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第二章 细菌分类及命名 第二章 细菌分类及命名 第一节 概 述 一、细菌分类学的价值 细菌分类学（Toxonomy）是一门独立的分类学科，基础起源于林奈（Car Van Linne）命名。细菌的属名与种名的基础由郭霍（Koch）和巴斯德（Pasteur）在100多年前所确立。分类的实用价值是对已发现的细菌分类，命名与检索。 1．有助于临床医学与检验医学对诊断细菌感染患者血清中检测抗原或抗体的评价。 2．参考菌株与 标准 excel标准偏差excel标准偏差函数exl标准差函数国标检验抽样标准表免费下载红头文件格式标准下载 菌株的确认。 临床菌株的鉴定，药敏试验与抗菌药物的选择，耐药菌监控。 3．科研成果的认定、学术论文撰写、发 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 、国际间的学术与技术交流。 4．已有固定分类的标准菌株可用于对诊断试剂盒的鉴定，如用ATCC标准菌株对药敏试验纸片作定期的质量控制。 5．用相应标准菌株对试剂盒的鉴定。 6．用标准菌株对自动化仪器做出评价。 7．有利于新的菌株发现，将细菌分类学与临床分离菌株鉴定工作密切结合，在实际的细菌检验过程中不断发现新的菌种、菌株、确立新的病原菌，为临床医学和流行病学的研究提供十分宝贵的资料。 近年来，由于各边缘学科的相互渗透，细菌领域不断引入新的方法，如应用分子生物学、生物化学和细菌学等领域的最新科学技术，有力地促进细菌分类学迅猛发展。有相当一批原有的菌名在分类的隶属上已经变动，而且涌现出独立的新属和种,这些新属种在第九版伯杰手册（Bergey’s manual of determinative of bacterilogy）中有了新的变动。 二、细菌分类的等级与定义 服从于生物分类等级，由上而下分为7个层次，即界（king）、门（division）、纲（class）、目（order）、科（family）和种（spices）、各等级下还设有亚级，例如“种”级之下设“亚种”。细菌分类的最小单位是“种”，由菌株构成“种”。临床细菌检验常用的分类等级是科、属，种。根据细胞没有核膜包裹，核质裸露在细胞浆内及分裂的生物特征，分类学上将螺旋体，支原体，立克次体，衣原体等定格在原核生物界，均属于细菌范畴。 ​  定义和解释： ​  1.“群” 将某种相同特征的一组不同细菌归类为“群”。 ​  2.“种” 最基本的分离单位，相近的种合归为一属，相近的属归为同一科，依此类推；种进一步往下分为“亚种”、“型”和“株”。 ​  3.“型” 种内的分类单位，分别有血清型、噬菌体型、细菌素型、生物型和毒素型等。 4.“株” 不同时间、地点、患者、标本、培养方法和生物学特性等单一纯培养细菌经明确标识（数码，文字及代码等）与其他培养菌相区别的细菌分离物。 三、细菌命名和国际细菌命名法规 每种细菌有学名与通俗名，细菌学名必须用拉丁文表示，对使用拉丁语以外的国家将细菌学名 翻译 阿房宫赋翻译下载德汉翻译pdf阿房宫赋翻译下载阿房宫赋翻译下载翻译理论.doc 成自己国家语言的命名，即为通俗名。在学术交流或发表的论文及公文中必须用细菌学名。属名与种名是命名的基础，一种细菌的名称由属名和种名两部分组成，属名在前，种名在后，而中文译名一般是种名在前，属名在后。如埃希菌属中的大肠埃希菌可写为Escherichia coli,属名可略写，而种名则应正确完整，菌名英文正式书写要斜体字（书写体），即E.coli，而不能写成E.c。当表示细菌的一个亚种时，可在种名后缀sp.，如表示多数种时可写为ssp.。 ​  细菌的命名由国际细菌法规所决定，适用于亚种以上分类群的细菌，而对亚种以下的血清型，噬菌体型，毒素型及凝固酶型等命名均不受此约束。 标准菌株以种为基础，选用特别的试验作为阳性、阴性及药物敏感模式的标准。常用的标准菌种大多为美国典型菌种保藏中心（America Type Culture Collection，ATCC）保藏的菌种。标准菌种必须标记该保存机构的略语，编号及符合国际细菌命名翻译的正式发表的细菌学名，如E.coli ATCC25922。 第二节 细菌分类学的依据和方法 细菌的分类主要根据细菌的生物学特性如特殊构造、生理与生物化学研究，并结合抗原结构和免疫学特征以及细菌脱氧核糖核酸结构等分子生物学检测结果，来阐明各种细菌间的亲缘关系。 一、生理、生物化学特性与细菌的分类 1．染色性 由于细胞壁和细胞膜结构不同，各种细菌对革兰染色反应不同，根据其染色性可经典地将所有细菌分为革兰阳性菌和革兰阴性菌，并依据形态学特征又可将细菌分为球菌、杆菌、弧菌和螺菌等。芽孢、鞭毛和荚膜等特殊结构和细菌的排列也作为细菌分类的依据。 2．生理和生物化学特征 根据细菌的营养方式、代谢产物和对氧的需求，分别将细菌分为氧化型、发酵型和氧化兼发酵型；厌氧菌、兼性厌氧菌，微需氧菌和需氧菌。 目前广泛采用的细菌分类法有二种：传统分类法和数值分类法。 1．传统分类法 细菌传统分类法主要根据细菌的生物学特性进行分类。分类过程中往往选择该菌重要的鉴别特征为基础，偏重于鉴定方法。 2．数值分类法 根据细菌产生不同生化反应结果，选择和比较反应结果的相似百分率，根据相似系数大小，相似系数值越大，表示相同特征越多，说明两种细菌间有较高的亲缘性，反之亲缘性就低。目前许多市售的各种细菌鉴定系统，无论手工或半自动，还是自动细菌鉴定系统，多数采用此工作原理。 二、分子生物学分类 细菌的遗传基因决定其生理、生化等生物学表型。