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SMS的使用方法序列处理在线工具包(SequenceManipulationSuite)是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合。程序以HTML格式输出结果,可以作为标准web页由浏览器读取,可以打印与保存结果,也可用HTML编辑器或文本编辑器进行编辑。这个在线工具主要对DNA/RNA和蛋白质序列进行处理和分析。个人认为比较实用的功能是:DNA/蛋白质序列过滤器,反序与补序工具,DNA/蛋白质序列分组工具,翻译和蛋白分子量,下面进行全面的介绍:1.格式转换(1)FASTA序列粘合功能:将多条FASTA格式的序列粘合为一条。在程...

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序列处理在线工具包(SequenceManipulationSuite)是DNA与蛋白序列 分析 定性数据统计分析pdf销售业绩分析模板建筑结构震害分析销售进度分析表京东商城竞争战略分析 与格式化在线工具的集合。程序以HTML格式输出结果,可以作为标准web页由浏览器读取,可以打印与保存结果,也可用HTML编辑器或文本编辑器进行编辑。这个在线工具主要对DNA/RNA和蛋白质序列进行处理和分析。个人认为比较实用的功能是:DNA/蛋白质序列过滤器,反序与补序工具,DNA/蛋白质序列分组工具,翻译和蛋白分子量,下面进行全面的介绍:1.格式转换(1)FASTA序列粘合功能:将多条FASTA格式的序列粘合为一条。在程序只接受一条序列输入,且需要同时分析多条序列数据时将会用到此工具。FASTA格式序列输入(粘帖)到下来输入框。上限为500000个碱基.SequenceManipulationSuite:CombimeFASTA匚ombriEFASTftLWTrtftsmulLpleFASIA«#querrt:e-r«.OTdiintoa^in^eJu-CombineFASTA.far-wjrnpli?.whenyouwishbodtlennineLhe匚口donuuqeForscDlhctkinofwqUfflte?U$rw].jprggr^rnth贰jingleDtirputFi空空世?斷空魏『befor-eu制prcgrrm.3gc(2)EMBL转FASTA功能:将EMBL格式序列文件转换成FASTA格式序列文件。该程序可快速去除EMBL格式文件中的非DNA序列信息。将一条或多条EMBL格式序列输入(粘帖)到下列文本框。输入上限200000个碱基。SequenceManipulationSuite:EMBLtoFASTAEM6L1dFAST*i«r-rpbsanEblfiLfilrasinpulandrelurretheecrlir?DNA^rquerKrinFA-STAfa-m-st.Jsethisprcgrwiw+wnyawwishtoquicklyimow-diarIh?rwci-LHMAsequmce-infarmjlionfromanEMBLfile.Fjst«lh«ccolanlLafoneamar#EMO.卅骼ini口Thet农tsorl>gNl^ht$Cherel^^t■lequefKe-segmentsjikIreturn1eactiitqLenc.ef-eaLui?inFASTAiDiiTidtEMBLFeatureErlr-KtixisparticulailyhepFulwtr-nyouwishtodriivethewquenze口『acDNAfiamagenomici;e(|uancattiotccnt-irHmanyintrantP^lcrlwccwiiwiK&1erw山maeEMBLrhe甜的Wow.Inpuiliniii浊2MD0CKI曲机1&(匚lbAFi7?31£ihUi-i£Uii]匸內讯鋪与空.MXA£AFnT/fifPOtXXtv^Fi77a70d-xxPie^^tekthebro*?wf"扌rrxlrh^m匕zt二■m==tttE0B穴尹*壬二“m-a呼崔套gh99torh-E■■--■=--k-■t-315A-1^T.0M二-薦二:7;;_:二2=:工J--ttDtHI■■m=-・■.uII=七7=rrrrrT_■■■3-333-T--thh■g-jncHCbIT;七AmU夕U弓七=c*t--ur!L:?"JJI一?7一沪圧“!rz=irI!srrJHH7-V??