启动子生物信息学分析软件

1.PromoterPrediction2.PlantCARE（plantcis-actingregulatoryelements）,adatabaseofplantcis-actingregulatoryelements3.promoter2.0predictionserver4.启动子分析网址:can/常用启动子分析网址：首先就是想直接查找有没有人做过这条基因的启动子，在pubmed中输入genename+promoter该链接中的clonefinder工具可以做到，只要提交你要查找的基因officialname就可以返回一个clonelist；我把该基因的dna序列submit之后返回了很多个PolII识别位点，到底哪个是呢我个人理解启动子应该是翻译起始位点附近，所以在这个dna序列中定位翻译起始位点即可找到最近的Highlylikelyprediction，那么怎么定位呢利用blast2这个利器，只要把dna和mrna序列粘贴进去提交就ok，正好在翻译起始位点上游几百bp有个识别位点，ok！启动子序列就是翻译起始位点上游大概1kb长度的序列了！直接用ensemble数据库的话，可以直接知道基因外显子和起始位点的位置，然后直接可以查到之前的序列，再选3k-4k的长度预测就比较方便了。启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具(2009-05-1423:54:56)忽然感觉很GUILTY的，BLOG里竟然不放一点点和研究有关的重要工具。换了电脑之后才发现，很多有用的链接都没有COPY下来，于是，从头开始做吧。这是Andrew给我的他的PAPER里的有关转录因子结合位点的数据库，还有其他网友整理的，都很有用，这个星期有空再核下几个重要基因的SNP。PROMOTERFINDINGANDANALYSISPROGRAMSONTHEINTERNET--------------------------------------------------------------------------------TRANSPLORER(TRANScriptionexPLORER)Dnanalyze(TFmapping)DragonPromoterFinder1.2(TSSfinderandpromoterregionanalysis)FunSiteP2.1HCtata(TATAsignalprediction)McPromoterVer.3MatInspector(SearchforTFbindingsites)ModelGeneratorandModelInspectorNNPP2.1(TSSfinder)PromoterInspector(Strandnon-specificpromoterregionfinder)Promoter2.0(TSSfinder)PromoterScanII(Promoterregionprediction)RGSiteScanSignalScan(SearchforEukaryoticTranscriptionalElements)TESS(SearchforTranscriptionElements)TFSEARCH(PredictsTFbindingsitesbasedonTRANSFACdata)TRANSFAC(TFdatabaseandanumberofassociatedprograms)TSSGandTSSW通常确定启动子的算法可以分成两种,一种根据启动子区各种转录信号,如TATA盒、CCAAT盒,结合对这些保守信号及信号间保守的空间排列顺序的识别进行预测。如PROMOTER2.0,用神经网络方法确定TATA盒、CCAAT盒、加帽位点(capsite)和GC盒(GCbox)的位置和距离,识别含TATA盒的启动子。根据转录因子结合部位在基因组中分布的不平衡性,将转录因子结合部位分布密度与TATA盒的权重矩阵(weightmatrix)结合起来,从基因组DNA中识别出启动子区[3]。但上述程序预测的假阳性率较高,PROMOTER210每23kb出现一个假阳性;PRO2MOTERSCAN平均每19kb出现一个假阳性。另一种方法根据启动子区序列的特征进行预测。Promo2terInspector从一组训练序列中提取出启动子区的环境特征,并将外显子、内含子和3’端非翻译区的特征与启动子区加以区分,从而在基因组中确定启动子位置近来还有一些程序将上述方法与CpG岛(CpGislands)信息相结合。CpG岛是一段200bp或更长的DNA序列,核苷酸G+C的含量较高,并且CpG双核苷酸的出现频率占G+C含量的50%以上。许多脊椎动物的启动子区都与CpG岛的位置重合。FirstEF(http://rulai1cshl1org/tools/FirstEF/)搜索通过5’UTR定位技术构建的第一外显子数据库,识别第一剪切点(firstsplicingdonorsite),结合CpG岛信息,确定启动子区。这种方法使预测的敏感性和特异性都明显提高。该程序预测含CpG岛的启动子的敏感性和特异性都高于90%,预测不含CpG岛的启动子的精确性相对略低。TRRD数据库收录了真核基因调控区结构和基因表达方式的信息,每个条目对应一个基因。应用权重矩阵数据库搜索转录因子结合部位的程序包括转录因子搜索程序(transcriptionalfactorsearch,等等。尽管基于PWM的搜索比较敏感,但它最大的缺点就是假阳性率过高,在预测的结果中有很多结合部位并不真正具有生物学功能。COMPEL数据库经实验确定的复合元件不多,COMPEL数据库中收录了近200条经实验确定的复合元件的信息。如果转录因子结合部位的预测结果中包含复合元件,显然比单个元件更有可能具有生物学功能。Co-Bind程序通过建立两个转录因子结合部位的PWM及其复合作用的模型,可以预测序列中的复合元件。还有一些程序利用COMPEL数据库中已知的复合元件去搜索基因组序列。等是用来搜索高含量基序(overrepresentedmotiffinding)的一些算法,可以对一组基因簇中的基因调控区进行比较,以发现其中存在的高含量的基序,调控元件可能就存在于这些基序之中。摘自tjogzt's的BLOG，有些挺好的收录1.NCBI上的FindingPromoter（NCBI推荐的）（）PromoterScanfromtheBioinformaticsandMolecularAnalysissectionofNIH.TFSearchfromtheComputationalBiologyResearchCenterofJapan.DRAGONGeneStartFinderfromtheDRAGONGenomeExplorersite.2.Promoter2.0PredictionServer（）Promoter2.0predictstranscriptionstartsitesofvertebratePolIIpromotersinDNAsequences.Ithasbeendevelopedasanevolutionofsimulatedtranscriptionfactorsthatinteractwithsequencesinpromoterregions.Itbuildsonprinciplesthatarecommontoneuralnetworksandgeneticalgorithms.3.TFSEARCH（）SearchingTranscriptionFactorBindingSites(ver1.3)4.NeuralNetworkPromoterPrediction(伯克利大学)（）5.TheMarkovChainPromoterPredictionServer(杜克大学)（...ter/McPromoter.html）6.NeuralNetworkPromoterPrediction(BIosino：中国生物信息)（）7.Core-PromoterPredictionProgram（byMichaelZhang）（）摘自leucocyte's的忘了，还有2009年4月在遗传上的一篇REVIEW，转录因子结合位点生物信息学研究进展2009；