表型差异本质上是细菌基因物质差异性的体现，用分子生物学方法来研究细菌脱氧核糖核酸分子上各种基因的功能，比较各种细菌脱氧核糖核酸组成结构的相似性，可从基因组学的本质上阐明细菌间的亲缘关系。 1．脱氧核糖核酸分子G+C百分含量 通常用测定细菌脱氧核糖核酸中的鸟嘌呤和胞嘧啶（G+C）这二种碱基占总碱基含量的百分数作为分类指标。每种细菌的G+C百分含量一般是恒定的，而不同种细菌的G+C含量有差异，借此可将G+C含量比较相近的细菌归属于同科或同属，但用此方法难于将细菌分类到种。 2．脱氧核糖核酸分子杂交实验 选择标准菌株，将其脱氧核糖核酸分子用生物学标记。加热解链，将待测菌的脱氧核糖核酸与已标记标准菌株的脱氧核糖核酸进行脱氧核糖核酸-脱氧核糖核酸杂交，杂交率在80%以上就表明待测菌与标准菌是同一种类的细菌。随着分子生物学技术的发展与提高，目前的细菌分类依靠测定16S rRNA基因的全序列来进行比较建立系统分类。有人建议脱氧核糖核酸相关性≥70%，16S rRNA序列差异≤1%～1.5%的细菌属于同一种，这使细菌的种有一个稳定和统一的标准。 近年来细菌基因组学和蛋白质组学的研究已经获得极大的成功，这将给细菌带来更准确更科学的鉴定、分类与命名 3、​ 免疫学和生物学分类 细菌对噬菌体、细菌素敏感性和抗原结构不同可用于细菌分型。如用特异的单克隆抗血清，可将铜绿假单胞菌分为20多个血清型。用标准噬菌体和细菌素可将一种细菌分成多种噬菌体型和细菌素型。 四、临床常见致病菌分类 （一）葡萄球菌属（Staphylococcus） 葡萄球菌属属于微球菌科。新版伯杰细菌分类手册中记载有27种从人、动物及环境分离到的葡萄球菌。 阿来塔葡萄球菌 （S.arlettae） 金黄色葡萄球菌 （S.aureus） 耳葡萄球菌 （S.auricularis） 头状葡萄球菌（S.capitis） 山羊葡萄球菌 (S.caprae) 肌肉葡萄球菌 (S.carnesus) 人葡萄球菌 (S.hominins) 家畜葡萄球菌 (S.hyicus) 克罗西葡萄球菌 (S.kloosii) 缓慢葡萄球菌 (S.lentus) 中间型葡萄球菌 (S.intermedisus) 里昂葡萄球菌 (S.lugdunensis) 解酪葡萄球菌 (S.caseolyticus) 产色葡萄球菌 (S.chromogenus) 孔氏葡萄球菌 (S.cohnii) 海豚葡萄球菌 (S.delphinii) 表皮葡萄球菌 (S.epidermidis) 马葡萄球菌 (S.equorum) 鸡葡萄球菌 (S.qallinarum) 溶血葡萄球菌 (S.haemolyticus) 解糖葡萄球菌 (S.saccharolyticus) 腐生葡萄球菌 (S.saprophyticus) 施来葡萄球菌 (S.schleiferi) 松鼠葡萄球菌 (S.sciure) 模仿葡萄球菌 (S.simulans) 华氏葡萄球菌 (S.waneri) 木糖葡萄球菌 (S.xylosus) 从人体分离的有12个种的葡萄球菌： 金黄色葡萄球菌（S.aureus） 表皮葡萄球菌 (S.epidermidis) 人葡萄球菌 (S.hominois) 溶血葡萄球菌 (S.haemolyticus) 模仿葡萄球菌 (S.simnlans) 腐生葡萄球菌 (S.saprophyticus) 华纳葡萄球菌 (S.warneri) 头状葡萄球菌 (S.capitis) 解糖葡萄球菌 (S.saccharolyticus) 葡萄球菌 (S.auricularis) 孔氏葡萄球菌 (S.cohnii) 木糖葡萄球菌 (S.xylosus) (二)链球菌属（Streptococcus） 链球菌属在新版伯杰手册中有较大的变动，肠链球菌和乳链球菌已独立成属。 临床常见菌种如下： 1.化脓性溶血性链球菌群 化脓链球菌 (S.Pyogenes) 马链球菌 (S.equi) 肺炎链球菌 (S.pneumoniae) 无乳链球菌 (S.agalactiae) 海豚链球菌 (S.iniae) 2.口腔链球菌群 唾液链球菌 (S.salivarius) 米勒链球菌 (S.milleri) 鼠链球菌 (S.ratlus) 野鼠链球菌 (S.ferus) 温和链球菌 (S.mitior) 可变链球菌 (S.mutans) 仓鼠链球菌 (S.cricetus) 血液链球菌 (S.sanguis) 3.乳酸链球菌群 乳酸链球菌 (L.lactis) 棉糖链球菌 (L.raffinolactis) 4.厌氧链球菌群 麻疹链球菌 (S.morbillorum) 多汉森链球菌 (S.hansenii) 微小链球菌 (S.paruulus) 5.其他链球菌群 少酸链球菌 (S.acidominimus) 牛链球菌 (S.bovis) 嗜热链球菌 (S.thermophilus) 乳房链球菌 (S.uberis) 马肠链球菌 (S.equinus) 多形链球菌(S.pleomorphus) （三）肠球菌属（Eenterococcus） 新版伯杰细菌学分类手册已将原链球菌属中的肠球菌群单独成立一个属，命名为肠球菌属。肠球菌属已命名的菌种有12个。 粪肠球菌 (E.faecalis) 屎肠球菌 (E.faecium) 酪黄肠球菌 (E.casseliflavus) 母鸡肠球菌 (E.gallinarum) 假鸟肠球菌 (E.pseudoavium) 孟德肠球菌 (E.mundtii) 孤独肠球菌 (E.solitarium) 鸟肠球菌 (E.avium) 坚忍肠球菌 (E.duians) 空肠肠球菌 (E.hirae) 恶臭肠球菌 (E.malodortus) 棉子糖肠球菌 (E.raffinosus) （四）奈瑟菌属（Neisseria） 奈瑟菌属属于奈瑟菌科，除此属外，还包括莫拉菌属、不动菌属和金氏菌属。