-V9htt93mutrrl--3.-m=rrrr*-»r>-3-»・BJ=--?=.”£.”=■”£.・=.”£.・t专r-a7a7?«Tt»31cccacT7tt111;11II—"IE?k9t七ct?tBttBtt曰_1-u^h-anN-Snflxt可可打人.ql-c位匚tp'zp>:ll3clltj^llflt"t^ca.grni-l*i-l-■2nHI-EL.二kmu盂2ufE.JxQ-ad-JEadl31IHcltIC怕艷iaTEHk;;2uupmudrlcijl,'皿HSH诞辽SITZ兰gTaluTI--*rJ-t-fnndrt匸u七幵ClCl百riL!auar-i:iJr洛3鬻cr!E..Ls3aTia'fl^lLIRalhlhlDDh.gHs-T.T.^s^ET-T-uiu益2匸=luaraari-*■idJ匚nJr-naini唱圉吃nrtr-ap却二产LiatfruLiNUa口aUIBad□ajca亡td甞a-l■_L*A:Ett•1111111111111•111•JII■iI■Btrl勺t-s'u-u9'xl.u■h3.-■-3Zstttat»<-r-i^r-4^-r-9r-r-3r馆二!iliwQliaMttt尹3轟匕M『“讥曲鼻申*t.匕中耳™-4¥亠4尝乂33乂"3两』:!即N弹:::非沪尹■!:=■#“"aaaEt=-Ira=33」=tw=-t刃ah力"auua!:"齐卄H并UwI?INJ-JLC'g-Fl.T-TAy5也=弓:-=归T:t4L=u9u==9旧归上/心唱咀心4:-a:Ql-a工:cprEMBLFeatureExtractorCMtLorhAbUTiipC&51C1jpui-atlTA>3QI1EB&/ISIBEtol"■mn.lj■ELjiJCJa.ilrdL>0cl-ua5,:-:-:jwlM囂證益歸瓷93.-=tftatr-3r-c33ccr"_J-_3亘常二臨粘莹盂常™ght?t=bibinn_rifl匚TrknPi:n-33B--=--tA-inmlLIa・k-ff-.■-■Jn-**^■■IT-IT-U匸-wc-T-diT.flTotc^ttirhtk0.---tAj-d93r"srvc3aa.11.11=11■■MJ^±n!-*lc!-*3u±»c3盂『注坤兰詈^^豐瓷rt-KtaLaaJJs-rat-w&>■-U.B.弓・DaT:-1:--7m9'ug----.J4_"_flfl-c^rHbT-'-h■厝T7-Ct七■皿”p.ufcLJQflmdmfiwaJGGLJIdwcEitnci■?IT;」L盟匚a_*■r>Fbri・3an■二1.匚n"EI:rka&3-Ndih»'a9l&mh»»E“-二(4)EMBL序列转换功能:将输入的EMBL格式的基因序列转换为相应的FASTA格式的蛋白质序列。将序列输入(粘帖)到文本框.输入上限为200000个碱基.Sequen匚电ManipulationSuite:EMBLTransExtractorEW6LTrjmEjcIriHlu*已jnEMBlfib阳input-andnrtuimejeHdILhepaobdnhanalalims-desciibedr\Lhefie-inFA^TAroinuLEMBLIramExtractortdiibeus-*dwhcny^udre[morvrTt«rv5.Wdinthspr«did«dprolsiniT^nsUticnGofaC3caTacaijaE:c.