Cytoscape使用方法(正式版本)

1Cytoscape2.6使用手册郑国毅译 目录 工贸企业有限空间作业目录特种设备作业人员作业种类与目录特种设备作业人员目录1类医疗器械目录高值医用耗材参考目录 目录..................................................................................................................................................1一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：...............................................................................2Cytoscape2.6的新特点.........................................................................................................2Cytoscape的安装...................................................................................................................3系统性能的要求......................................................................................................................3安装过程..................................................................................................................................3开始应用..................................................................................................................................3内存的消耗说明......................................................................................................................4栈的大小分配..........................................................................................................................4Cytoscape的界面...................................................................................................................5菜单..........................................................................................................................................6File（文件）..................................................................................................................6Edit（编辑）..................................................................................................................7View（视图）..................................................................................................................7Select(选择)..................................................................................................................7Layout（布局）..............................................................................................................7Plugins（插件）............................................................................................................8Help（帮助）..................................................................................................................8二、入门Cytoscape.......................................................................................................................9三、Cytoscape中基本的数据表达 分析 定性数据统计分析pdf销售业绩分析模板建筑结构震害分析销售进度分析表京东商城竞争战略分析 .....................................................................................162一、Cytoscape介绍及其安装的一些要求：Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。它可以通过插件扩展的，为了适应快速发展的附加的计算分析和和其他功能。他最先用于生物学，为了整合分子间相互作用的网络（高复杂的，和其他的分子状态信息）。虽然适应任何分子系统的结构和相互关系。他是非常强大的，在于联合大的数据库（蛋白质，DNA，和对人类和生物日益重要的遗传）。Cytoscape允许可视化的网络与文件，显型，其它分子状态信息，和链接网络到功能注释。Cytoscape的重要组织方式是网络，因子，蛋白质和分子用点表示，两点间的交互关系用链接也就是边Cytoscape的发展Cytoscape软件是由以下的机构联合完成的：InstituteforSystemsBiology(LeroyHoodlab),theUniversityofCaliforniaSanDiego(TreyIdekerlab),MemorialSloan-KetteringCancerCenter(ChrisSanderlab),theInstitutPasteur(BennoSchwikowskilab),AgilentTechnologies(AnnetteAdlerlab)andtheUniversityofCalifornia,SanFrancisco(BruceConklinlab).可以访问http://www.cytoscape.org得知详细情况许可Cytoscape是受theGNULGPL(LesserGeneralPublicLicense)保护的。它是这个使用手册的附属品，但是可以在线http://www.gnu.org/copyleft/lesser.txt.找到。Cytoscape包括许多的开源库，详细的解释在这个使用手册/Acknowledgements下。Cytoscape2.6的新特点Cytoscape2.6包含了许多新的特色，增加改进软件的执行性和可用性。这些新增功能包括：WebServiceClientManagerframeworktointegratewebserviceclientsintoCytoscape.网络客户服务管理ٛWebServiceclientpluginsfordownloadingnetworksfromPathwayCommons,IntAct,andNCBIEntrezGene.网络客户服务插件从路径命令。IntAct和NCBIEntrezGene下载ٛAnnotationimportwebservicepluginforBioMart.ThisismainlyforIDtranslation/synonymmapping.注释进入BIoMart，这是一个主要的ID翻译/同义映射。ٛCytoscapethemes.Cytoscape主 题 快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题 ٛDynamicfilters.动态过滤ٛNetworkManagersupportsmultiplenetworkselection.网络管理支持多个网络的选择。ٛLabelPositioninghasbeenimproved.标签位置的改进ٛSessionsavingoccursinmemory.节的保存记录ٛXGMMLImprovements.改良的XGMMLٛNetworkloadingimprovements.改良的网络加载。ٛLinkoutintegratedwithattributebrowser.Linkout与属性浏览器整合。ٛExtrasampleVisualStylesusingnewvisualpropertiesintroducedin2.5.新的可视化道具。ٛMany,manybugfixes!很多的嗅探器。3Cytoscape的安装首先要安装Java程序，才能够在Linux,Windows,andMacOSX系统上运行。虽然没有职位上的支持关系，其它的UNIX平台例如SolarisorFreeBSD需要高于Java5以上的版本。系统性能的要求Cytoscape的系统性能要求主要取决于它要处理的网络的大小、视图和操作。小型网络的可视化大型网络的分析和可视化主频1GHz尽可能的快内存512MB2GB以上显卡集成显卡专业的显卡显示器XGA（1024×768）宽或双安装过程第一步:安装Java程序Cytoscape2.5willno如果你的计算机没有安装，请下载JavaSE5或6.Cytoscape2.5不能再运行在低于Javaversion1.4x的版本下。