奈瑟菌属共含10种，原脱硝奈瑟菌现已命名为脱硝金氏菌。名称如下： 淋病奈瑟菌 (N.gonorrhoeae) 脑膜炎奈瑟菌 (N.meningitidis) 嗜乳糖奈瑟菌 (N.lactamica) 干燥奈瑟菌 (N.sicca) 浅黄奈瑟菌 (N.subflava) 金黄奈瑟菌 (N.flavescens) 粘膜奈瑟菌 (N.mucosa) 灰色奈瑟菌 (N.cinerea) 细长奈瑟菌 (N.elongata) 多糖奈瑟菌 (N.polysaccharea) (五)莫拉菌属（Moraxella） 新版伯杰手册中莫拉菌按球菌和球杆菌分为布兰汉亚属和莫拉亚属。布兰汉亚属中包括4个种，命名如下： 卡他莫拉菌 [M(B).catarrhalis] 猪莫拉菌 [M(B).caviae] 羊莫拉菌 [M(B).ovis] 兔莫拉菌 [M(B).cuniculi] 莫拉菌属莫拉亚属（Subgenus -Moraxella）属中共有7个种： 缺陷莫拉菌 (M.lacunata) 犬莫拉菌 (M.canis) 非液化莫拉菌 (M.nonliquefaciens) 亚特兰大莫拉菌 (M.atlantae) 林肯莫拉菌 (M.linconii) 苯丙酮酸莫拉菌 (M.phenylpyruvica) 奥斯陆莫拉菌 (M.osloensis) （六）不动杆菌属（Acinetobacter） 新版伯杰手册不动杆菌属只有醋酸钙 不动杆菌1个种，由DNA杂交研究确定17个群，其中6个为原命名，有11个基因种还未命名。临床标本中常能分离到的菌种名称如下： 醋酸钙不动杆菌 (A.calcoaceticus) 洛菲不动杆菌 (A.lwoffi) 溶血不动杆菌 (A.haemolytius) 鲍曼不动杆菌 (A.baumanii) 醋酸钙-鲍曼不动复合菌群 （A.calco- baumanii complex） 琼氏不动杆菌 (A.junii) 约翰逊不动杆菌 (A.johnsonii) （七）嗜血杆菌属（Heamophilus） 该属隶属于巴斯德菌科，属内包括16个种，与临床感染有关的种有9个： 流感嗜血杆菌 (H.influenzae) 副流感嗜血杆菌 (H.parainfluenzae) 溶血嗜血杆菌 (H.haemolyticus) 副嗜沫嗜血杆菌 (H.paraphrophilus) 杜克雷嗜血杆菌 (H.ducreyi) 埃及嗜血杆菌 (H.aegyptius) 副溶血嗜血杆菌 (H.Parahaemolyticus) 嗜沫嗜血杆菌 (H.aphrophilus) 迟缓嗜血杆菌 (H.segnis) （八）军团菌属（Legionella） 1976年新发现的细菌，新版伯杰手册已定为军团菌科.军团菌属目前已命名的菌种分别来自人体和环境菌种共有39个种，3个亚种，60个血清型。与人类感染有关的菌种有： 嗜肺军团菌嗜肺亚种 (L.pneumophiha subsp.pneumophila) 嗜肺军团菌弗拉塞亚种 (L.pneumophila subsp.fraseri) 嗜肺军团菌帕斯科莱亚种 (L.pneumophila subsp.pascullei) 米克戴德军团菌 (L.micdadei) 波兹曼军团菌 (L.bozemanii) 杜莫夫军团菌 (L.dumoftii) 戈尔曼军团菌 (L.gormanii) 菲利军团菌 (L.feelei) 海克利军团菌 (L.hackeliae) 以色列军团菌 (L.israelensis) 约旦军团菌 (L.jordanis) 圣海伦军团菌 (L.sainthelensi) 长滩军团菌 (L.longbeachae) 马塞切尼军团菌 (L.maceachernii) 橡树岭军团菌 (L.oakridgensis) 沃兹沃思军团菌 (L.wadsworthii) 伯明翰军团菌 (L.birminghamensis) 辛辛那提军团菌 (L.cincinnatiensis) 尼沙军团菌 (L.anisa) 塔克索尼军团菌 (L.tucsonensis) 拉西金军团菌 (L.lansingensis) （九）棒状杆菌属 Corynebactervium） （新版伯杰手册中与人类有关的棒状杆菌有7个种。医学上重要的棒状杆菌和相关微生物有： 白喉棒状杆菌重型亚种 (C.diphtheriae subsp.gravis) 白喉棒状杆菌轻型亚种 (C.diphtheriae subsp.mitis) 白喉棒状杆菌中间型亚种 (C.diphtheriae subsp.intermedius) 白喉棒状杆菌贝尔法梯亚种 (C.diphtheriae subspbelfanti) 溃疡棒状杆菌 (C.ulcerans) 假结核棒状杆菌(C.pseudotuberculosis) 干燥棒状杆菌 (C.xerosis) 体沟棒状杆菌 (C.striatum) 库什棒状杆菌 (C.kutscheri) 肾型棒状杆菌 (C.renale group) 假白喉棒状杆菌(C.pseudodi phtheriae) 假生殖道棒状杆菌(C.pseudogenitalium) 牛棒状杆菌 (C.bovis) 麦氏棒状杆菌 (C.matruchotii) 红球菌属 (Rhodococcus) 马红球菌 (R.equi) 