酶促反应动力学-多底物动力学

第二节多底物反应及其动力学一反应机制的分类：(一)Cleland表示法的基本符号和概念：底物：依照底物与酶结合的顺序依次用A、B、C、D表示产物：根据产物从酶上脱落的顺序用P、Q、R、S表示游离酶：E、F、G抑制常数：KiA、KiB;KiP、KiQ米氏常数：KmA、KmB;KmP、KmQ抑制剂：I修饰剂：X或Y反应分子数:Uni(单)、Bi(双)、Ter(三)、Quad(四)医学课件ppt酶反应中间物：分为两类(1)稳态中间物：指酶和底物以共价键结合形成的较为稳定的中间物。可以发生双分子反应而不能自身解离。例如：某些Ser蛋白酶在催化过程中形成的酰化酶中间物包括：共价结合的ES中间物；自由酶(2)过渡态复合物：非稳定的酶中间物，本身可以单分子解离或异构化之后再解离出产物或底物。分为:非中心复合物：酶未完全被底物饱和中心复合物：酶已经完全被底物饱和，(EABEPQ);(EAEP)医学课件ppt(二)反应机制的分类和命名(以双底物双产物反应为例）：1.序列(sequential)反应机制:酶必需与所有底物都结合之后才有产物放出。对于双底物双产物反应，必有酶-底物三元复合物形成。根据底物及产物与酶的结合及释放是否有序分为:(1)有序双双双底物双产物反应(orderedBiBi)：ABPQEEA(EAB≒EPQ)EQEEA、EQ:非中心复合物；(EAB≒EPQ):中心复合物A：领先底物；B：随后底物医学课件ppt例如：许多以NAD+或NADP+为辅酶的脱氢酶类，乳酸脱氢酶（LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)等NAD+苹果酸(MA)草酰乙酸(OAA)NADHMAOAAEENAD+(ENAD+≒ENADH)ENADHENAD+/NADH形成外底物对机制：由于底物A与酶结合后改变了酶的构象，使原来隐蔽的B结合位点暴露，B才能结合上去。暗示：A与B可能结合在酶的不同部位。医学课件ppt(2)Theorell-Chance(T-C机制)：ABPQEEAEQE第二个底物B结合及释放非常快，没有明显的三元复合物变构过程。可看作是三元复合物浓度极低的序列有序机制。例如：马肝醇脱氢酶：NAD+乙醇乙醛NADHEENAD+ENADHE医学课件ppt(3)随机双双(randomBiBi)：ABPQEAEQE（EAB≒EPQ）EBAQP产物从酶上的释放及底物和酶的结合无一定顺序。少数脱氢酶和一些磷酸激酶属于该类，例如肌酸激酶:肌酸+ATP磷酸肌酸+ADP机制：酶蛋白上的A、B结合位均处于暴露状态，两者与底物的结合即互不干扰，也不互相依赖。EBEP医学课件ppt2乒乓机制(Ping-PangBiBi)：各种底物全部和酶结合以前，已经有一种或多种底物放出，不形成三元复合物。APBQE(EA≒FP)F(FB≒EQ)E属于该机制的酶大多数具有辅酶，如转氨酶、黄素酶等。谷草转氨酶属于典型的乒乓机制：AspOAAAKGGluE∙CHO(E∙CHO∙AspE∙NH2(E∙NH2∙AKGE∙CHO≒E∙NH2∙OAA)≒E∙CHO∙Glu)医学课件ppt总结：有序机制序列反应机制T-C机制随机机制乒乓反应机制医学课件ppt二King-Altman法——速度方程图示法(一)Kappa表示法:E+Ak1EA1k-12Vf=k1[A][E];Vr=k-1[EA]Kappa(К)=速度常数项×底物(产物)浓度项正向反应的Kappa：К12=k1[A]逆向反应的Kappa：К21=k-1反应速度：Vf=К12[E];Vr=К21[EA]К具有方向性，是一个矢量。其方向与酶形式的流向有关医学课件ppt(二)King-Altman法步骤:(1)首先写出反应历程，然后将反应历程安排成封闭环形式。环的角数就是酶存在形式数目，用n表示。然后在各角之间连线上标出各步反应的К。