鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

鲂属鱼类细胞色素b片段序列 分析 定性数据统计分析pdf销售业绩分析模板建筑结构震害分析销售进度分析表京东商城竞争战略分析 摘要采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cytb片段序列，并运用MEGA3.1软件进行了序列分析，通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 明：鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支，但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异；三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。AbstractTheDNAsequencesofmitochondrialcytochromebgenefragmentofMegalobramaspp.andparobramispekinensiswereanalyzedwithMEGA3.1.Themolecularphylogenetictreewasconstructedbasedonthemethodsofneighbor-joiningmethod（NJ）andunweightedpair-groupmethodwitharithmeticmeansmethod（UPGMA）.Theresultswereasfollows：Megalobramaspp.andParabramisspp.wereclusteredrespectively；ClusteringcontentsofMegalobramaspp.inNJtreeandUPGMAtreeweredifferentwithindeterminacybetweenM.terminalisandM.pellegrini.TheseresultswouldbehelpfulforfurtherunderstandingsystematicclassficationandrearrangmentoftheMegalobramaspp.fishes.KeywordsMegalobramaspp.；cytochromebsequence；phylogeny鲂属（Megalobrama）隶属鲤形目（Cypriniformes）鲤科（Cyprinidae）鲌亚科（Culterinae）。关于鲂属鱼类的种类，成庆泰等[1]整理鲂属鱼类共有3种，分别为团头鲂（M.amblyceph-ala）、鲂（M.terminalis）和广东鲂（M.hoffmanni）。罗云林[2]对鲂属鱼类的分类整理将其修订为4种，分别为三角鲂（M.terminalis）、团头鲂（M.amblycephala）、鲂（M.skolkovii）和厚颌鲂（M.pellegrini）。目前，从业者普遍认为鲂属鱼类包括4种，即三角鲂、团头鲂、广东鲂和厚颌鲂，其中三角鲂为罗云林分类整理的鲂，广东鲂则为罗云林分类整理的三角鲂，团头鲂、厚颌鲂与罗云林分类整理相同。本文依据目前从业者的普遍称谓将鲂属鱼类分为三角鲂、团头鲂、广东鲂和厚颌鲂4种。对4种鱼类细胞色素b（Cytb）基因进行测定，并以长春鳊（Parabramispekinensis）作为外类群进行基因学列的比对，以期为鲂属鱼类的分子系统研究及分类整理提供科学依据。1材料与方法1.1试验材料将三角鲂、团头鲂、广东鲂、厚颌鲂及长春鳊鱼鳍用95%酒精保存，作为试验材料。三角鲂、团头鲂、广东鲂、厚颌鲂及长春鳊分类检索方式如表1所示。试验材料采集地点、时间及数量如表2所示。1.2基因组DNA提取、PCR扩增及测序取酒精0.1g保存鱼鳍样品，用蒸馏水、STE（0.1moL/LNaCl、10mmoL/LTris-Cl、1mmoL/LEDTA，pH值8.0）缓冲液浸泡洗涤直至将骨肉组织中的酒精去除。加入STE900μL，10%SDS90μL，20mg/mL蛋白酶K10μL，56℃至消化完全，加苯酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1）抽提，2倍体积无水乙醇沉淀，TE溶解40μL，电泳检测，4℃保存备用。PCR扩增引物为L14724（5′-GACTTGAAAAACCACCGTTG-3′）和H15915（5′-CTCCGATCTCCGGATTACAAGAC-3′）[3]。PCR反应体系的总体积为50μL，其中，10×缓冲液为5μL（2.5mmoL/L）、dNTPs2μL（2.5mmoL/L），上、下游引物各为1μL（20μmoL/L），Taq酶2U。PCR反应条件为94℃预变性4min，然后94℃变性45s，54℃退火45s，72℃延伸1min，35个循环，最后72℃延伸10min。