化脓放线菌 (Actinomyces pyogenes) 骚动厄斯考维菌(Oerskovia turbata) JK群包括杰克棒状杆菌 (Group JK,including C.jeikeium) 微小棒状杆菌 (C.minutissimum) 霉菌样棒状杆菌 (C.mycetoides) 水生棒状杆菌 (C.aquaticum) 生殖道棒状杆菌 (C.genitalium) 溶血分泌杆菌(Actinomyces hemolyticum) 溶黄质厄斯考维菌(O.xanthineolytica) （十）奴卡菌属（Nocardia） 属内共包括9个种，与人类有关的菌种有5个： 星形奴卡菌 (N.asteroides) 鼻疽奴卡菌 (N.farcinica) 巴西奴卡菌 (N.brasiliensis) 豚鼠耳炎奴卡菌 (N.otitidiscaviarum) 短链奴卡菌 (N.brevicatena) (十一)李斯特菌属（Listeria） 新版伯杰手册本属细菌包括7个种： 格氏李斯特菌 (L.grayi) 无毒李斯特菌 (L.innocua) 伊凡诺夫李斯特菌 (L.ivanovii) 产单核细胞李斯特菌(L.monocytogenes) 默氏李斯特菌 (L.murrayi) 西利坚李斯特菌 (L.seeligeri) 威尔逊李斯特菌 (L.welshimeri) (十二)肠杆菌科（Enterrobacteriaecae） 新版伯杰手册在临床标本中较常见的有以下20多个种： 布特维西菌属 (Budvicia) 水生布特维西菌(B.aquatica) 巴提奥杆菌属 (Buttiauxella) 乡间巴提奥杆菌 (B.agrestis) 西地西菌属 (Cedecea) 戴氏西地西菌 (C.dacisae) 西地西菌3 (C.cedecea sp.3) 西地西菌5 (C.cedecea sp.5) 拉氏西地西菌 (C.davisae) 奈氏西地西菌 (C.neteri) 枸橼酸杆菌属 (Citrobacter) 弗劳地枸橼酸杆菌 (C.freundii) 异型枸橼酸杆菌[C.diversus(koseri)] 丙二酸盐阴性枸橼酸杆菌 (C.amalonaticus) 法摩枸橼酸杆菌 (C.farmeri) 杨格枸橼酸杆菌 (C.youngae) 布拉克枸橼酸杆菌 (C.braakii) 乌克曼枸橼酸杆菌 (C.werkmanii) 丝得雷枸橼酸杆菌 (C.sedlakii) 枸橼酸杆菌种9 (Citrobacter species 9) 枸橼酸杆菌种10 (Citrobacter species 10) 枸橼酸杆菌种11 (Citrobacter species 11) 肥杆菌属 (Obesumbacterium) 变形肥杆菌,生物2群(O.proteus biogroup 2) 布拉格菌属 (Pragia) 居泉布拉格菌 (P.fontium) 变形杆菌属 (Proteus) 奇异变形杆菌 (P.mirabilis) 普通变形杆菌 (P.vulgaris) 潘尼变形杆菌 (P.penneri) 产粘液变形杆菌 (P.myxofaciens) 普罗威登斯菌属 (Providencia) 雷极普罗威登斯菌 (P.rettgeri) 斯图普罗威登斯菌 (P.stuartii) 产碱普罗威登斯菌(P.alcalifaciens) 拉氏普罗威登斯菌 (P.rustigianii) 海氏普罗威登斯菌 (P.heimbachae) 拉恩菌属 (Rahnella) 水生拉恩菌 (R.aquatilis) 沙门菌属 (Salmonella) 伤寒沙门菌 (S.typhi) 猪霍乱沙门菌 (S.choleraesuis) 甲型副伤寒沙门菌 (S.paratyphi A) 鸡沙门菌 (S.gallinarum) 雏白痢沙门菌 (S.pullorrum) DNA 2群菌株 (DNA group 2 strains) DNA 3a群菌株(DNA group 3a strains) DNA 3b群菌株 (DNA group 3b strains) DNA 4群菌株 (DNA group 4 strains) DNA 5群菌株 (DNA group 5 strains) DNA 6群菌株 (DNA group 6 strains) 爱德华菌属 (Edwardsiella) 迟缓爱德华菌 (E.tarda) 迟缓爱德华菌生物型1(E.tarda biogroup 1) 保科爱德华菌 (E.hoshinae) 鲶鱼爱德华菌 (E.ictaluri) 肠杆菌属 (Enterobacter) 产气肠杆菌 (E.areogenes) 阴沟肠杆菌 (E.cloacae) 聚团肠杆菌群 (E.agglomerans group) 格高菲肠杆菌属 (E.gergoviae) 坂崎肠杆菌 (E.sakazakii) 泰洛肠杆菌 (E.taylorae) 河生肠杆菌生物1群(E.amnigenus biogroup 1) 河生肠杆菌生物2群(E.amnigenus biogroup 2) 阿斯布肠杆菌 (E.asburiae) 霍米奇肠杆菌 (E.hormaechei) 中间肠杆菌 (E.intermedium) 致癌肠杆菌 (E.cancerogenus) 分解肠杆菌 (E.dissolvens) 超压肠杆菌 (E.nimipressuralis) 埃希菌属-志贺菌属 (Escherichia-Shigella) 大肠埃希菌 (E.coli) 大肠埃希菌，不活泼(E.coli