E+Ak1EAk2EPk3E+Pk-1k-2k-3Ek1[A]EAk-1k-3[P]k3k2k-2EP医学课件pptКE=k-1k3+k-1k-2+k2k3КEA=k1k3[A]+k1k-2[A]+k-2k-3[P]КEP=k-1k-3[P]+k1k2[A]+k2k-3[P]E:EA:EP:（2）画出King-Altman图形，即：所有流向各种酶形式的n–1线矢量图，再将各步反应的К标到矢量图上,并写出流向各种酶形式的К乘积之和。医学课件ppt（3）速度方程推导:各种酶形式的浓度与其К乘积之和成正比:[E]∝КE;[EA]∝КEA;[EP]∝КEP[E0]∝∑К=КE+КEA+КEP[E]=КE[E0]∑К[E]=（КE／∑К）×[E0][EA]=КEA[E0]∑К[EA]=（КEA／∑К）×[E0][EP]=КEP[E0]∑К[EP]=（КEP／∑К）×[E0]医学课件pptV=k3[EP]﹣k-3[E][P]=(k3·КEP/К﹣k-3[P]·КE/К)[E0]=(k1k2k3[A]﹣k-1k-2k-3[P])[E0](k-1k3+k-1k-2+k2k3)+k1(k2+k-2+k3)[A]+k-3(k-1+k-2+k2)[P]=num1[A]﹣num2[P]const+coefA[A]+coefP[P]num1:分子中[A]项之前的系数乘以[E0]num2:分子中[P]项之前的系数乘以[E0]const:分母常数项coefA:分母中[A]项之前的系数coefP:分母中[P]项之前的系数医学课件ppt(三)注意:矢量图数目的计算:n-1线矢量图数目=m!(n-1)!(m-n+1)!n=角数;m=封闭环的线数n=3;m=3;n-1线矢量图数目=3!=3(3-1)!(3-3+1)!医学课件pptKing-Altman图形不包含封闭环形式：E1E2E3E4n=4，m=5n-1线（3线）图数目=5！=10个，(4-1)！(5-4+1)！2个封闭环形式无效，应去除。共有8个有效的King-Altman图形医学课件ppt反应历程中有时可能没有逆反应，此时有些King-Altman图形不存在。E+Ak1EAk2EPk3E+Pk-1k-2此反应若没有k-3线，则某些King-Altman图形不存在，反应速度中凡是含k-3项者不存在。医学课件pptE:k-1k-1k3k3k-2k2EA:k1[A]k1[A]k3k-2k-3[P]k-2EP:k-1k1[A]k-3[P]k2k-3[P]k2КE=k-1k3+k-1k-2+k2k3КEA=k1k3[A]+k1k-2[A]+k-2k-3[P]КEP=k-1k-3[P]+k1k2[A]+k2k-3[P]医学课件pptV=k3[EP]﹣k-3[E][P]=(k1k2k3[A]﹣k-1k-2k-3[P])[E0](k-1k3+k-1k-2+k2k3)+k1(k2+k-2+k3)[A]+k-3(k-1+k-2+k2)[P]=num1[A]﹣num2[P]const+coefA[A]+coefP[P]医学课件ppt三双底物反应动力学(一)有序双双机制：1方程的推导：E+Ak1EA+Bk2(EAB≒EPQ)k3EQ+Pk-1k-2k-3k-4k4E+QEk1[A]EAk-1k4k-4[Q]k-2k2[B]k-3[P]EQ(EAB≒EPQ)k3医学课件pptn=4,m=4,则n-1线(3线)矢量图数目为4E:EA:EAB:EQ:医学课件pptV=k4[EQ]–k-4[E][Q]=(k4∙КEQ–k-4[Q]∙КE)[E0]／∑К=num1[A][B]-num2[P][Q]const+coefA[A]+coefB[B]+coefP[P]+coefQ[Q]+coefAB[A][B]+coefAP[A][P]+coefBQ[B][Q]+coefPQ[P][Q]+coefABP[A][B][P]+coefBPQ[B][P][Q]若不考虑产物的影响，即[P]=0,[Q]=0初速度V=num1[A][B]const+coefA[A]+coefB[B]+coefAB[A][B]医学课件ppt2动力学常数的定义：最大反应速度：正向：Vmf=num1逆向：Vmr=num2coefABcoefAB米氏常数：KmA=coefBKmB=coefAcoefABcoefABKmP=coefQKmQ=coefPcoefPQcoefPQ解离常数：KiA=constKiB=constcoefAcoefBKiP=constKiQ=constcoefPcoefQ医学课件pptV=num1[A][B]const+coefA[A]+coefB[B]+coefAB[A][B]=num1[A][B]／coefABconstcoefA+coefA[A]+coefB[B]+coefAB[A][B]coefAcoefABcoefABcoefABcoefABV=Vmf[A][B]KiAKmB+KmB[A]+KmA[B]+[A][B]双底物反应中米氏常数的意义：KmA：是[B]饱和时酶对底物A的米氏常数KmB：是[A]饱和时酶对底物B的米氏常数医学课件ppt3有序机制动力学常数的求取(二次作图法)：第一次为双倒数作图，一般固定其中一个底物的浓度，变化另一个（例如：固定[B]，变化[A]）。将有序机制的动力学方程进行双倒数处理：1=KmA(1+KmB∙KiA)∙1+1(1+KmB)VVmKmA[B][A]Vm[B]若将[B]固定于不同的浓度，则以1/V~1/[A]作图可得一组相交于第二或第三象限的直线，其交点座标为：1/V1/[A][B1][B2][B3]医学课件ppt第二次作图：纵截距~1/[B]作图由第二次的作图可知KmB和Vm,代入交点坐标中可知KmA若[A]→∞(A饱和时)：1=1(1+KmB)VVm[B]转化为米氏方程若[B]→∞(B饱和时):1=1(1+KmA)VVm[A]这就是水解反应可看作是单底物反应的原因，因为另一底物是水，其浓度可看作是饱和。医学课件ppt(二)随机双双：1动力学方程推导：m=8,n=6,n-1=5线图：56个封闭环：24个有效图形：32个医学课件ppt假设反应过程第一个底物与酶结合或第一个产物从酶释放是迅速平衡过程——迅速平衡随机双双:V=num1[A][B]-num2[P][Q]const+coefA[A]+coefB[B]+coefP[P]+coefQ[Q]+coefAB[A][B]+coefPQ[P][Q]若[P]=0[Q]=0则:V=num1[A][B]const+coefA[A]+coefB[B]+coefAB[A][B]V=Vmf[A][B]KiAKmB+KmB[A]+KmA[B]+[A][B]此方程与有序机制相同，称为序列机制的总方程。医学课件ppt(三)乒乓双双机制：1速度方程:乒乓机制的King-Altman环形表达式为：Ek1[A](EA≒FP)k-1k4k-4[Q]k2k-2[P](EQ≒FB)k-3Fk3[B]m=4n=4，每种酶都有4种3线图。医学课件pptV=num1[A][B]-num2[P][Q]coefA[A]+coefB[B]+coefP[P]+coefQ[Q]+coefAB[A][B]+coefAP[A][P]+coefBQ[B][Q]+coefPQ[P][Q]若不计产物影响，[P]=0[Q]=0，则：V=num1[A][B]coefA[A]+coefB[B]+coefAB[A][B]V=Vmf[A][B]KmA[B]+KmB[A]+[A][B]医学课件ppt2.乒乓机制动力学常数的求取：(1)双倒数图：若固定[B]变化[A]1=1(1+KmB+KmA)VVm[B][A]横截距：纵截距：(2)纵截距~1/[B]作图：从二次作图的横纵截距中求取Vm和KmB，带入双倒数图的横截距表达式求取KmA。1/V1/[A][B1][B2][B3]医学课件ppt若固定[A]变化[B]，也可得到一组平行线，以二次作图法同样求取各动力学常数。若[A]→∞，1=1(1+KmB)VVm[B]若[B]→∞1=1(1+KmA)VVm[A]即：当其中一种底物饱和时，另一种底物与酶的反应符合米氏方程，可看作单底物动力学医学课件ppt小结医学课件ppt