................................................. ............................................... 2 1.6.4编译ImageJ插件一个新的JRE ........................................ .................................................. ...............三 2导入图像文件.............................................. .................................................. .................... 4 2.1导入蔡司LSM的文件............................................. .................................................. ......................... 4 2.2导入诺伦SGI的文件............................................. .................................................. ........................... 4 2.3导入Biorad PIC文件............................................. .................................................. ........................ 4 2.4从文件夹中导入多个文件............................................ .................................................. .......... 4 2.5导入多从文件夹中..........................................原始序列................................................ 5 2.6导入AVI和MOV文件............................................ .................................................. ..................... 5 2.7其他进口功能.............................................. .................................................. ............................ 5 3保存和导出文件............................................. .................................................. ............ 6 4强与时间分析............................................. .................................................. .............. 7 4.1亮度和对比度.............................................. .................................................. ......................... 7 从单一的投资回报率4.2入门强度值........................................... .................................................. .. 7 4.3强度随时间的动态分析............................................ .................................................. .......... 7 4.4如何从多个投资回报强度值........................................... ............................................... 8 4.5获取时间戳数据.............................................. .................................................. ....................... 9 4.5.1蔡司LSM的............................................. .................................................. .................................................. ........ 9 4.5.2诺伦.............................................. .................................................. .................................................. .............. 9 4.5.3 Biorad .............................................. .................................................. .................................................. ............. 9 4.6伪线扫描.............................................. .................................................. ...................................... 9 5颗粒分析............................................... .................................................. .......................... 10 5.1自动颗粒计数.............................................. .................................................. .................. 10 5.1.1阈值分割............................................. .................................................. ................................... 10 5.1.2分水岭分割............................................. .................................................. ................................. 11 5.1.3分析颗粒............................................. .................................................. ............................................. 11 5.1.4粒子跟踪............................................. .................................................. ............................................... 11 5.2手动计数............................................... .................................................. .................................. 12 5.2.1细胞计数............................................. .................................................. .................................................. ... 12 5.2.2点选择器............................................. .................................................. .................................................. .... 12 六色分析............................................... .................................................. ........................... 13 6.1荧光Colocalisation分析.............................................. .................................................. 。 13 6.1.1 Colocalisation系数............................................. .................................................. ................................ 13 6.1.2突出colocalised像素............................................ .................................................. ........................... 14 7影像强度处理.............................................. .................................................. ......... 15 7.1亮度和对比度.............................................. .................................................. ....................... 15 7.2非线性对比度拉伸............................................ .................................................. ..................... 15 7.3伽玛................................................ .................................................. ................................................. 16 7.4过滤................................................ .................................................. ................................................ 17 7.5背景校正............................................... .................................................. ........................ 