你必须安装JavaSE5或6。一般说来，JavaSE6比5快。如果你的机子兼容6系列，请应用version6。第二步：安装Cytoscape软件Cytocape的下载和安装有很多 方案 气瓶 现场处置方案 .pdf气瓶 现场处置方案 .doc见习基地管理方案.doc关于群访事件的化解方案建筑工地扬尘治理专项方案下载 。所有的方法都可以从http://cytoscape.orgwebsite.下载1、自动安装适合Windows，MacOSX和Linux系统2、你可以通过压缩包安装3、你可以利用源代码建立Cytoscape4、你可以升级你的软件Cytoscape安装（不包括平台）包括以下文件和目录文件描述cytoscape.jar主要的Cytoscape应用文档（Java文档）cytoscape.sh通过控制命令运行Cytoscape(Linux,MacOSX)cytoscape.bat手动运行Cytoscape（Wingdows）LICENSE.txt/htmlCytoscapeGNULGPL许可lib/库文件docs/不同版本的使用手册licenses/Cytoscape不同库分布许可证plugins/在.jar格式中，目录包含插件sampleData/galFiltered.gml--样本分子交互网络文件galFiltered.sif–同样的网络在简单的交互格式galExpData.pvals–样本基因表达矩阵文件galFiltered.nodeAttrTable.xls–EXCEL格式的样本点属性文件galFiltered.cys–样本节文件BINDyeast.sif在BIND数据库中所有的蛋白质与蛋白质交互网络开始应用双击安装后的图标或者通过命令输入Cytoscape.sh（LinuxorMacOSX)）或双击4cytoscape.bat(Windows)。你可以经过.jar文件到Java直接利用命令java-Xmx512M-jarcytoscape.jar-pplugins。-Xmx512M标记告诉Java分配更多的内存给Cytoscape和-pplugins选项告诉cytoscape直接导入所有的插件。导入插件是很重要的因为很多关键的功能通过它导入Cytoscape如：布局，过滤和属性浏览模块。看命令栏章节了解更多细节。在Windows系统中，可以直接双击.jar文件导入。当成功导入Cytoscape，可以看到如下窗口：内存的消耗说明用户导入大型的网络，Cytoscape需要内存的大小取决于网络点和边的数量和属性的数量。下面有一些粗糙的内存分配意见:建议内存分配没有View点和边的总数建议内存大小0-70,000512M(default)70,000-150,000800M建议内存分配有View点和边的总数建议内存大小0-20,000512M(default)20,000-70,000800M70,000-150,0001G全部的内存给Cytoscape为了让Cytoscape最大的使用内存，你通过命令可以指定。例如，你想分配1GB的内存，输入命令：java-Xmx1GB-jarcytoscape.jar-pplugins栈的大小分配还有一个选项涉及到内存。在Cytoscape中的一些功能需用到大的栈空间（一些暂时的操作，如5布局功能）这个值是独立于Xmx设置，有时候布局运算法则出错就是发生内存不够的原因。为了避免出错，你可以设更大的尺寸利用-Xss命令。如果布局大型网络失败，请尝试以下：java-Xmx1GB-Xss10M-jarcytoscape.jar-pplugins。-Xss10M是设置栈的大小为10MB。在大多数情况下，这就能解决空间不足的问题。Cytoscape的界面当网络导入后，Cytoscape的界面如下：主窗口有以下几个成分组成：菜单栏在顶部（下面有其它菜单的详细信息）工具栏，包括普通功能的图标。这些功能可通过菜单找到。网络处理面板（顶部左边板块）。它包含可选择整个网络的窗口（底部左边）网络主视图窗口，展示网络属性浏览板块（底部板块），展示选择的点或边的属性和能够修改属性值。网络处理面板和属性浏览板块有使其独立的图标，于是被称为CytoPanels。你可以点击CytoPanel右上角：如果你选择了这个控件，例如属性浏览板块，你就可以得到两个Cytoscape窗口，一个主窗口，一个新的CytoPanel2类似于下面所示的。当你把鼠标移到单元上，就会弹出显示。6Cytoscape也右编辑功能，能让你创建和修改交互式网络通过画图和从主网络视图窗口的模板拉出点和边点的形状和边的箭头在模板中以定义为普通的可视风格。编辑一个网络，就选择编辑标记CytoPanel1。编辑一个例子，模板包含CytoPanel1和定义BioMoleculeEditor可视风格，展示如下。菜单File（文件）File菜单包含很多基础文件功能：File－open（打开一个Cytoscape文件）File—New（建立一个新的网络，空的或已经存在的网络）File—Save（保存文件）File—Import（导入网络数据和属性）File—Export（输出数据和图）File—Print（打印图）File—Quit(关闭所有窗口退出程序)7Edit（编辑）编辑菜单包含撤消（Undo）和重做（Redo）功能，这两命令影响属性浏览窗口，网络编辑窗口和布局窗口。