inactive) 志贺菌A，B，C血清群 (Shigella.A,B,C serogroup) 宋内志贺菌 (S.sonnei) 费格森埃希菌 (E.fergusonii) 赫尔曼埃希菌 (E.hermanni) 创伤埃希菌 (E.hermanni) 蟑螂埃希菌 (E.blattae) 爱文菌属 (Ewingella) 美洲爱文菌(E.americana) 沙雷菌属(Serratia) 粘质沙雷菌(S.marcescens) 粘质沙雷菌生物1群(S.marcescens biogroup 1) 液化沙雷菌群(S.lique faciens group) 深红沙雷菌 (S.rubidaea) 芳香沙雷菌生物1群(S.odorifera biogroup 1) 芳香沙雷菌生物2群(S.odorifera biogroup 2) 普城沙雷菌 (S.plymuthica) 无花果沙雷菌 (S.ficaria) 嗜昆虫沙雷菌 (S.entopmophila) 泉居沙雷菌 (S.fonticola) 塔特姆菌属 (Tatumella) 痰塔特姆菌 (T.ptyseos) 特布尔布尔西菌属 (Trabulsiella) 关岛特布尔西菌 (T.guamensis) 致病杆菌属 (Xenorhabdus) 发光致病杆菌 (X.luminescens) 发光致病杆菌脱氧核糖核酸5群 (X.luminescens DNA 5) 嗜线虫致病杆菌 (X.nematophilus) 耶尔森菌属 (Yersinia) 小肠结肠炎耶尔森菌(Y.enterocolitica) 弗氏耶尔森菌 (Y.frederiksenii) 中间耶尔森菌 (Y.intermedia) 克氏耶尔森菌 (Y.kristensenii) 罗蒂耶尔森菌 (Y.rohdei) 奥尔德瓦耶尔森菌 (Y.aldovar) 波可望耶尔森菌 (Y.bercvoveieri) 莫拉莱耶尔森菌 (Y.mollaretii) 鼠疫耶尔森菌 (Y.pestis) 假结核耶尔森菌(Y.pseudotuberculosis) 鲁氏耶尔森菌(Y.ruckeri) 哈夫尼菌属 (Hafnia) 蜂房哈夫尼菌（H.alvei） 蜂房哈夫尼菌生物1群(H.alvei biogroup 1) 克雷伯菌属 (Klebsiella) 肺炎克雷伯菌 (K.pneumoniae) 产酸克雷伯菌 (K.oxytoca) 解鸟氨酸克雷伯菌 (K.ornithinolytica) 植生克雷伯菌 (K.planticola) 臭鼻克雷伯菌 (K.ozaenae) 鼻硬结克雷伯菌 (K.rhinoscleromatis) 土壤克雷伯菌 (K.terrigena) 克吕沃菌属 (Kluyvera) 抗坏血酸克吕沃菌 (K.ascorbata) 栖冷克吕沃菌 (K.cryocrescens) 莱克勒菌属 (Leclercia) 不脱羧莱克勒菌 (L.adecarboxylata) 勒米诺菌属 (Leminorella) 格林蒙勒米诺菌 (L.grimmontii) 理查德勒米勒诺菌 (L.richardii) 约克纳菌属 [Yokenella(koserella)] 雷吉斯约克纳菌 (Y.regensburgei) 摩根菌属 (Morganella) 摩根摩根菌 (M.morganii) 摩根摩根菌生物1群(M.Morganii biogeoup 1) 摩根摩根菌伯尼1型 (M. Morganii sibonii 1 type) 默勒菌属 (Moellerella) 威斯康星默勒菌 (M.wisconsensis) 肠道菌58群（Enteric group 58） 肠道菌59群（Enteric group 59） 肠道菌60群（Enteric group 60） 肠道菌63群（Enteric group 63） 肠道菌64群（Enteric group 64） 肠道菌68群（Enteric group 68） 肠道菌69群（Enteric group 69） （十三）弧菌科（Vibrioacae） 弧菌科包括弧菌属(Vibrio)，气单胞菌属(Aeromonas)和邻单胞菌属（Plesiomonas）3个属。与人类感染有关的弧菌有12个种 霍乱弧菌（V.cholerae） O1群霍乱弧菌 (serogroup O1) 非O1群霍乱弧菌 (Non-O1) 副溶血弧菌(V.parahaemolyticus) 弗尼斯弧菌(V.furnissii) 拟态弧菌(V.mimicus) 霍利斯弧菌(V.hollisae) 辛辛那提弧菌(V.cincinnatiensis) 梅氏弧菌 (V.metschnikovii) 海鱼弧菌 (V.damsela) 致伤弧菌 (V.vulnificus) 溶藻弧菌 (V.alginolyticus) 河弧菌 (V.fluvialis) 沙鱼弧菌 (V.carchariae) 气单胞菌属（Aeromonas） 本菌属包括9个种 嗜水气单胞菌（A.hydrophila） 豚鼠气单胞菌 (A.caviae) 温和气单胞菌 (A.sobria) 威隆气单胞菌 (A.veronii) 简达气单胞菌 (A.jandaei) 舒伯特气单胞菌 (A.schubertii) 杀鲑气单胞菌 (A.salmonicida) 中间气单胞菌 (A.media) 脆弱气单胞菌 (A.trota) 邻单胞菌属（Plesiomonas） 与人类有关的致病菌只有1个种： 类志贺邻单胞菌（P.Shigelloides） (十四)弯曲菌属 (Campylobacteria) 在新版伯杰手册中弯曲菌属分类有较大变更 弯曲杆菌属（Genus campylobacter） 1.