>3i^HT£!aQrc£!gTcacaTT2Tij2£!airtga^ar:CQSi-aaLSsaaiacccT三丹itmmumizu■佔去21:as-y-accxi:car^ccaggcMccaaaaacccaeaaEcrgaa^cacoag^i^agaaT'^TeEa.trcccraorGrr^iicaai^ar^aamnr工丁taai^acaxaacTrcggcaTT皿亡沁亡小皿4口*20网3^12旳亡323©二3託w科父Etmrggatfar^rracaa?a^a3317aa.cr>3matnqpac93c-gg“agc>:a.ja!:qr0Ci:a.c-3cqf>^aca.a-3>:atci:7»i:ogcciT?u.-AT>:a.g!?-3a.^aaT»a.i:^3'<■去住qqgg亡*1二tgmuqnaha■匸翎亡>Tcr匸mdu*cnamwa?”aua•打1?gpdn旳tmMw泸“gacteg:*価g□址供utngug■:*co曲a\KIuuo0aiu曲egaa.rra.*:yesn0*0cg»w口cgioia嗣mcoa.rt030carcc-acT'Sr^ccaaaaagocwga.Tasc^Hcga.^aajOTecof-acotacqTgcQf'Sgacq'f-accTaTcginuicayT口吕*emcat-7^a.*:^zygtsc-ggaa.'?gm-acQ>:>:a.gnQP:TCCG-gc4fccg>:-da-33:-»aaGcrt:i:c43i:Tf^ca.ciC!>:cc-ui:4gn3.Mcga>:eg匸比up2J£啊ca匸sQTE总g53jqw£1:1:*[打电■:晋・r3mswax~auu(■wza•方了taT皿U口%如”U4Mr3MGGG匚曲JI:MgU5Q2r3anE3口T3了tegc-tjwagtffl■:t>sa吕acjcQiTfleaetcipxaaT3.dGf-i:KtoeleDdboutbhnkFilteriProte-inrMullsAfl』3ifAdpx^calncanBiaclnQc-f44^x-sii!»B.MEirrjE-EPDHi'FECHIGCBPP^.BLLEEHF^DEEEWSID'JEVKCTSPHIPIPfRHFFHMEWVEKM曰口H01齐那n3*匸nrvS肛IATEZZC武訝HTATW二ZM丸工*r^H:i^£MJ{LFyC^IKDlIC!eiL-^aE-KPILeEIWeG.IE-&X»-3J;-12F^K^ZRPLATF^MTfHDPSEDFIS'JLfcTFTGE^aEC^SAGHL^ETKIZTFEBe.DFBMiLECiXFE•IlCJ^ZUUlfrEfVKECMZDiD:KHALMC.GZZKmHSIHE*臂LIESJ^r£H£^i1iEEMCGir7ZCt£L^-^i'.,DiLIRALM^«i.Etll8yE&E720MPIES:SZYifTVLTAimfiE!JTKEP3LTQIA匸XFAU2MPVEE!*SXUPJ■:IEA^UDTJlSJT二^n>M?科r.TTKlMKHE5DDEDSDVTSEE(6)GenBank转FASTA功能:将输入的GenBank序列文件转换成FASTA格式序列文件。可以去除GenBank序列文件中所有非DNA序列字符。将一个或多个GenBank序列文件输入(粘帖)到文本框中,输入上限为200000个碱基。SequenceManipulationSuite:Gen&anktoFASTAG^n阿ktoFASTaa«episiGei,-BdiiJifieInputandnelumsthfrtfrtiffDNAwqjwnwmFAST*fomstUwthispfogram*iwnyouw^hlioquKklyramgeMIofihencn-C<4AMqueficenFarmJlionfromaGrnE^nkfile.Pasteilwtdrueiiiiordft?ar侦呛i3eiiEidiikOk-siiiioihwi^rare^bdem.liaucliir*ii200000cliaratlEri.LOCUS£iKFAHIN」^QbpmF/4AIN?L4~MaR-2G0&DEF[NT10W5v^flplM«W0tinpiriMiWllrt*岛血IRKNLl>*RNi.炖附1两fflfcWE5SKMLL2CMT7ER£IOhiLUiMT.iGLiGL好BKEYWDRJ5bi#idFngpWA1:Tmtlh▼:pDURCE.StroneuftDaiilrEfluipR-rMinKn.FtweLtLH!