还有创建视图（createview）和撤消视图（destroyview），删除当前网络所选的点和边（destroyNetwork）。所有已经删除的点和边都可以恢复通过：Edit—Undo。Properties的参数编辑和插件可以找到通过：Edit—Preferences—PropertiesView（视图）视图菜单允许你打开和隐藏网络处理板块ControlPanel（CytoPanel1），属性浏览DataPanel（CytoPanel2），网络浏览ResultsPanel（在CytoPanel1），和制图VizMapperSelect(选择)选择菜单包含不同选择点和边选项。还有选择使用过滤器，它可以创建自动选择一部分网络的点和边，那些点和边符合过滤规则。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Layout（布局）8这个菜单安排可视化组织的网络。这个菜单有操作网络可视化的工具（Rotate,Scale,AlignandDistribute）。菜单底部的选项列出了各种自动布局网络的运算法则。Plugins（插件）插件菜单包含管理插件（install/update/delete）和添加已经安装的插件，例如AgilentLiteratureSearchorMergeNetworks。你看到的插件可能和出现的不一样，取决插件的导入。注释：一系列可用到的Cytoscape插件可以在：http://cytoscape.org/plugins2Help（帮助）帮助菜单可以帮助你了解使用这个软件的一些使用说明。插件和插件的管理把要的插件从网络上下载，并复制到系统盘的Cytoscape程序下的Plugins下就可以用了。9二、Cytoscape入门1、打开Cytoscape。您应该会看到一个窗口，看起来像这样：2、导入如下的一个网络。在File菜单下，选择Import，然后Network。从您的测试数据目录中加载文件RUAL.subset.sif。这个网络包括419人类蛋白质之间的1089相互作用，它是一个大型人类互动数据的子集，可在http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/Data_Sets/找到。这个子集包括蛋白质相互作用TP53，一个具有特别重要的癌症研究转录因子。现在，你的屏幕看起来应该如下：3、单击在“加载网络”弹出式窗口中的Close。根据Layout菜单中，选择ApplySpringEmbeddedLayout。经过简短的计算布局，你的屏幕看起来应该如下：4、在Cytoscape视图显示窗口中（蓝色窗口显示网络图形），你可以选择的节点用鼠标按一下他们，或拖延鼠标左键。选择几个节点，可以同时将它们在屏幕上拖动。5、您在Cytoscape视图显示窗口可以选择边（蓝一部分屏幕显示网络）通过select菜单，选择MouseDragSelects，而且可以选择Edges或NodesandEdges。可以直接用鼠标点击选择一些边缘，或者使用鼠标确定一个选择区域选择他们。6、请注意最底层的网络是隐藏的CytoPanel3，这是标记节点属性浏览器。让这个面板成为一10个单独的窗口，具体情况如下：A、找到浮动窗口控制在左上角的CytoPanel3所示：B、按一下此控制。现在，你应该有两个Cytoscape窗口：一个Cytoscape桌面，和一个新的窗口标记CytoPanel3，一个类似于如下所示。这种浏览器将显示选定的节点的属性。选择几个节点，其窗口视图如下：C、提示现在已经在CytoPanel3DockWindow控制，如下所示。点击此控件对接CytoPanel3，然后单击Float控件的独立此窗口。D、在您的网络窗口中，找到最大限度控制按钮（如图所示），并点击它以最大限度的扩大你的网络窗口。E、使您的网络在此窗口中央，点击顶部菜单栏的图标：F、您Cytoscape桌面窗口现在应该会出现如下：7、在这个网络中节点是以数字节点标识确定的（具体的EntrezID）。TP53节点的编号7157。选择此节点如下：A、.在Select菜单中，通过名称选择节点。B、弹出一个窗口应该会出现标记SelectNodesbyName。C、输入7157，然后点击搜索。D、该被选节点在中心的屏幕应该变成黄色。E、关闭弹出窗口。118、取消选中的节点，按一下背景Cytoscape板块。9、按下Ctrl-F。SelectNodesbyName弹出窗口重新出现。按Ctrl-F是键盘快捷键方式利用名字选择一个节点。许多Cytoscape菜单选项有键盘快捷键，它们被列在右侧的下拉菜单中。10、重新选择节点7157（TP53）。11、直接选择与TP53有关的节点，操作如下：A、.在Select菜单中，选择Nodes和Firstneighborsofselectednodes。您应该会看到一个网络节点与一些黄色的中心，如图所示。B、在“CytoPanel1”在左侧窗口中，您应该看到以下内容。这图表明，网络中有419个节点，有64名目前被选定的。您的网络还据有1089年的边缘，但目前没有选定的。12、复制选定的节点及其边缘到一个单独的网络，具体情况如下：A、在Select菜单中，选择ToNewNetwork，和Selectednodes,Alledges。B、清理您的面板：1、最佳化您的子网窗口。2、选择Layout,ApplySpringEmbeddedLayout,andAllNodes.3、使用缩放控制可放大这个网络。