18 7.6平场校正............................................. .................................................. ................................ 19 7.6.1适当的修正............................................. .................................................. ............................................. 19 7.6.2伪校正............................................ .................................................. ............................................. 19 7.7屏蔽不想要的区域.............................................. .................................................. ................... 20 7.7.1简单的掩蔽............................................. .................................................. ............................................... 20 7.7.2复杂掩蔽............................................. .................................................. ............................................ 20 二 8彩色图像处理.............................................. .................................................. ............ 21 8.1合并多通道图像............................................ .................................................. ................ 21 8.1.1蔡司LSM的多通道实验......................................... .................................................. ................... 21 8.1.2 Biorad多通道实验.......................................... .................................................. ........................ 21 8.1.3交错多通道实验.......................................... .................................................. ................. 21 8.1.4彩色合并............................................. .................................................. ................................................ 22 8.2 Pseudocolour ................................................ .................................................. ...................................... 22 9堆栈切片操作............................................. .................................................. ............ 24 9.1切片洗牌/删除/添加........................................... .................................................. ............. 24 9.2堆栈尺寸操作.............................................. .................................................. ........... 25 10 Z轴功能.............................................. .................................................. .................................. 26 10.1栈预测.............................................. .................................................. .................................. 26 10.1.1最大密度的Z -投影:......................................... .................................................. ........................... 26 10.1.2索贝尔滤波器的聚焦........................................... .................................................. ............................... 26 10.1.3小波变换的集中.......................................... .................................................. ..................... 26 10.2体积呈现............................................... .................................................. ...................................... 27 10.3表面渲染............................................... .................................................. ..................................... 27 10.4轴向切片.............................................. .................................................. ..................................... 28 10.5正交视图............................................... .................................................. ................................. 28 10.6对立体声和Anaglyphs ............................................. .................................................. ................... 29 10.6.1批量渲染，anaglyphs ........................................... .................................................. ............................... 29 10.6.2表面呈现，anaglyphs ........................................... .................................................. ............................... 30 11吨-函数.............................................. .................................................. ................................... 31 11.1校正漂白.............................................. .................................................. ....................... 31 11.2 F ÷ F0的.............................................. .................................................. .................................................. ...... 32 11.3Δ- F .............................................. .................................................. .................................................. .. 33 11.4曲面绘图............................................... .................................................. .................................... 34 11.4.1“分析/曲面图”设置........................................ .................................................. .............................. 34 11.4.2 SurfaceJ设置............................................. .................................................. ............................................. 34 注释影像............................................... 12 .................................................. ...................... 35 12.1比例尺............................................... .................................................. ............................................... 35 12.1.1校准.............................................空间.................................................. ............................................. 