真正弯曲杆菌(True campylobacter) （1）嗜热、肠道致病性菌种 空肠弯曲杆菌空肠亚种 （C.jejuni subsp.jejuni） 空肠弯曲杆菌道亚种（C.jejuni subsp.duyler） 大肠弯曲杆菌 (C.coli) 鸥弯曲杆菌 (C.laridis) 突起弯曲杆菌 (C.upsaliensis) （2）其他真正弯曲杆菌 胎儿弯曲杆菌胎儿亚种（C.fetus subsp.fetus） 胎儿弯曲杆菌性病亚种 （C.fetus subsp.venerealis） 猪弯曲杆菌（C.hyoitestinalis） 痰弯曲杆菌痰液生物变种 (C.sputorum biovar sputoram） 痰弯曲杆菌牛生物变种 （C.sputorum biovar bubulus） 痰弯曲杆菌粪生物变种 （C.sputorum biovar fecalis） 粘液弯曲杆菌 (C.mucosalis) 简洁弯曲杆菌 (C.concisus) 2.嗜湿菌种 (psyhrophilic species) 固氮弯曲杆菌 (C.nitrofigilis) 嗜寒氧弯曲杆菌 (C.cryaerphila) 与螺旋菌属相关弯曲杆菌 (genus helicobacter and related campylobacteria) 幽门螺旋杆菌 (H.pylori) 雪貂螺旋菌 (H.mustelae) 西纳地弯曲杆菌 (C.cinaedi) 费氏弯曲杆菌 (C.fennelliae) （十五）假单胞菌属（Pseudomonas） 本属归属于假单胞菌科，新版伯杰手册按rRNA同源性分为5群。 rRNA同源群I,荧光假单胞菌DNA同源群 铜绿假单胞菌(P. aeruginosa) 荧光假单胞菌 (P.fluorescens) 恶臭假单胞菌 (P.putida) 斯氏假单胞菌DNA同源群 斯氏假单胞菌(P.stutzeri) CDC群Vb-3（该菌生物学特性与斯氏假单胞菌相似，但精氨酸双水解酶阳性） 曼多辛假单胞菌 (P.mendocina) 产碱假单胞菌DNA同源群 产碱假单胞菌 (P.alcaligenes) 假产碱假单胞菌(P.pseudoalcaligenes) rRNA同源群Ⅱ萨拉那塞假单胞菌DNA同源群 假鼻疽单胞菌 (P.pseudomallei) 鼻疽单胞菌 (P.mallei) 洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacea) 唐菖蒲假单胞菌 (P.gladioli) 皮氏假单胞菌 (P.picketii) rRNA同源群Ⅲ食酸假单胞菌DNA同源群 食酸假单胞菌 (P.acidovorans) 睾丸酮假单胞菌 (P.testosteroni) 土生假单胞菌 (P.terrigena) rRNA同源群Ⅳ微小假单胞菌DNA同源群 微小假单胞菌 (P.diminuta) 泡囊假单胞菌 (P.vesicularis) rRNA同源群V嗜麦芽窄食单胞菌-黄单胞菌DNA群 嗜麦芽窄食单胞菌(Maltophilia Stenotrophomonas) 未确定RNA同源群有关的种 假单胞菌种CDC群I（类似产碱假单胞菌，主要区别在于还原硝酸盐、亚硝酸盐产气） 腐败假单胞菌现已命名为腐败希瓦纳拉菌（Shewanella putre faciens） (十六)寡杆菌（Oligella） 本属细菌常从人类生殖泌尿道分离到，致病性不清楚。有二个种 尿道寡杆菌 (O.urethralis) 解尿素寡杆（O.ureolytica） （十七）产碱杆菌（Alcaligenes） 从临床标本分离到的菌株有以下4种 粪产碱杆菌（A.faecalis） 皮乔特产碱杆菌 (A.piechaudii) 粪产碱杆菌Ⅱ型 (A.faeclis type Ⅱ) 木糖氧化产碱杆菌 (A.xylosoxidans) 脱销亚种 (subsp denitrificans) 木糖氧化亚种 (subsp xylosoxidans) （十八）黄杆菌属（Flavo bacterium） 黄杆菌属中与临床相关菌种，已正式命名的8个种，未命名4个群 短黄杆菌 (F.breve) 脑膜败血黄杆菌(F.meningosepticum) 芳香黄杆菌 (F.odoratum) Ⅱb群黄杆菌 (F.groupⅡb) 水田黄杆菌 (F.mizutaii) 嗜糖黄杆菌 (F.multivorum) 嗜醇黄杆菌 (F.spiritivorum) 嗜温黄杆菌 (F.thalpophilum) 薮内黄杆菌 (F.yabuuchiae) Ⅱe群黄杆菌 (F.groupⅡe) Ⅱh群黄杆菌 (F.groupⅡh) ⅡI群黄杆菌 (F.groupⅡI) 威克斯菌属 (Weeksella) 粘性威克斯菌 (W. virosa) 动物溃疡威克斯菌 (W.zoohelcum) 二、与临床有关的厌氧细菌 （一）厌氧性球菌临床上常见厌氧性球菌主要是消化球菌属，分类如下: 消化球菌属 (Peptococcus) 黑色消化球菌 (P.niger) 消化链球菌属 (Peptostreptococcus) 厌氧消化链球菌 (P.anaerobius) 不解糖消化链球菌(P.asaccharolyticus) 产吲哚消化链球菌 (P.indolicus) 四联消化链球菌 (P.tetradius) 大消化链球菌 (P.magnus) 微小消化链球菌 (P.micros) 普氏消化链球菌 (P.prevotii) 产生消化链球菌 (P.productus) （二）韦荣球菌（Veillonella） 在新版伯杰手册中变化较大，本属包括7个种，其中4个种与人类感染有关。 