=?■■■I————u»JE-_»:£=□■£?=Si『札于口3a--z--ETT1^-IT1--TEAJ-!-=””!■=PAU^UA==Irvr■-」.■=.I■-a■-~■b>■3ar-K-1i.*tcB&豎Kd甞I—::J*y4:::^ULEK艸3_H---.y3*K豐曇卩一豊瓷*為Lb"I:-.聚已豐ETL-he74—lce焉ssri—Jil.131—1—=ELLLE&cEF"■EILIEJ4E<1FEH*・HiUUQIr=上-MH"HXH孟m切™爲詈穿二F曽3.rdcgX黑s-二G"“mFiu「淮箕th■4・EA-----9I*9--^r3^37--AHHinah—fa4£aF-7M-z=A--A■cnr3-m-L3---I=w7.h-L-VE_■l・LEb—hr-E937—CER--rEEI4r-r-rkECS注-?1U円让5B"4«-?Blfe:1f'l*.l-EArD-i-m押!■:“FUI!iiwr=^--_.-M4--«-■£^---?i3--*:1r—h14E■-.1LEr-faIr4-IJ--■t-M-=■!■IdE■Y-r-tr---tEI--K-LEd阿謁^^醤«二粘^盟"益二KuMdn-FH^眄If—JHJ3-h3-E7h4EBd-—AE3EEEH4ELE4EAE"-K-E■--^-■ca-c3-37o~VEKEK-:Ln-ILJ?■a74TkttcE■3I*4-3-tCT;4BaJJd—;:霍Bz-Sf豈分吟*0Z囂E冲E『忌眾时EF?::眾:74:嗔7甲MazliTR3H-"iH;7"J:TEMr-ah-a尸=■:HP-JPH4£H二需X怎益™眾壽S益右Z爲如氏圧二需増比許"亠Iww讥严ICsirBIZI.AS:-!吨产H」讥“比“押E1.十:;L二CTUQA-3UQr-Her-4ccr-fe9C9Cvx.h■£D4EhHEr-a«?■r>--rEEIE—ftT-TE3R^H«---d--■3-E2h3Kr-z3ZjsusfeHsHMu带WKJ二:J瞿ii*!工:?艾二鶯E*«>*«x■曲》何|pinwh*RP疋匸回1^-tiMpharM#FBM-2IE-21comDTmlhA£IES£IGXiFj7jlff7flNE1Ml■网旳・vERiKUMAF]77B?aiP1p>i5cchs-ckIhebfEu^aicornpatihiityboliarvusiriigliiispr>3^-jmIClMfRe空*£pqLHruoiaatur«shaiJdhe-叶gz■■j=!»!=CaAEHTi:TEi=4qBB9Ji=iBh=ahOBiHhhai=Cq|E=E.C匚■匚■ilgugt吩fufTSiTiirc・utp匸E:g*:tur审审i却C-aCKTEgflCTCCCaCE.C^'CC&EC^ICCHCEHBCCk'^IC.E.f=E.9^H=EE.^EE.CkE.-^BL-J-E.E.w©匕vEh.<=^r.Eiiu&&fatHBEp匚uui■勺•孑■二CJJUU匚=匸■二pS■二匸匸匕U=二匸5"吓QdZQMiZTaQcg阳HdRMdrsi狎xi:r田“車阿餌銅"冲匚呻曲=匚円匸匚匸匸・]匸话[UE.EUhE.UULLNE/PW=■»£_■{=li=・^■鼻匚UHAe=:■UgAHU=H”Ua3UhCEUCE冲■3L»qJUE:CE■a■B&UBfUE:讯24■工勺noigtc»3iiAqt-3tt=gBQAiitEtb9gfeaH-9gt?gkH=EH=t-7Ebgt=t-?=t-9t-?:L-rt.t7**:"七七9*B*=4!0*bC9>*tF»Hifl*tq7V■匕E・b^lQUl:”7jr*E"■□■>^77*:E-rc*・EE*»•:7^iZBJtoJiCTE.giligEECjZgClhM^E.iZkE^liCEqfeAiEkiZEZECZqE.CE-aiiZ.ZiZ-^^a^hBE-^E.ugwue匸匚口斗””匸口沪西匸“沪贰已匕匸即寸“匸曲匚营”管冲二匚口円匸亦审"yWQi母亡©・:・**^^耳曲叮・:鼻女g*gk■*■■40AJi»C0C4fe^saCCECJEC^|k«^iBEgiaE.C-^kHEEt^|C-^|gfeE.CkE.