计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具

计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具 计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具 这是和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下列网址于2009年7月8日验证皆可用，若无法访问可尝试代理。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要java运行环境。 1 在线信息数据库部分 √ SDBS光谱数据库：http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。 生物核磁共振数据库：http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL程序基组数据库：http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html  计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http://cccbdb.nist.gov 简介：此数据库包括各种量子化学 方法 快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载 、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 量化频率计算校正因子：http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出 IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http://www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版。 NIST化学数据库：http://webbook.nist.gov/chemistry 简介：是美国国家 标准 excel标准偏差excel标准偏差函数exl标准差函数国标检验抽样标准表免费下载红头文件格式标准下载 与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构 RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介：分子的RESP电荷的数据库 ppsala Electron Density Server：http://eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤 上海有机所化学专业数据库：http://202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、**名称检索等功能。 Clarkson大学相对论有效势数据库：http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html  EMSL基组数据库：https://bse.pnl.gov/bse/portal 含重原子全电子STO基组数据库：http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html 原子间势参数数据库：http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart赝势参数数据库：http://www.theochem.uni-stuttgart.de/pseudopotentials/clickpse.en.html hemBioFinder：http://chembiofinder.cambridgesoft.com/chembiofinder/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。 Sigma-Aldrich公司产品数据库：http://www.sigmaaldrich.com/Area_of_Interest/The_Americas/United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。 基本物理常数数据库： 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree->eV http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 百奧知识数据库： 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。 ttp://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm 2 结构数据库部分 GLYCAM寡糖数据库：http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp ICSD无机晶体数据库：http://icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 NDB核酸数据库：http://ndbserver.rutgers.edu 简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。 