细小韦荣菌 (V.parvula) 齿蚀韦荣菌 (V.rodentium) 不典型韦荣菌 (V.atypica) 差异韦荣菌 (V.dispar) （三）革兰阴性无芽孢杆菌 与人类疾病有关系的厌氧革兰阴性杆菌主要是拟杆菌属、普雷沃菌属和梭杆菌属。分类如下： 拟杆菌属 (Bacteroides) 可可拟杆菌 (B.caccae) 吉氏拟杆菌 (B.distasonis) 艾格斯拟杆菌 (B.eggerthii) 脆弱拟杆菌 (B.fragilis) 默迪拟杆菌 (B.merdae) 卵形拟杆菌 (B.ovatus) 粪拟杆菌 (B.stercoris) 多形拟杆菌 (B.thetaiotaomicron) 规则拟杆菌 (B.uniformis) 普通拟杆菌 (B.vulgatus) 内脏拟杆菌 (B.splanchnicus) 多毛拟杆菌 (B.capillosus) 腐败拟杆菌 (B.putredinis) 条形拟杆菌 (B.gracilis) 解脲拟杆菌 (B.ureolyticus) 卟啉单胞菌属 (Porphyromonas) 不解糖卟啉单胞菌 (P.asaccharolyticus) 牙髓卟啉单胞菌 (P.endodontalis) 牙龈卟啉单胞菌（P.gingivalis） 唾液卟啉单胞菌（P.salivosa） 普雷沃菌属（Prevotella） 双向普雷沃菌（P.bivia） 颊普雷沃菌（P.buccae） 口颊普雷沃菌（P.buccalis） 人体普雷沃菌（P.corporis） 住齿普雷沃菌（P.denticola） 两向普雷沃菌（P.disiens） 解肝素普雷沃菌（P.heparinolytica） 中间普雷沃菌（P.intermedia） 劳艾奇普雷沃菌（P.loescheii） 产黑色素普雷沃菌（P.melaninogenica） 口腔普雷沃菌（P.oralis） 口普雷沃菌（P.oris） 龈普雷沃菌（P.oulora） 真口腔普雷沃菌（P.veroralis） 菌胶团普雷沃菌（P..zoogleoformans） 梭杆菌属 (Fusobacterium) 核梭杆菌(F.uncleatum) 微生子梭杆菌(F.gonidiaformans) 坏死梭杆菌(F.necrophorum) 舟形梭杆菌 (F.naviforme) 变形梭杆菌 (F.varium) 死亡梭杆菌(F.mortiferum) 拉氏梭杆菌 (F.russii) （四）厌氧革兰阳性无芽胞杆菌 有6个属包括约80多个种，大多为人体皮肤、口腔、阴道、肠道的正常菌群，多数不致病，少数菌可引起内源性感染。 丙酸杆菌属 (Propionibaceerium) 痤疮丙酸杆菌 (P.acnes) 贪婪丙酸杆菌 (P.avidum) 颗粒丙酸杆菌 (P.granulosum) 放线菌属 (Actinomyces) 衣氏放线菌 (A.israelii) 奈氏放线菌 (A.naeslundii) 龋齿放线菌 (A.odomtolyticus) 粘性放线菌 (A.viscosus) 化脓放线菌 (A.pyogenes) 迈氏放线菌 (A.meyeri) 蛛网菌属 (Arachnia) 丙酸蛛网菌 (A.propionoca) 真杆菌属 (Eubavterium) 产气真杆菌 (E.aerofaciens) 不解乳真杆菌 (E.alactolyticum) 扭曲真杆菌 (E.contortum) 迟缓真杆菌 (E.lentum) 粘液真杆菌 (E.limosum) 念珠状真杆菌 (E.moniliforme) 短真杆菌 (E.brachy) 砂真杆菌 (E.saburreum) 凸腹真杆菌 (E.ventriosum) 缠绕真杆菌 (E.nodatum) 胆怯真杆菌 (E.timidum) 乳杆菌属 (Lactobacillus) 嗜酸乳杆菌 (L.acidophilus) 卷曲乳杆菌 (L.crispatus) 格氏乳杆菌 (L.gasseri) 詹氏乳杆菌 (L.jensenii) 植物乳杆菌 (L.plantarum) 发酵乳杆菌 (L.fermentum) 短乳杆菌 (L.brevis) 乳酪乳杆菌 (L.casei) 双歧杆菌属 (Bifidobaceerium) 青春双歧杆菌 (B.adolescentis) 长生双歧杆菌 (B.longum) 婴儿双歧杆菌 (B.infantis) 双歧双歧杆菌 (B.bifidum) 住齿双歧杆菌 (B.dentium) 短双歧杆菌 (B.breve) （五）厌氧革兰阳性芽胞梭菌属 厌氧芽胞梭菌住属（Clostridium）在环境中分别较广，与人类感染有关的细菌有20个种，分类命名如下： 肉毒芽胞梭菌 (C.botulinum) 双酶芽胞梭菌 (C.bifermentans) 丁酸芽胞梭菌 (C.butyricum) 尸毒芽胞梭菌 (C.cadaveris) 梭形芽胞梭菌(C.clostridioforme) 难辨芽胞梭菌 (C.difficile) 溶组织芽胞梭菌 (C.histolyticum) 无害芽胞梭菌 (C.innocuum) 泥渣芽胞梭菌 (C.limosum) 诺氏芽胞梭菌 (C.novyi) 产气荚膜芽胞梭菌 (C.perfringens) 副产气荚膜芽胞梭菌 (C.paraperfringens) 多枝芽胞梭菌 (C.ramosum) 败毒芽胞梭菌 (C.septicum) 索氏芽孢梭菌 (C.sordellii) 产芽胞芽胞梭菌 (C.sporogenes) 次端芽胞梭菌 (C.subterminale) 第三芽胞梭菌 (C.tertium) 破伤风芽胞梭菌 (C.tetani) 楔形芽胞梭菌 (C.sphenoides) 三、临床有关的致病性真菌 （1）​ 念珠菌属（Candida） 酵母样真菌，产生假菌丝，与酵母菌不同而称其为类酵母菌，有的文献称为假丝酵母菌，均为同义词。