=E.E:-3|L匚匚E/JIE■■匚•岂中=P匚1d-1T3*-^3*^-ccTEHKEHE^«g?-pB!E.tcgt-aEa«^11jgtk=»^pcstEetccuesgee的■■gTgUT9・=ik・tfm^U.pUH^UE^Uk^gEXUCCUUOgmULUU■刁aaj-A^c^aaz&f(8)GenBank翻译提取功能:从输入的GenBank文件中查找蛋白质翻译序列,并以FASTA格式返回。将GenBank序列文件粘帖(输入)到文本框。输入上限为200000个字符。GenBankTransExtractorfe&ults□口yntpj虫ituat-uialf.irpzsiJtwwucfxpIpigcii;.A-Ala9)一转三功能:将用单字母表示的氨基酸序列转换为三字母表示的氨基酸序列。将一条或多条FASTA序列输入到文本框,输入上限为100000个字符:SequenceManipulationSuite:OnetoThreeQiwts«]uencel^CPerWTlKPKEA»qu«m.JLNiMPQRiTVWrn-e^ekthebrowwr(«aifl|Htlbr-aa-iilTsfor12艺•护匚皿总"a4qc.-anjCw1,Bst.atlIng"AC2EZQEIKB"ft-laCZS^SFjiuPh-Pjlj'ElisIIeLys^LSMWM'jlK>resultsfor1Zresidus"sequence2'93tazting"LHB兀RETVW,l*a'L^L^aB.ETO&lriA.xg2iaxiIlnEVa.l7EfC^x!a,!i,,B'(10)按 要求 对教师党员的评价套管和固井爆破片与爆破装置仓库管理基本要求三甲医院都需要复审吗 提取DNA/蛋白质功能:从输入的DNA/蛋白质序列中提取特定的碱基或片段,提取结果将会以不同的方式返回。将原始序列或FASTA格式序列粘帖到下列文本框,输入上限为500000个字符:输入需提取的碱基位置或片段位置,使用".."或“_”指出提取片段的范围,不同位置用“,(英文格式逗号)”分隔:WindowExtractorDNAresults>xa£^il"st-:i191rasi±i»>94114^co-sa^i-Knc*"BT-aE~i!ng■Tsai^jawc"(11)反向互补工具:生成输入序列的反向序列、互补序列或反向互补序列。支持所有DNA字符,如果需要获得反向互补序列中的ORF开放阅读框,可使用该工具。很方便的得到原序列的反向序列与互补序列,最主要的是可以很方便的将这些序列复制出来。将未处理的序列或多条FASTA序列粘帖到下列文本框,输入上限为100000个字符。SequenceManipulationSuite:ReverseSirtmernentCompleniHitconvertsoDNAleciuencfInto啼rev^rw.compkrnentorrever-se-corriplenentkwhhilwM白纠酉iiiwitaiEanORFoni険r^rseii^rid.1血m养secM^nze«xoneorirorefasta龙導於ik?5Into1l诧t岀rt帯的Input畔1COOOOcharKt^rs弓vkbdctymrhli?^srnpiiii»qiMn»J▼「IJ11kt怔lw•厲尹讪|Mldlll:7Iaai|PI■I::ITI*1”门小I-l:l>lJaxxpl-B=■1=・*nr■*==x^Lu>f.ha?虫j-fanrel-B■aSantflsse^JWaiM3re^&rw口sn^i^rwrz12)三转一:将由三个字符表示的氨基酸序列转换成由一个字符表示的氨基酸序列。空格和数字将会在转换的过程中被去除,不足三个字符表示的氨基酸将被忽略。Ala-A将未处理的序列或一至多条FASTA格式的序列输入到下列文本框中,输入上限为100000个字符:SequenceManipulationSuite:ThreetoOneThreet灯On?COTvierl?Ihreelellertmnsl抽totungletrwl朮ionsD即洗g內ndblankspaces^rerencveddiutQmaticialyNon-^ndeirdtriplet?