35 12.1.2新增规模吧........................................... .................................................. ................................................ 35 12.2文本和线条.............................................. .................................................. ........................................ 36 12.2.1与添加文字问题........................................... .................................................. ....................................... 36 12.2.2添加文字/线/盒......................................... .................................................. ........................................... 36 12.2.3添加时间戳............................................. .................................................. .......................................... 37 12.2.4添加事件标记电影.......................................... .................................................. .............................. 37 13附录1：插件作者............................................ .................................................. .......... 38 14附录二：引用ImageJ和插件.......................................... ........................................... 40 14.1 ImageJ ................................................ .................................................. .................................................. 40 14.2 VolumeJ ................................................ .................................................. ............................................... 40 14.3 TransformJ ................................................ .................................................. ........................................... 40 14.4扩展的焦点............................................... .................................................. .................................... 40 15附录三：我Plugins菜单和子菜单....................................... ...................................... 41 16附录四：切出键盘工具栏.......................................... ............................................ 42 1安装IMAGEJ 1.1视窗 如果您已经有ImageJ安装，它可能是值得的卸载它（重命名的文件夹），之后 安装说明如下。这将符合您的ImageJ复制本手册。额外的插件可以很容易地 以后补上。 1.1.1安装程序文件 1。请从赖特细胞成像设备的网站WCIF_Imagej_setup.exe文件 （http://www.uhnresearch.ca/wcif）。按照下载链接。 2。运行该程序。 3。快捷方式将被安装在您的桌面和开始菜单。 1.1.2更新核心方案 现在升级ImageJ核心方案（文件IJ.JAR）从ImageJ网站立即（见第1.5.1 下文） - 由于升级的频率，在设置版本将过时。获得在该做的习惯 这个常规。 1.1.3设置内存分配 不像其他的Windows应用程序ImageJ将只使用分配给它的内存。默认情况下，WCIF ImageJ 假设安装有512 MB RAM的PC，因此ImageJ默认情况下，已拨出380兆（推荐 75％的总512MB以上）。 如果您的电脑不具备512MB内存，然后通过改变分配的内存等于RAM总量的75％ 菜单命令：“编辑/选项/存储”。虚拟内存中指定超过75％是真实的RAM结果 使用造成ImageJ变得非常缓慢和不稳定。见http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/install/。 Mac和Linux 1.2 该WCIF ImageJ安装的Windows。 Mac和Linux用户可以从下载ImageJ http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html然后安装WCIF“插件只”包。这将安装 本手册详细的插件和“首选项文件”（IJ_PREFS.TXT），这将匹配的菜单位置 该插件和本手册的捷径。 1.3 OS2的 ImageJ将运行在OS2的，但对于Biorad运行OS2的用户，安装复杂ImageJ 8.3 文件名由LaserSharp软件所需的限制。与此帮助联系我（电子邮件tonyc）。 1.4 QuickTime的功能 当QuickTime是使用其默认设置安装，没有安装Java功能与它;这使得 ImageJ的QuickTime的功能不起作用。需要安装QuickTime的一个自定义安装，就 对于QuickTime的Java选项选中。这个选项默认是选中，并以某种方式下 安装选项列表，以便保持滚动，直到你找到它。这需要您登录与“行政中 特权“。见http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/qt-install.html。 1.5升级 1.5.1 ImageJ核心方案 你并不需要登录以管理员要做到这一点了，但ImageJ必须关闭。 ImageJ升级 几天之内解决，以便ImageJ本身非常频繁，主要错误应该经常进行升级。你可以 检查或注意到的版本出现在下方的工具栏启动，或找到您的版本的ImageJ 在该ImageJ财产清单底部的版本，可以通过菜单命令调用 “插件/公用事业/ ImageJ属性...”。作者：ImageJ的最新版本可以在： http://rsb.info.nih.gov/ij/upgrade/。 2 该文件需要的是所谓的IJ.JAR。新IJ.JAR下载到“C：\ ImageJ”目录和过度写 现有IJ.JAR。目前正在升级几乎每周发布的基础。详细的升级功能 可在网页上的ImageJ网站新闻页面的链接。 1.5.2插件 在ImageJ /新闻网页也有关于新的插件的细节。这些*. class文件必须下载到 的“C：\ ImageJ \插件”。 ImageJ将加载插件文件夹中的所有的插件启动。插件保存到 插件后ImageJ文件夹将无法使用，直到ImageJ已重新启动。其他插件可以找到 在ImageJ /插件网页。 1.6 Java运行环境 1.6.1关于 ImageJ运行在一个“Java虚拟机”，这是对“Java运行时环境”（JRE）的Sun公司的一部分。因此， 只要计算机有正确的JRE，ImageJ将工作，作业系统（Mac，赢得独立， OS2的，Linux操作系统，SGI公司等）。 最新的JRE和老版本可以通过以下的ImageJ /链接网页上的链接。 每隔一段时间，请检查如果Windows在Sun的JRE已经升级。有时，升级是值得的; 有时事实并非如此。软件开发工具包（SDK）也可从Sun的JRE一起具有JRE作为 一个组件，以及其他发展资源。 1.6.2 JRE的版本比较 在ImageJ的Windows从ImageJ网站安装包含JRE1.3;从WCIF网站ImageJ Beta 1中有JRE1.5。 1。 JRE1.3是最稳定的JRE的最新的，与ImageJ Windows安装分布于 ImageJ网站。 2。 JRE1.4.0允许该系统的剪贴板复制和使用插件和其他应用程序之间粘贴ImageJ （PowerPoint中，CorelDRAW中等等）。 3。 JRE1.4.2介绍了错误，造成了ImageJ崩溃时作了测量。 4。 JRE1.5 Beta 1中具有较大的窗口窗格“打开文件”使得更容易找到你的图片对话框。 （您 在这一点上可能会看到在Win98下对话框的字体奇怪的效果。） 朗读 显示对应的拉丁字符的拼音 字典 - 查看字典详细 内容 财务内部控制制度的内容财务内部控制制度的内容人员招聘与配置的内容项目成本控制的内容消防安全演练内容 1.6.3安装的JRE 1。登录为WinXP/NT/2000管理员。 2。卸载任何现有版本的Java运行时 （开始/设置/控制面板/添加，删除程序或 像这样的东西）。 3。运行新的安装文件。 4。选择自定义安装。 5。当提示输入安装目录，单击更改 按钮，并更改为 ç：\ IMAGEJ\ JRE的 6。然后确定所有对话框。 安装JRE的，而不是意味着javaw.exe SDK将不会在预期的位置。你需要移动 JRE的文件夹的内容由JDK安装到C：\ IMAGEJ\的JRE。 1.6.4编译ImageJ一个新的JRE插件 从Sun的JRE不包括所需的tools.jar文件 菜单命令“插件/编译和运行“工作。 如果没有这个文件，你会收到错误信息的权利。 朗读 显示对应的拉丁字符的拼音 Ānzhuāng JRE de, ér bùshì yìwèi zhe javaw.Exe SDK jiāng bù huì zài yùqí de wèizhì. Nǐ xūyào yídòng JRE de wénjiàn jiā de nèiróng yóu JDK ānzhuāng dào C:\ IMAGEJ\de JRE. 1.6.4 Biānyì ImageJ yīgè xīn de JRE chājiàn Cóng Sun de JRE bù bāokuò suǒ xū de tools.Jar wénjiàn Càidān mìnglìng “chājiàn/biānyì hé yùnxíng” gōngzuò. Rúguǒ méiyǒu zhège wénjiàn, nǐ huì shōu dào cuòwù xìnxī de quánlì. 字典 - 查看字典详细内容 Google 翻译适合以下用途：搜索 HYPERLINK "http://www.google.cn/url?source=transpromo&rs=rsmf&q=http://translate.google.cn/about/intl/zh-CN_ALL/tour.html%23mobile" 手机 HYPERLINK "http://www.google.cn/url?source=transpromo&rs=rsmf&q=http://translate.google.cn/about/intl/zh-CN_ALL/tour.html%23chat" 聊天 HYPERLINK "http://www.google.cn/url?source=transpromo&rs=rsmf&q=http://translate.google.cn/about/intl/zh-CN_ALL/tour.html%23professional" 商务 关于 Google 翻译 HYPERLINK "http://translate.google.cn/?hl=zh-CN&eotf=0&sl=en&tl=zh-CN&q