4、您的显示现在应该会出现如图所示。1213、这个网络节点通过numericIDs进行识别。靠近这些节点，你会看到他们的numericlabels。一个共同属性文件把这些numericIDs定为标准基因名称。A、加载属性文件如下：1、在File菜单下，选择Import，然后点击NodeAttributes，2、选择文件RUAL.na.，然后单击Open。3、弹出一个窗口标记为“LoadingNodeAttributes”就会出现。当此窗口 报告 软件系统测试报告下载sgs报告如何下载关于路面塌陷情况报告535n,sgs报告怎么下载竣工报告下载 “Status:Done”，单击Close。4、看看文件RUAL.na利用你喜爱的文本编辑审查其格式。B、查看这些属性如下：1、转到节点属性浏览器（CytoPanel3），并点击SelectAttributes。2、在下拉菜单中出现，左键Official。右键单击以退出菜单。3、现在，节点属性浏览器将显示ID和在这个网络里面选择的正式节点名称。在中央的网络窗口中点击7157节点，那么在节点属性浏览器应该会出现如图所示。14、现在，我们将修改视觉样式，展示官方节点名称作为节点的标签。A、在Cytoscape平台，在Visualization菜单，选择SetVisualProperties。可视化风格的弹出窗口应该会出现，如图所示。B、点击Duplicate按钮来定义一个新的风格。命名此风格“Class1”。C、点击Define按钮。这将会弹出SetVisualProperties窗口。D、点击NodeLabel标签。E、在Mappingsection，找到MapAttribute下拉菜单中，默认选择canonicalName。13F、如上所示，点击Official。G、按一下按钮ApplytoNetwork，其次是Close按钮。移动VisualStyles菜单中的一边。15、节点现在应该标示其正式名称。现在，我们可以通过缩放命令，放大仔细看看。A、放大网络使用放大按钮。B、您也可以使用缩小按钮缩小。C、此外，您还可以使用缩放选定区域按钮缩放选定的区域。16、此数据集包含多种类型的边缘：一些代表实验确定的相互作用(Y2HandcoAP)，以及一些从文学获得的(non_core,core,andhyper_core)。现在我们可以通过类型代表的每一个相互关系即边，具体如下：A、返回Visual样式窗口，进一步确定您的Class1视觉样式。B、在SetVisualProperties弹出窗口中，单击EdgeAttributes按钮。C、选择边颜色标签。D、根据Mapping部分，去拉下标示None，向下滚动到BasicDiscrete。E、现在菜单上应该会列出MapAttribute的interaction，并列出了这个网络的五种类型的相互作用（Y2H，coAP，core，hyper_core，non_core）。F、按一下Y2H旁边的空间选择Y2H类型边颜色。G、重复上述步骤，为其他边设置类型。选择您的颜色，使Y2H和coAP颜色相似（例如绿色和蓝色）和core，hyper_core和non_core颜色相似（如橙，红，粉红色）。这样，您就可以看到理论和实践上是否是一致的。H、您所设定的SetVisualProperties窗口现在应该类似于上图所示。I、点击ApplytoNetwork，并点击Close按钮在弹出的VisualStyles。14J、您应该会看到一个网络类似如下。这是最常见的边缘？最常见的？K、注意，您可以快速切换在视觉样式之间使用SetVisualProperties下拉菜单。在一些预先定义的视觉特性之间切换和观赏网络如何变化。17、要查看详细的具体边的资料，请执行下列：A、在CytoPanel3，单击EdgeAttributeBrowser选项卡在窗口的底部。B、在CytoscapeDesktop窗口下，在Select菜单中，选择MouseDragSelects，和Edges。C、选择网络窗口中的边是经过在网络窗口中点击鼠标左键，按住鼠标左键（本应产生一个矩形），并拖动遥远的角落矩形相交选定的边缘。D、观察名单的边缘变化的边缘属性浏览器作为您选择的额外优势。18、有时它可以是非常有益的网络略有修改：添加或删除节点或边缘。本节将介绍如何做到这一点。A、在File菜单下的Cytoscape桌面，选择SetEditor，并DefaultCytoscapeEditor。CytoPanel1现在应该会出现如下所示。B、在标记为AddaNode的节点上按一下鼠标左键可以添加一个节点，按住鼠标左键，拖动它到Cytoscape视图。这样做，您应该会看到一个新的空白画布上出现节点。15C、使用鼠标选择节点。在节点的属性浏览器（NodeAttributeBrowser）中，你应该会看到一个节点的IDnode0，如下所示：D、让您的新节点有自己的名称通过使用NodeAttributeBrowser，在名为Official的菜单下输入你想要的名称。不过请注意，您不能重新为有ID的节点输入一个新的ID。E、输入节点之间的新边以及其他一些节点，具体步骤如下：1、在Cytoscape编辑器中，单击DirectedEdge。2、按住鼠标左键，拖动鼠标，从DirectedEdge到另外的节点在Cytoscape的视图窗口中。当您释放鼠标左键，您应该会看到两件事发生：当鼠标在节点的顶部，它应该有一个厚厚的黑色边;和将鼠标移动远离节点，厚的黑线应跟随鼠标。