釈ignored,P^teHie*rawsequenceorotwormoreFASTAtequ曰ids百Intothetertq『餡bdow.Inputbmlt\i1DDOODthsracteri.r*MqUAfK«1AlrfyiAjpG'wPlip&yHisDrLysAjKXsB'Gh>Mquan£»2AmPnoiln昌rg£■rTHrWTrpTf111111IJPle^etheckjhebrcr^wrcompsUbiirtypagebefor-eu引吟thb闭|SjiinnftH:|口轴RpidtThr-ee1toOm^raault^>rwnulL>£-?ri-aqj«-s«11"jt«£±ingaAJ.HCyaAjrpGluRMEKHIKEK3強2-se■唱址乂巴€42"JiaxTlna"MnPzziClnAzQ.HPQFiEM"2.序列分析(1)密码子图表:根据输入的DNA序列产生条状图形的输出,图形的长度与频率表中的频率成比例。利用该工具可查找DNA序列中难以表达的部分,或者用以图形的方式查看密码子的使用频率。将原始序列或FASTA格式序列粘帖到文本框,输入上限为50000个字符:可以在另一个文本框中输入要使用的GCG格式的密码子表。默认的密码子表为GenBank中,大肠杆菌的所有密码子(来源于CodonUsageDatabase.)。Seque忤亡色ManipulationSuite:CodonPlotIrKkinPkil血汀艸心JiIJTJA強勺1沖"2S:l即*円比*^■•IJI<>m-'llplnrc^nRiitliiii]苗Jih«>ii^'ml.'ilVUrFihAli'hi^KlhiiIpftglkirflliPh.'Hhpitfkl^K'in^KilliPR吟"d呻fitCh^Ei1i卅!inIImiwiMInQu^ntyhbkyaui>nl«r.Uri>CMfoiiif1«Ridp^rtkM^ofgZaiSM^utiru^Ihdlb«pootlyfiKpi^wd.crIovi«w□車叩丘・綱無如苗ti^hcd4codonui^idbtajbyu^rvg>CWARMpiimriFCEM-AJihngctInnr-nlwh«4#W*MNA讯尿*网I也EIca吋■胆1r:d科岭屮1些EUSMJHMTAMAripmjnuiT^iaEwxMfiMipjHaH^iL^iiaiviiiinisT:阳1111■:1rqrrh1E'im曲匸霸gd*:Hi:urum也gtrmfFJ*-.hsf■rlir-rk1IiphivwmMmmpjKiariilypaqfbwvnriiRinqihkproc|r.iin.皿f石■!««««EwerUiecodg-nIjbl*旳uwishtouw-旳rfrw^en^Uccod?Cki&?GlornwiiThedeloiiistwtonumwtatMewa$qtnef-iWKlushgjMIHieLcdlfrpquoncpi-nGenEljnk.Itv^is(Jbt«nrdIr-nmitwCodnoU^sqfCiatabaspAn4ddCdoofhiW-13■foitflE»CESOaEX»£E<»CE„1Ew.*•-*+=ItI««nw«l»?0.L3W<.Tba»MUyli»cii»omsK»ai»cn幻於曲乂罠斗EdIDbeL3IQL-0凸观KU氏!!ZOgi>3.Rq冲.]1t&IG!口1«^■naajjuunupcncuKxxcklxejc•:.Jigk.1*twILIAff>x»cmooa»cnKO3cnnoaxnnvkk»hojo«mdohohncKiKccaoQUDLa-.肝■IM.时氐WIMf-?EJOUU3ORJUOCKUOCUU2CmXUAUSUECMOUt.3"KUiA?E»SDOacZ»CEC»QCra3mC»OCE»«XVSOXiQM6.3^a—独5ii叫初flRl.33tv99W■即BnaDacuxxxuaoaKcunoenx密码子的使用:根据输入的一条或多条DNA序列,给出每个密码子的数量和频率。该软件同时也比较同义密码子的频率,可以使用该软件得知序列中是否对特定同义密码子有表达偏好。