PDBbind-CN：http://www.pdbbind.org.cn/index.asp 简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。 PDB Wiki：http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。 sc-PDB：http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB 简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 RCSB PDB数据库：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do HPDB蛋白质数据库：http://hpdb.hbu.edu.cn 简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 ZINC化合物虚拟筛选数据库：http://zinc.docking.org/index.shtml 简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 PubChem：http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。 SuperNature天然产物数据库：http://bioinformatics.charite.de/supernatural 简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息 蛋白质pKa数据库(PPD)：http://www.jenner.ac.uk/PPD 蛋白质分类数据库(CATH)：http://www.cathdb.info 简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。 蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。 结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。 计算化学相关的免费的在线数据库及工具(续)  文/Sobereva  Last Update:2011-MAY-7 计算RRKM反应速率：http://phd.marginean.net/rrkm.html DynDom：http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp 简介：输如蛋白质分子的两个构象，可 分析 定性数据统计分析pdf销售业绩分析模板建筑结构震害分析销售进度分析表京东商城竞争战略分析 出构象变化所绕着的旋转轴，以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。 StrucTools：http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html 简介：可以绘制蛋白质二级序列图，计算主链氢键，绘制B因子-残基图，计算残基所占体积并绘图，计算残基SASA，做Ramachandran图，做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。 TarFisDock(Target Fishing Dock)：http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock 简介：反向对接程序，提供小分子结构，寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问，速度比较慢。 PharmMapper：http://59.78.96.61/pharmmapper/ 简介：上传药物小分子mol2文件，使用反向药效团匹配方法从PharmTargetDB数据库中寻找药物靶标，进而预测化合物的生物活性。尽管也可以通过反向对接实现此目的，但这种方法速度更快。 VRML File Creator：http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator 简介：通过smile字符串或者结构文件，创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D，在pdf文档中演示分子的立体结构。 w3DNA：http://w3dna.rutgers.edu 简介：输入核酸PDB ID或上传结构文件，分析其碱基结构参数。也可以在线搭建新的核酸结构。 WebMO：http://www.webmo.net/demo/index.html 简介：提供了友好的GUI界面，可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入，但运算时间限制在60秒以内，在缺乏计算条件下可以应急使用。 估算REMD模拟适宜的温度设定：http://folding.bmc.uu.se/remd 在线蛋白质分析工具列表：http://www.bioinf.org.uk/servers PBT Profiler：http://www.pbtprofiler.net 简介：输入化合物代码或在线绘制结构，快速预测此化合物对环境污染的情况，包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。 √ WHAT IF：http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 简介：提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。 3D-JIGSAW：http://bmm.cancerresearchuk.org/~3djigsaw/ 简介：输入氨基酸序列进行蛋白同源模建的在线工具，提交任务几个小时后会收到电子邮件反馈计算结果。 SPINUS-WEB：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/spinus/ 简介：绘制或上传结构，得到H-NMR光谱数据。但需要Chime插件，比较麻烦。 TeleSpec IR Simulator：http://www2.chemie.uni-erlangen.de/services/telespec/simuframe/index.html 简介：通过神经网络方法获得红外光谱。在左上角点New Query，弹出窗口中四项都要填，然后关闭弹出窗口，再点START SIMULATION按钮。在填色矩阵中点红球，下方就会出现预测的红外光谱。 MolProbity：http://molprobity.biochem.duke.edu/index.php 简介：蛋白质、核酸结构检测工具。首先输入PDB ID或者上传pdb文件，服务器会自动对结构进行一些修改，然后就会进入主界面。主界面上方有一些操作，点击add hydrogens会进行加氢成为全原子结构。之后点analyze all-atom contacts and geometry对结构合理性进行分析，参数用默认即可，之后就会得到评价结构质量的指标数据，可以将各项指标以列表形式显示出来(Multi-criterion Chart)以得知哪些残基有问题；也可以在线调用KiNG查看三维结构(Multi-criterion kinemage)，结构中不合理的地方会用特有的符号标识出来，例如绿色的为不合理的二面角（在Rama图合理区域之外），桔色说明此残基是不合理的侧链旋转异构体，一团红线说明那个地方有不合理的接触，一堆绿点说明那里有氢键等等，详见molprobity原文。在主界面的Popular Downloads可以在文件列表中下载或直接查看所有操作生成的中间文件。 Ramachandran plot：http://dicsoft1.physics.iisc.ernet.in/rp/ 简介：绘制Rama图的工具，可输入PDB ID或自行上传。可设定的选项较多，除了作图，还可以进行分析，比如有多少残基在合理区域外。 绘制Ramachandran图的工具：http://www.fos.su.se/~pdbdna/input_Raman.html 简介：输入PDB ID绘制rama图，可以只绘制某几个链，可以选择只绘制哪几类残基，并会以不同颜色表示。 计算热力学 函数 excel方差函数excelsd函数已知函数     2 f x m x mx m      2 1 4 2拉格朗日函数pdf函数公式下载 ：http://www.nist.gov/cstl/chemical_properties/computational/thermochemistry_cgi.cfm 简介：提交高斯的freq任务的输出文件（正式支持98/03），输入频率校正因子和温度，将得到熵、ddH（即H(T)-H(0)）、等压热容，也可以将其perl脚本下载到单机运行。虽然用高斯freqchk也可以算，但是在没有chk文件只有out文件时就派上用场了。 Hex Server：http://hexserver.loria.fr 简介：分子对接程序Hex Protein Docking的在线服务器，提交受体配体pdb文件进行计算，最终获得对接结果的pdb文件。采用了CUDA加速，速度很快。 √ FROG 2：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2 简介：上传sdf、mol2文件或粘贴smile字符串，生成分子各种可能的构象（构象搜索）以及异构体的立体结构文件。 Mobyle@RPBS：http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py 简介：一大批单机程序的统一的在线界面，从左上角选择要执行的程序。一般通过smile字符串、sdf、mol2、pdb、FASTA序列输入（选择文件后，等一会儿，在文本框出现文件开头部分时说明已上传完成）。可以同时执行多个任务，会显示在Jobs标签页里。 **Sequence里面是研究序列的相关工具 **以下是Drug分类下属的部分工具简介   AMMOS：小分子能量最小化   DG-AMMOS：依靠distance geometry算法生成一个小分子的3D结构   ADME-Tox：根据指定规则筛选输入的小分子集   DeSalt：将输入的结构中的盐去掉   XScore-LogP：使用原子加和算法加上校正因子计算LogP   OpenBabel：OpenBabel的在线版，用于诸多分子结构格式相互转换 **以下是Structure分类下属的部分工具简介 --Analysis   ASA：计算pdb文件的ASA（可及表面积），可列出每个残基的贡献   H-bonds：列出蛋白中的所有氢键，可显示氢键受体、配体、氢键距离和键角   Dihedral Angles：计算蛋白质骨架和侧链的二面角（即phi, psi, omega, chis）   plotSC：以chi1/chi2为坐标，绘制蛋白中每种残基的散点图   PCE-pKa：可以计算出每个残基间相互作用能，蛋白质等电点，残基的PKa，不同PH下每个残基的质子化态和体系总电荷数。但是不支持太大体系。   