临床标本中较为常见的有： 白色念珠菌 (C.albicans) 链形念珠菌 (C.catenulata) 季也蒙念珠菌 (C.guillermondii) 高加索念珠菌 (C.kefye) 克柔念珠菌 (C.krusei) 朗比念珠菌 (C.lambica) 溶脂念珠菌 (C.lipolytica) 葡萄牙念珠菌 (C.lusitaniae) 副秃发念珠菌 (C.parapsilosis) 皱褶念珠菌 (C.rugosa) 热带念珠菌 (C.tropicalis) 伪热带念珠菌 (C.pseudotropicalis) 涎沫念珠菌 (C.zeylanoides) 原命名类星形念珠菌（C.stellatoidea） 作为白色念珠菌的生物变种。 （二）隐球菌属（Cryptococcus） 与人类感染有关有以下6种： 新型隐球菌 (C.neoformans) 白色隐球菌 (C.albidus) 罗伦隐球菌 (C.laurentii) 浅黄隐球菌 (C.luteolus) 地生隐球菌 (C.terreus) 指甲隐球菌 (C.uniguttulatus) （三）其他酵母及酵母样真菌 包括9个属，与人类感染有关的有： 球拟酵母菌属 (Torulopsis) 光滑球拟酵母菌 (T.glabrata) 皮托球拟酵母菌 (T.pintolopesii) 念珠球拟酵母菌 (T.candida) 红色类酵母菌属 (Rhodotorula) 胶红色红色类酵母菌 (R.glutinis) 深红色红色类酵母菌 (R.rubra) 酵母真菌属 (Saccharomyces) 酿酒酵母菌 (S.cervisiae) 毛孢子菌属 (Trichosporon) 白杰尔毛孢子菌 (T.beigelii) 出芽毛孢子菌 (T.pullulans) 汉逊酵母菌属 (Hansenula) 异常汉逊酵母菌 (H.anomala) 多形态汉逊酵母菌 (H.polymorpha) 地丝菌属 (Geotrchum) 念珠地丝菌 (G.candidum) 芽生裂殖菌属 (Blastoschizomyces) 头状芽生裂殖菌属 (B.capitalus) 原膜菌属 (Prototheca) 威克原膜菌 (P.wickerhamii) 佐芬原膜菌 (P.zopfii) 马拉色霉菌属 (Malassezia) 糠秕马拉色霉菌（M.furfur） 四、支原体(Mycoplasma) 从人体分离出的支原体有： 肺炎支原体 (M.Pneumoniac) 口腔支原体 (M.ovale) 唾液支原体 (M.salivarium) 咽支原体 (M.faucium) 嗜脂支原体 (M.lipophilum) 嗜精子支原体(M.spematophilum) 渗透支原体(M.penetrans) 人型支原体 (M.hominis) 解脲脲原体 (M.urealyticum) 颊支原体 (M.bucale) 莱氏无胆甾原体 (M.laidlawii) 发酵支原体 (M.fermentans) 灵长支原体 (M.primatum) 生殖支原体 (M.genitalium) 五、衣原体（Chlamydiac） 新版伯杰手册将与人类有关的衣原体分为一科一属二个种: 沙眼衣原体（C.trachomatis） 鹦鹉热衣原体（C.psittaci） 1989年Crayston和王等报道肺炎衣原体（C.pneumoniae）。 六、其他革兰阴性杆菌 对目前在临床上较少能分离到菌种，但其对人类致病是明确的，如巴斯德菌属和布鲁菌属等，以及有些临床意义还不十分明确的分离菌，它们的分类如下： （一）艾肯菌属（Eikenella） 侵蚀艾肯菌 (E.Corrodens) （二）鲍特菌属 (Bordetella) 百日咳鲍特菌 (B.pertussis) 副百日咳鲍特菌 (B.Parapertussi) 支气管鲍特菌 (B.Bronchsptica) （三）巴斯德菌属(Pasteurella) 多杀巴斯德菌 (P.multocida) 嗜肺巴斯德菌 ((P.pneumotropica) 溶血巴斯德菌 (P.haemolytica) 脲巴斯德菌 (P.urea) 产气巴斯德菌 (P.aerogenes) 母鸡巴斯德菌 (P.qallinarum) （四）心脏杆菌属(Cardiobacterium) 人心脏杆菌属 (C.hominis) （五）色杆菌属 (Chromonacterium) 紫色色杆菌 (C.uiodaceum) （六）布鲁菌属 (Brucella) 羊布鲁菌 (B.melitensis) 牛布鲁菌 (B.abortus) 猪布鲁菌 (B.suis) 绵羊布鲁菌 (B.ouis) 狗布鲁菌 (B.canis) 木鼠布鲁菌 (B.neetimais) 注：以上各类细菌分类主要摘自叶应妩主编《全国临床检验 操作规程 操作规程下载怎么下载操作规程眼科护理技术滚筒筛操作规程中医护理技术操作规程 》第二版 南京：东南大学出版社，1997