当点击另一节点，一个新的边线应该会出现在两个节点之间。3、要撤消您的新边，根据Cytoscape操作界面，选择Edit和Undo。4、建立了几个新的边，在现有的节点之间。5、删除您的新节点（以及任何附加的边）通过您的鼠标选择节点，并选择DeleteSelectedNodes\Edges。请注意，如果您删除一个节点，任何与这个节点有关的边也会删除。19、保存您的网络可以通过点击SaveNetworkasGML的按钮，也可以直接在Cytoscape工具栏当中找到。16三、Cytoscape中基本的数据表达分析在这一章节当中我们将探索Cytoscape软件中表达数据的基本结构，你将学到几种数据的基本模式，通过表达数值对点进行格式化。1.这里我们一起尝试一下Cytoscpe中的内部数据结构，这节中有很多共同的数据表达模型，其它的内容在使用手册中有说明。1）打开Cytoscape软件并直接从样本中导入以“galFiltered.sif”命名的网络。这是一个蛋白质与蛋白质和蛋白质与DNA关系的网络。2）通过把CytoPanels1and3独立出来将视图窗口放大到最大，并通过spring-embeddedlayout进行排版，你就能看到如下图所示：3）利用最普通的文本编辑方式（记事本）打开galExpData.mrna文件，从文件中你可以看到如下所示：4）这个表格数据的含义是：A、第一行是由各含义的标签组成。B、各栏之间通过空白格隔开。C、第一栏里面包含的是点的名称，并要注意这是必须和网络中的点的名称是匹配的。D、第二栏里面包含的是共同的所在地名称，这一栏是可选择的，它的数据没有立即应用在Cytoscape软件中，但是包含这一栏可以提供给用户使用（未名）。E、剩余的栏包含着实验要用到的数据，在这个栏里面每个点有六个表达结构。5）在File菜单下选择Import中的Attribute/ExpressionMatrixFile，导入这个文件。这个文件17导入之后你就可以看到点身份的窗口就会出现了，指示着有多少实验的数据被找到和那种类型的数值包含在里面。6）现在我们就可以通过属性浏览窗口NodeAttributeBrowser中展示出表达的数据。利用如下的方式实现：A、在NodeAttributeBrowser中，单击SelectAttributes按钮然后选中gal1RGexp,gal4RGexp,gal80exp这三个属性。B、通过各种方式选中一个点，你就可在点的属性浏览中看到它的各选中的属性值。例如：C、选中其它的点你也可以看到他们的属性。7）增加表达值，Cytoscape软件可以通过P-values进行设置。8）利用记事本打开文件galExpData.pvals，你可以看到如下的结构：9）注意这里有两个gal1RG和gal4RG，对于任意一对，第一栏包含着实验的表达数据。第二栏是表达数据的P-values.当你用到这各文件时，你要把每个栏正确命名。10）利用键盘上的快捷键Ctrl-E导入这个文件。11）回到NodeAttributeBrowser窗口，当你选择SelectAttributes，你就可以看到三个附加的属性gal1RGsig,gal4RGsig,和gal80Rsig，选择这三个属性值。12）选择一些的点，这些点的属性值就会显示出来。2.大概最普通的叙述表达的行为时给点增加视觉上的可视化效果。这个软件创造了强大的可视化功能，同时描绘功能的关系和实验响应。下面我们来讲一下步骤：1)在Visualization菜单下选择SetVisualProperties子菜单。2)利用默认风格，建立一个新的以Gal80命名的可视化风格。3)为这个风格定义点的颜色，步骤如下：A.在Mapping下，点击下来菜单的标签None，选择RedGreen。B.在下拉的菜单MapAttribute中，选择gal80Rgexp。这样子每个点都会以Gal80的数据给着色。a)大的负值被着红色。b)小的负值被着粉红色。18c)接近零的值被着白色。d)小的正值被着浅绿色。e)大的正值被着深绿色。f)尽头的值被着黑色和蓝色。C.提示：默认的点的颜色是粉红色的，这样可能很难区分可那些没定义的点。所以要更改默认点的颜色为灰色。在Default下，点击ChangeDefault然后选择以各颜色。SetVisualProperties菜单的样子是：D.点击ApplytoNetwork，你将会看到变化的发生。4)表达的数据是很复杂的，大量的调入改变可能使它在统计学上没有了意义。这儿，我将用点的名称的方式暗含所有改变的统计意义。A.在SetVisualProperties菜单下，点击NodeLabel。B.注意在Mapping下，有一个下拉菜单以默认的canonicalnamesasnodelabels方式命名，向下拉菜单找到BasicPassThrough。C.通过映射可以选择任意的属性例如标签。现在，可以在下拉菜单中看到MapAttribute，起初是默认为canonicalName，将其改成gal80Rsig。SetVisualProperties菜单如下所示：19D.点击ApplytoNetworkE.调整网络近距离的看是否点的名称被数值来命名。3．这个部分介绍一个想定，怎样通过表达数据合并来告诉一个生物事迹。1)这里有一些数据的背景。2)你的网络中结合了pp和pd的关系。在这我们将过滤掉pp的关系边，着重注意pd的关系。A.创建一个字符模式的过滤器，选择pp关系的边。想要知道更多有关过滤的信息，请看手册的Filer说明。