PCE-pot：PB方法计算静电势，可以得到以不同颜色映射在蛋白质表面的静电势图。   avp：分析蛋白中不能被溶剂接触的空穴   ExtractTurn：识别出蛋白中的Turn   p-sea：识别并用字符串显示蛋白质的二级结构   stride：获得蛋白质二级结构信息 --Edition   AddHydrogens：给蛋白质加氢   Dihedral Angle：根据ppx文件的定义修改蛋白质的二面角（phi, psi, omega, chi）   PDBTM：使用指定的4*4坐标变换矩阵来得到新的蛋白质结构   Side Chains Substitution：自行输入序列，将上传的蛋白质结构中序列与之不符的残基换成输入的残基，但不会对替换后的残基原子位置进行优化。   BasicBuilder：输入蛋白质序列以及对应的构象序列，生成3D结构 --Predictions   HCA：疏水簇分析   SSPro、psipred：预测蛋白二级结构   Coudes：预测beta-turn位置   CysState：预测半胱氨酸二硫键状态，适合链内二硫键研究，不适合链间的。   PredAcc：预测蛋白质残基侧链相对溶剂可及程度   PEP-FOLD：从头预测蛋白质三维结构，只支持小于等于25个残基的情况。 --Mutations：PoPMuSic：预测蛋白突变稳定性，也可以在这里执行http://babylone.ulb.ac.be/popmusic/ --Homology、Quality_Assessment：一些同源模建相关工具 --Pockets：一些从蛋白质结构中识别口袋的工具 --Superposition：使两个蛋白位置重叠的工具 ezSpectrum在线版本：http://snape.usc.edu/ezSpectrum.html 简介：上传初始态和目标态的从头算频率计算输出文件（支持Gaussian、GAMESS、Q-Chem、Molpro等），计算跃迁光谱图。 Zhang Lab的各种蛋白质分析的在线工具：http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/ I-TASSER与LOMETS：输入序列，预测蛋白质结构。 MUSTER：使用新的方法做蛋白质穿线(threading)。 PSFLoger：输入蛋白质pdb文件，从蛋白质数据库中寻找结构、功能与之相似的蛋白。 TM-fold：输入两个蛋白质pdb文件，通过结构对齐算法计算结构相似性，并预测在SCOP/CATH中属于相同分类的概率。 TM-score：计算两个蛋白质结构拓扑相似性。 TM-align：使用动态规划和TM-score旋转矩阵快速、精确地对齐蛋白质结构 MM-align：基于TM-score旋转矩阵使用启发式迭代和动态规划对齐多聚体蛋白复合物结构 SVMSEQ：使用支持向量机算法预测蛋白质残基-残基接触 ANGLOR：基于机器学习算法预测蛋白质骨架扭转角 REMO：通过优化骨架氢键网络由alpha-C坐标构建蛋白质原子结构 HAAD：对只含重原子的蛋白质结构补氢，依据是减小氢的空间重叠并且趋于形成氢键。 上述程序一部分可以免费下载单机版。 UCLA-DOE的一些在线工具：http://www.doe-mbi.ucla.edu/services 简介：SAVes与Verify3D用来分析检验输入pdb结构的可靠性。Internal Repeat Finder可以寻找输入序列中的重复片段。此网站还另有很多在线数据库、蛋白晶体数据分析、序列分析、结构预测工具。 NetSurfP：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetSurfP/ 简介：输入蛋白的氨基酸序列，会预测每个残基的相对/绝对溶剂可及表面积，预测形成alpha螺旋、beta折叠、Coil的概率等。 Flexweb：http://flexweb.asu.edu/software/first/first_online_newsim/ 简介：在线执行FRODAN程序生成分子的各种构象，可以分析很大体系，如蛋白。需要在options for FRODAN analysis里把Use FRODAN dynamics打上对勾。访问时需要用户名和密码，需要先在http://flexweb.asu.edu/register/注册。 SymmDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/SymmDock/ 简介：多聚体蛋白往往只有单体的结构信息。利用此在线程序，输入蛋白质单体和对称阶数（Cn点群），将通过基于结构的对接方法生成多聚体结构。结果很快就会通过电子邮件通知用户。 PatchDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/ 简介：基于形状互补原理进行分子对接，输入的受体和配体可以是蛋白、DNA、药物小分子（可以蛋白-蛋白对接）。结果很快就会通过电子邮件通知用户。 FireDock：http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/FireDock/ 简介：此程序可以将刚性蛋白-蛋白对接的结果进一步结构优化和打分，解决刚性对接时由于未考虑柔性导致的缺陷。 Molgen：http://molgen.de/?src=documents/molgenonline 简介：输入分子式，点Submit就可以生成满足这个分子式的所有可能的结构，结果可以在右侧Jmol程序上观看（得稍等一会儿）。还可以对生成的结构加以限制，比如环的大小、原子价态、原子数目范围、不同类型键的数目等。 