将原始序列或一至多条FASTA格式序列粘帖到下列文本框,输入上限为500000个字符:可以选择使用体系的遗传密码.SequenceManipulationSuite:fodon亡CoiSonUsageaccrpls-elormaa^■iHrrpl«atquirciotmdfcgm.nAqflMqd4'9«fflJftigclACMi]}p«l;cM^:ll-uiHlQH^galiAalUqHlqil」h旦i:■11』pnpgMrtg口》;■Ip;t4!Mg«kt!qI=l>7l^*gnwfclxrn■:Ip■I11«d岳p■11Rgpa』QdIpk■:1*fl*7^軒卫卩Q"XI甘:QRjyTThT卿:”:>:3础山:阿*g11XCMELCl>:L4X屮yFlensecheckthebrav.MfcompatbA^paqebFh:fi?using1hisprogpm.Rbmih:C«sRHHInewwindow|hwnr|dlalion-Uw!lwnilQen^Uccode.SUOCU4I3J叮Ns*p«qe-r^i审htKlXkKMUl1却・¥Eionrrirf沖■:■:闷閘饰oMrvhixhmitadi切打叹存柯刃中»->hwhoMri4l«HM站托•計r|耐论*>a>)■I昭i川ih:hkiixl^耐加1细問超忖|V#dIH*>NL]J>IBJEiXr岗昭hjw门Qj(3)CpG岛:该软件使用Gardiner-GardenandFrommer(1987)描述的 方法 快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载 寻找序列中CpG岛。即通过一次阅读200bp的序列,并每次向前移动一个碱基,进行计算。CpG岛被定义为Obs/Exp的值大于0.6并且GC含量达50%的序列片段°CpG岛的期望值为片段中“C”的数量乘以“G”的数量再除以片段长度。CpG岛通常能够在脊椎动物5'端的序列中找到,因此可用于寻找潜在的基因。将原始序列或一到多条FASTA格式序列输入到下列文本框,输入上限为100000个字符:SequenceManipulationSuite:f1曲1岭rep&rt-spot的网Cp<5kkrdregumi㈤的themettwdchscdbedby切砧1阿-如知andFrcHnaier〔1?册1ih*anid.6-andLiteGCLanlmliigmtertlunM)乐Thecwpstednurrfeeroi匚dirrw歼injwinckiwifcakukvludasthenurrbprtif£"sinthswridawrruhiplKdtryttwnumb«r口F'G'iinth»window.Hividadtyihowindawlength.£pGiUjndEArc-ofteriicundmUW5'怦ysw巧摘veitbrate^^nes,thtreforeinspc^rann罚卩tw居匈1chlqiiiigMp^tenlhl阳sIncienomcs*qve*.-K|j1h>4qiHIIIX-B-3UHi!l3L&E-tinqF,1.1Haqqdcue">iacchn.ijn&reEu"・jw-b,cti::-mi]ee-dKn-an.ilwre-nera*sci-srdwai34E>c^af:dFK-^ultdE41rt^ldue*>丁(》口乂Jtownie址“沁疋tw>'!flt-axtingjfiacchnmlMFCC:MQLLiDNA统计功能:统计序列中不同碱基(包括单个碱基和连续的多个碱基)的数量以及比例。可以计算GC含量。将原始序列或FASTA格式序列粘帖到文本框,输入上限为500000个字符:DNA/蛋白模糊搜索:从输入的DNA/蛋白中查找与查询序列相似或相同的区域。用于搜索的原始序列或FASTA格式序列输入到文本框,输入上限为2000个字符:在另一文本框输入查询序列,输入上限为30个字符:使用下列限制参数优化比对结果:匹配值不匹配值空位罚分显示分数最高的前?