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用上海生工DNA凝胶回收试剂盒回收纯化，并送上海生工测序。1.3序列分析运用BioEdit软件ClustalW程序将测得的序列进行比对，辅以手工校正，得到比对序列。然后使用MEGA3.1软件对比对序列进行分析[4]，用邻接（Neighbour-Joining，NJ）法和非加权算术平均对数（Unweightedpair-groupmethodwitharithmeticmeans，UPGMA）法构建系统树，系统树各分支的置信度由1000次自举法（Bootstrap）检验。2结果与分析2.1序列特征PCR产物经电泳、回收、纯化、测序得到Cytb基因片段序列，经BioEdit软件ClustalW程序比对，并辅以人工校正[5-6]，得到685bp同源比对序列，如图1所示。在9条同源序列（包括外类群）中没有插入和缺失。变异位点98个，占14.3%，突变发生在三联体密码子3个位点，分别为第1位13、第2位70、第3位15；具有简约性信息位点74个；保守位点585个。T、C、A、G碱基平均含量分别为27.9%、29.2%、27.8%、15.1%，显示G碱基相对缺乏，A+T含量（57.1%）高于G+C含量（42.9%）。转换颠换比为8.6，表明这些位点没有突变饱和。将种内个体作为一个群体进行遗传距离的分析，如表3所示。三角鲂与厚颌鲂遗传距离最近，为0.005；广东鲂与长春鳊遗传距离最远，为0.096。2.2分子系统树的构建基于所得到的同源序列，以长春鳊为外类群，用NJ法（图2）和UPGMA法（图3）建立系统发育关系树。树上各分支上的数字用1000次Bootstrap表示统计分析后对该支的支持百分数。在NJ法和UPGMA法构建系统发育树中鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支，但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异。NJ树中4种鱼类聚类明确，种内不同个体均形成单支；三角鲂先与厚颌鲂聚类，然后与团头鲂相聚，最后与广东鲂聚类；除三角鲂与厚颌鲂Bootstrap支持为66外，其余分支Bootstrap支持均较高，超过92。UPGMA树中团头鲂、广东鲂种内聚类明确，种内形成单支，而三角鲂与厚颌鲂聚类有交叉；聚类层次与NJ树相近，三角鲂厚颌鲂先相聚，然后与团头鲂相聚，最后与广东鲂相聚；除三角鲂与厚颌鲂Bootstrap支持较低外，其余分支Bootstrap支持均在98以上。3结论与讨论鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析结果表明，在NJ法、UPGMA法构建的分子系统树中，鲂属的4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支，说明鲂属与鳊属之间的分类是比较明确的。在鲂属4种鱼类中，广东鲂、团头鲂聚类明确，而三角鲂与厚颌鲂的聚类在NJ树与UPGMA树中存在差异，显示三角鲂与厚颌鲂的分类存在一定不确定性，从Bootstrap支持相对较低也能一定程度的体现。因此，三角鲂与厚颌鲂的分类需要进一步研究。目前，鲂属鱼类分类及命名相对比较混乱。成庆泰等在《中国鱼类检索》中整理出的鲂属鱼类共有3种，分别为鲂、团头鲂、广东鲂。罗云林对鲂属鱼类的种类及命名进行修订，整理为4种，分别为三角鲂、鲂、厚颌鲂及团头鲂，其中三角鲂指普遍认为的广东鲂，鲂指普遍认为的三角鲂，厚颌鲂为分类整理的新种。罗云林的分类定名与目前从业者的称谓习惯存在较大差异，容易产生混淆。因此，对鲂属鱼类的中文名的命名需要进行明确，以免在研究及生产中造成错误。4参考文献[1]成庆泰，郑葆珊.中国鱼类系统检索[M].北京：科学出版社，1987：427-431.[2]罗云林.鲂属鱼类的分类整理[J].水生生物学报，1990，14（2）：160-164.[3]OKAZAKIT，JEONSR，WATANABEM，etal.GeneticrelationshipsofJapaneseandKoreanbagridcatfishesinferredfrommitochondrialDNAanalysis[J].ZoolSci，1999，16（2）：363-373.[4]KUMARS，TAMURAK，NEIM.MEGA3：Integratedsoftwareformolecularevolutionarygeneticsanalysisandsequencealignment[J].BriefingsinBioinformatics，2004，5（2）：150-160.[5]王晓梅，李晓东，王茜，等.中华绒螯蟹与合浦绒螯蟹线粒体细胞色素b基因片段的DGGE分析[J].农业科学与技术：英文版，2011，12（6）：890-892，907.[6]尚常花，朱顺妮，袁振宏，等.普通小球藻细胞色素b559α亚基编码基因的克隆及序列分析[J].广东农业科学，2011，38（15）：105-107.