WEBnm：http://apps.cbu.uib.no/webnma/home 简介：上传结构文件，计算并在线观看蛋白质的最低简正振动模式，数据可导出。也可以比较几个aligned的蛋白的简正振动模式。 √ExPASy(Expert Protein Analysis System)：http://expasy.org/tools 简介：一大批在线蛋白质、基因序列分析工具列表，一部分是ExPASy本身提供的，有的是外链，有的程序可以下载到单机版。介绍其中几个很有用的：   Translate/Transeq：将核酸序列翻译成氨基酸序列。   Reverse Translate：将氨基酸序列反向翻译成核酸序列，可以自定义编码子。   ProtParam：输入氨基酸序列，得到氨基酸数、等电点、分子质量、各类氨基酸比例、正/负电荷氨基酸数目、分子式、消光系数、在哺乳动物/酵母/大肠杆菌中的半衰期、不稳定指数、疏水性。   Compute pl/Mw、ScanSite pl/Mw：计算等电点。   Radar、REP、REPRO、TRUST、XSTREAM：寻找所给的序列中重复性高的部分。   SAPS：对氨基酸序列进行统计分析。   Coils、Paircoil、Multicoil：预测氨基酸序列中卷曲螺旋区域。   Three-/one-letter amino acid converter：使单字符和三字符形式描述的氨基酸序列相互转换。   Protein Colourer、Colorseq：输入氨基酸序列，指定各种氨基酸用什么颜色字体显示，使观看清楚。其实在word里通过“搜索”中的“突出显示所有...”的功能批量设定某些字符的颜色也可以轻易实现。   Randseq：随机生成一定长度的氨基酸序列，各类氨基酸比例可自行设定。   ProtScale：计算蛋白质序列各个位置的极性、疏水性、跨膜趋势、形成各种二级结构的可能性等问题。算法很简单，对每种氨基酸预置了不同的描述符（比如Roseman给出的Ala的疏水性是0.390、Val是1.300），然后依次循环每个残基，将当前残基和周围几个残基（称作Window）的描述符通过权重加和得到此残基位置的性质，并自动绘制“性质.vs.残基号”的图。Windows size如果设为i，表明将当前残基前后(i-1)/2的残基纳入加和范畴，可以设定windows的边缘残基相对于当前残基的相对权重以及权重函数衰减形式。   BLAST：对核酸或氨基酸序列进行相似性搜索。   STRAP：对多个蛋白质、核酸的结构和序列进行对齐（序列对齐时考虑了结构相似性），预测跨膜区域和二级结构。需要JAVA运行环境。   TLSMD：上传晶体学测定的大分子pdb文件或输入PDB ID，预测域的运动模式，结果可以与B因子相互对应。   TopMatch：提供两个pdb结构，对序列和结构进行对齐   SignalP：预测信号肽区域。神经网络(NN)方法结果中，S大的区域代表这部分是信号肽区域可能性大；C越大的位置越有可能是剪切位点；Y综合考虑了C和S值，C越大、S变化越陡的地方Y越大，越有可能是切割位点。   PeptideCutter：输入氨基酸序列，预测蛋白与蛋白酶和化学物质作用后潜在的断裂位点。   Secondary structure prediction分类：一大批蛋白质二级结构预测工具。其中PSIpred预测准确率较高，速度快、且结果十分直观。   PROSITE：这个数据库收集了有特定功能性（比如某种催化活性、易于与某种小分子结合）以及用于对蛋白家族分类的域的序列模式。有些氨基酸序列找不到较高同源性的蛋白，但是如果整体或其中一部分序列与数据库中的序列模式特征相符，则可以预测其功能、划归它的所属家族。输入氨基酸序列即可从中寻找各种相符的序列模式。   Pattern and profile searches分类：提供了一批搜索PROSITE及相关数据库的工具，比如InterProScan、Hits。   PSORT、TargetP：输入氨基酸序列，预测蛋白在亚细胞级别出现的位置。   DAS、HMMTOP、PredictProtein、SOSUI、TMHMM、TMpred、TopPred：通过氨基酸序列预测哪些区域是跨膜区域。其中SOSUI还可以很形象地给出蛋白质的形态。   SWISS-MODEL：著名的自动化的蛋白质同源模建工具。有结构已知的同源性较高的模板序列时可以直接用Automated Mode，提交目标序列即可；也可以自行将目标序列与几条模板序列对齐（起码其中一个结构是一致的）然后提交进行比较建模，即Alignment Mode。同时提供结构质量评估工具(Tools-Structure Assessment)，二级结构、无序性、跨膜区域预测和特征域扫描工具(Tools-Domain annotation)。   CPHmodels、ESyPred3D、Geno3d、Phyre、Fugue、HHpred、LOOPP、SAM-T08、HMMSTR/Rosetta：在线同源模建工具，直接提交目标序列即可。   Anolea、PROCHECK、ProSA-web、QMEAN：提交pdb文件，检查、分析蛋白质结构模型的质量，是否存在不合理性。   SwissDock：基于EADock DSS的在线分子对接，提交蛋白和小分子结构文件，然后指定对接的空间区域即可。   DisEMBL、POODLE：预测蛋白各残基无序度。   GlobPlot：预测蛋白各残基无序度、球状程度和跨膜区域。   MeDor：预测蛋白各残基无序度和二级结构。   MakeMultimer：有些多聚体分子pdb文件只有对称唯一部分的坐标，而REMARK信息BIOMT段落中记载了变换矩阵用于生成完整多聚体结构，MakeMultimer就是利用这些信息生成完整多聚体的pdb文件的在线工具，也可以下载python脚本MakeMultimer.py离线使用。