个比对结果M^1i:hvaiudpequenceManipulationSuite:Sear匚hDNAFuz邙5?in:h臼代飆>1DMAiMijrig»lt1i“加Fry岡refund$碎口”飞吋幻色“目wlor知丫・1潢t克H珂qi>f^e¥i«..rihisproflii^iSi^rri:j口wHaaifcUwqhe洛出«j护駁的howhitear«攵訓厲Mco«mtrd刖山缺neMu^jMfenwnch创we,GjpvjIuqJxttwwp1-^iiKnquincv-3M:i,igngaiE-n>^KrlEpuAljaE-m»^l:-rxx9>f;clnE-n|EK-s^i■3icgK-rK|cl5re^iK»r«^ai^ii^EunrE^qcii^»E£;aaiKnrcgMl=Luc;cg-iici^EnFuZZy吕芒曰rehDMAre^ull^*鼻ixitir*>Li!itoe*3±4驻g"0Mirtlrc-tQir-Qw*"!and4E-QiaixbM"query^UEiJLng'aaMmr1>qpj»ryExm.14-b9=ET«>T4BLJ4^-HiEr=*IfSH弓弓t-=CD=CCTLgBCOK4;S口Eb>T4;aE1X7J172.T-E-TH=-=JMCAX«:4A于>»匸丫亡HQCL1C-E-CA.Lsaiaga・rm■K■unCO*=«:4a耶>»e*y£x-an.1e-e-C匚riACju*En=i*-ijTSMC-C工召tai?*z?s-*i4—致性与相似度:该程序接受的输入格式为FASTA格式或GDE格式序列,通过比较计算出任意两条序列的一致性与相似度。用于比较序列的来源和功能是否相同。将比对的序列以FASTA或GDE格式粘帖到文本框,输入上限为20000个字符:将需要计算相似度的类似氨基酸输入到下列文本框,并以逗号分隔。如果比对的是DNA序列,可将该文本框清空。用该程序比较一致性与相似度时,只能比较相同长度的序列,因此需要自己提前处理一下数据。推荐比较某一段较短序列,而不是整条。这个时候可以用(11)IdentandSimresultsfarC5vsCll1length:-479SimilarrwidtAes;CSarcaritL-ifisitity!2C-.£■£rercem:ainilarics'■:3C-.56多序列反转录:根据密码子表将多条已比对的蛋白序列反转录为DNA序列。(一个基因可能表达不同蛋白,通过已知蛋白序列反推DNA序列)将已比对的蛋白序列以FASTA或GDE格式输入到文本框,输入上限为20000个字符:在另一文本框中输入将要使用的GCG格式的密码子表。默认的密码子表为GenBank中,大肠杆菌的所有密码子(来源于CodonUsageDatabase.)。在本例子中可以分析出该蛋白序列的DNA序列最有可能为ATGGGC(T)CAT(C)T(A)C(G)C(T)(G)CTGAAT(C)CTGTTT(C)GGT(C)ATT(C)CAGACCGATGCC(G)TAT(C)・・SequenceManipulationSuite:MultiRevTransMultiRevTransacceptsaprateinalignnriefTtjfiduses-亠ccdonusesgietable-togerwut"□dK|erK-iJt=DMAcodingiequenc=.Tliepra^-jm^ikonelurns事graphtliatcanheu-s?d1dfirdr^icmsofrnlnimjldcwntf-xyflip伙<1旳山竟1呻MUilr«vTrjn^MipndesigningpritpzhQ«:kthQbrovmrcompatibilitypagubcdioramingUnispr>3^om.fERmhEnterihp畑加nlobieyouwkh1qusednKGitie血版」Heodonuwgpt曲Ip邮genp筒愿时ng日i|the&呵Iroding溯就m:??In戾n開nr.nwo?脚懂曲<1fwmtheC<=
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分类:高中语文
上传时间:2022-11-20
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