注意当原子数超过100000时有bug，应当将原子序号那一列向左移一行。   EBI PISA：输入大分子结构（蛋白、核酸），预测可能的结合进而形成四级结构的界面。   SIM+LALNVIEW、LAGLIGN：对两个序列进行对比。   Decrease redundancy：输入一批序列，剃掉相似度高于或低于一定标准的序列，也可以指定只保留多少个序列。   CLUSTALW：用著名的CLUSTALW程序对多个序列进行对齐，并获得距离矩阵。输出的dnd文件可用于Treeview程序显示进化树。   KALIGN、MAFFT、Muscle、T-Coffee、MSA、DIALIGN、Multalin、MUSCA：类似于CLUSTALW的多序列对齐工具，算法各不同。   MaxAlign：多序列对齐后，对于某些分析来说gap较多的序列没什么意义，MaxAlign以一定方法去掉这些序列。   ESPript：输入多序列对比结果和二级结构预测结果等信息，绘制ps或gif图像。目前（2011年1月27日）ExPASy提供的网址有误，应为http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php。 WebLogo、plogo、GENIO/logo、SeqLogo：输入多序列对齐的结果，绘制sequence logos，根据图案中各个位置的总高和每个字母的相对高矮，可以直观地获知一大批序列中哪些位置保守型好、同一位置不同类型核苷酸/氨基酸出现的相对几率。   PVS：输入多序列对齐的结果，图形描述不同位置序列可变程度的高低（某位置出现的残基种类越多、概率越相近，可变程度越大）。可以选择Shannon、Simpson、Wu-Kabat三种计算方法。 SwissParam：http://swissparam.ch 简介：意义类似prodrg，输入有机小分子mol2文件，生成用于CHARMM/NAMD和GROMACS模拟的拓扑、参数文件。 EMBL-EBI：http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/ 简介：提供了不少和蛋白、核酸的序列、结构分析相关在线工具，很多已经在ExPASy部分介绍了，这里介绍几个其它的：   DaliLite：http://www.ebi.ac.uk/Tools/dalilite/ 给定两个pdb文件，对结构进行比较。   MaxSprout：http://www.ebi.ac.uk/Tools/maxsprout/ 给定只有蛋白质Alpha-C的pdb文件，自动生成骨架和侧链结构。   √SoapLab：http://www.ebi.ac.uk/soaplab/ 分子生物学工具EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的在线服务器，集合了超过百余种蛋白质和核酸分析工具，比如预测二级结构、预测跨膜区域、预测结合位点、数据库搜索、计算序列间距离、多序列对齐、计算等电点、计算核酸熔点等等。 √NCBI BLAST：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHome 简介：NCBI提供的在线BLAST程序，可以对核酸、蛋白在数据库中进行BLAST搜索，也可以对多个序列进行对齐，可以绘制距离树。 PredictProtein：https://www.predictprotein.org 简介：输入氨基酸序列，预测蛋白质诸多性质并且做BLAST搜索。预测内容包括二级结构、跨膜区域、蛋白在生物体内位置、二硫键、残基无序度、蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA结合位点、整体呈球状的程度等等。 CHARMMing：http://charmming.org/charmming/ 简介：在线版本的CHARMM，准备、模拟、分析工作都通过网页对话框进行。免费注册。对IE浏览器支持不好，如果登陆后左侧选项列表不能显示建议改用FireFox。 DrugScore ONLINE：http://pc1664.pharmazie.uni-marburg.de/drugscore/ 简介：上传蛋白、配体结构，对结合模式进行打分。特点是结果可以以图形化表示（需Pymol），使用位于原子的蓝色、红色球形表示在当前配体结构下对结合有利和不利的原子，球的大小表明影响程度大小，以此帮助改进配体结构。 DOCK Blaster：http://blaster.docking.org 简介：受体-配体在线对接程序，使用UCSF DOCK进行对接。给定受体结构后可以对ZINC数据库进行虚拟筛选寻找潜在的药物小分子。 ChemWriter：http://chemwriter.com jsMolEditor：http://chemhack.com/jsmoleditor/ 简介：两款简单好用的绘制分子二维结构图的工具，功能虽不算丰富，但能应付大多数需要诸如Chemdraw完成的绘图工作，加载速度很快，不需要JAVA插件。 ChemDB：http://chemdb.ics.uci.edu/index.htm 简介：ChemDB集合了很多功能，有两个比较重要：   进入ChemicalSearch，可以根据SMILE字符串、化合物的注释、名称、XLogP、分子式、分子质量、可旋转键数目、氢键受/配体数目、来源、子集（比如是否属于FDA审核通过的药物）进行搜索，可得到分子的SMILE/InCHi字符串、二/三维结构文件，预测的LogP、表面积、溶解自由能等信息。   进入Virtual Chemical Space，输入分子SMILE字符串，可以对其进行一步一步的逆合成分析，逐渐构建出完整合成路径。可以指定利用哪些反应，可以设定打分权重（以此对多种合成路线优劣进行排序）。实际使用效果并不好。 另外，ChemDB还提供了一些分析分子特征的实用工具：   COSMOS：输入SMILE字符串或其它只有分子二维结构的数据，生成三维结构文件。可以一次提交一批，可以指定生成多少种异构体。   Smi2Depict：输入一个或一批SMILE字符串，绘制出二维图形，图像宽高等信息可自行设定。   Babel：转换文件格式。但是并不全部支持单机Babel所支持的格式。   MolInfo：输入SMILE字符串，绘制出二维图形，并获得分子式、名字、分子量、氢键受体/给体数、化学键数、手性键数等信息。   Reaction Processor：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述化学反应的SMIRK字符串，输出所得产物的SMILE字符串或结构文件。   Pattern Match Counter：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述官能团的SMART字符串（一种专用于描述分子子结构的类似SMILE的格式），计算分子中有多少个官能团。   Pattern Count Screen：输入一批分子SMILE字符串或结构文件，以及描述官能团的SMART字符串，筛除含有指定类型指定数目的分子。   MSFragment：输入分子SMILE字符串和碎片的SMART字符串，计算质谱中可能产生的各种分子碎片。   Mass2Structure：输入分子量a，和阈值b，查找原子量在a±b内的分子。也可以同时将分子式、调整质量、子结构（即查询到的结构必须与输入结构有相同子结构）纳入搜索条件。 Docking At UTMB：http://docking.utmb.edu/index.php 简介：基于AutoDock Vina的在线对接、虚拟筛选工具。注册是免费的，只有注册后才能对Maybridge、Chembridge、ZINC子集数据库进行虚拟筛选，没注册的话用anonymous作为用户名和密码登陆，但只能做单个配体的对接，上传受体、配体文件，指定活性区域即可。 ProfiLIB：http://duvel.silicos.be:16080/profilib 简介：上传描述分子的smile字符串或SD文件，计算分子描述符、生物活性，包括配位效率、结合能、柔性、手性中心数、cLogP、对各类酶的活性等等。 TMDET：http://tmdet.enzim.hu 简介：上传提供蛋白质结构文件，预测跨膜区域。 BindN：http://bioinfo.ggc.org/bindn 简介：输入蛋白FASTA序列，预测与RNA/DNA存在相互作用的残基，速度很快。 PiRaNhA：http://bioinformatics.sussex.ac.uk/PIRANHA/ 简介：类似BindN，但只能预测与RNA存在相互作用的残基，速度较慢。 POLYVIEW-2D：http://polyview.cchmc.org 简介：输入PDB ID或上传蛋白质结构，对蛋白序列进行注释。也就是使用图形方式显示蛋白质序列上各个位置二级结构、残基暴露在溶剂中的程度、物理化学属性（疏水、两亲、极性、带电性），图片可以以ps或tiff格式下载。 SABLE：http://sable.cchmc.org 简介：功能类似POLYVIEW-2D，但只需输入蛋白序列而不必提供结构，另外还可以选择调用MINNOU预测跨膜区域。 POLYVIEW-3D：http://polyview.cchmc.org/polyview3d.html 简介：输入PDB ID或上传大分子结构文件并设定作图参数，调用Rasmol或PyMol生成高质量渲染好的分子结构图片或者旋转动画。 SPPIDER：http://sppider.cchmc.org 简介：输入PDB ID或上传蛋白质结构文件，或者只输入蛋白质序列，预测相互作用残基。也可以输入复合体的结构分析其中的相互作用残基，结果可以直接在内嵌的JMol程序中图形化表示出来。 Nucleic Acids Research的在线服务器专题：http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_2 简介：含122个分子生物学分析的服务器的介绍，内容免费访问。 http://botdb.abcc.ncifcrf.gov/menuPages/home.jsp 简介：提供了Blast、PSI-Blast序列搜索工具，ClustalW、SSearch序列联配工具，DSSP二级结构分析工具，IC50与Ki通过Michaelis-Menten方程相互转换工具。 MODWEB:http://modbase.compbio.ucsf.edu/ModWeb20-html/modweb.html 简介：蛋白质比较建模工具，需提供Modeller的key。 ROBETTA:http://robetta.bakerlab.org 简介：蛋白质结构预测服务，输入序列后首先要做Ginzu，用来预测域，同时二级结构与会被预测，等结果出来后在结果查看页面中才能选择做全三维结构预测。另外，Rosetta.design可以用来预测序列对蛋白骨架的兼容性，RosettaDock用来做蛋白-蛋白对接，RosettaBackrub用来做柔性骨架蛋白结构的建模和 设计 领导形象设计圆作业设计ao工艺污水处理厂设计附属工程施工组织设计清扫机器人结构设计 。还能做界面丙氨酸扫描、对DNA-蛋白复合物中蛋白残基进行突变以研究哪些残基对结合有主要贡献。