B.点击Applyselectedfilter，你就能选中pp关系的边了。C.在编辑窗口下，选择DeleteSelectedNodes/Edges。D.利用一种布局算法布局一下剩下的边。利用yFilesOrganiclayout这种方式不局，你就能看到如下所示的图：203)注意图上有三个黑点，放大近距离的看它的变化。4)仍需要注意这里有两个点和这三个黑点多有关系，他们分别是YPL248YOL051W，选中这三个和直接相连的邻居，将它们复制到一个新的网络中来。通过一些简单的布局和大小调整。你将看到如下所示的图：5)通过观察点的属性浏览窗口（nodeattributebrowser），你可以看到如下的一些东西。A.和三个黑点都有关系的两个点是YOL051W和YPL248C。B.两个点在表达上相差很小，这点差距是没有太大意义的。所以黑点的戏剧性改变和它两的关系不大。C.YPL248C这个点在网络中影响很大，和它相关的点会有很有意义的感应。6)到NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，搜索YPL248C点的信息。返回的信息定有Gal4。点击Gal4那一列得到更多的信息。7)阅读Gal4的说明，你将看到它被Gal80压制。8)将所有的这些合起来，你就能知道Gal4的活动被Gal80压制。这就能解释为什么临近Gal4的有很多的规则。21Cytoscape基础第2部分：使用插件，获取数据，并使用过滤器1、重新启动Cytoscape。2、一些最有趣的Cytoscape功能来自外部插件。现在，我们将一步步的增加新的插件。A..在Cytoscape桌面上，点击插件菜单，看看内容。确认没有标有“合并所有网络”的插件。B.退出Cytoscape。C.在Web浏览器，转到Cytoscape主页：http://www.cytoscape.org/。D.点击插件链接，位于屏幕截图和社区。这样能带你进入标题Cytoscape2.x插件的页面。E.向下滚动到进入GraphMergePlugin,，如上所示。F.单击下载链接，并下载GraphMerge.jar到您的桌面。G.复制文件GraphMerge.jar到您的Cytoscape的plugins文件夹中。H.然后重新启动Cytoscape。I.看看Cytoscape桌面上的插件菜单。现在应该有一个MergeAllGraphs。3、现在，我们将使用此插件的合并节点功能，数据来自http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/Data_Sets/。A.重新导入你之前导入的网络，按一下theLoadNetwork按钮。B.加载文件STELZL.subset.sif。这个文件还包含有关TP53相互作用。互动类型（边的类型）您会看到有LacZ4，SD4和GST_PullDown。C.请注意，GML文件中包含布局的数据，而SIF的文件（如STELZL.subset.sif）没有。早些时候，我们采用了SpringEmbeddedLayout算法。在Layout菜单下，现在试验一下其他的布局算法。D.在Plugins菜单，选择MergeAllNetworks（合并网络）。这时应该弹出一个以MergeNetworks命名的窗口。E.在AvailableNetworks，请点击RUAL.subset.gml，点击向右的箭头加入以选定的网络，，如图所示。F.重复与STELZL.subset.sif。G.单击向上箭头进行合并，并单击OK按钮。H.在CytoPanel1（在左侧的Cytoscape桌面窗口），现在应该有一个条目标记MergedNetwork。这个项目是红颜色，这表明没有默认创建的这个网络（默认情况下，不认为Cytoscape创建大型网络，以及合并后的网络可以是大）。22I.点击鼠标左键选中新的网络MergedNetwork。单击鼠标右键应该跳出菜单CreateView和DestroyNetwork，如图所示。选择创建视图。J.请注意，您的原始网络包含64和43节点，而您的网络包含合并105节点。这表明，这些实验数据很少有相互重叠的点。这是一个典型的观察蛋白质组学。K.在Cytoscape桌面布局菜单下，为您的网络选择一个不错的使用的布局算法布局。4、您的网络包含几种类型的边。有些边的信度比其它边好。现在我们将使用Cytoscape的过滤器，以去除一些低信度类型的边。A.边缘属性浏览器中看看选择几个边的类型。请记住，选择的边缘，你必须首先去Cytoscape桌面上的选择菜单，然后将选择MouseDragSelects...B.我们将过滤标记non-core和SD4的边。non-core边是较低信度以文献为基础的边，和SD4边是从Y2H实验的低信度的边。C.记录在您的图形中边的条数。D.通过Filters中的UseFilters，打开UseFilters窗口。E.点击CreateNewFilter.F.FilterCreationDialog窗口就会出现，从中选择StringFilter然后点击OK按钮。G.在弹出UseFilters窗口中，你可以看到一个条目的标记模式：可以用到管理器。如下图所示H.在右边的窗口中，根据标示字符串模式过滤器，请填写以下内容：a)以Selectgraphobjectsoftype，选择边。b)以withavaluefortextattribute，选择交互关系。c)以thatmatchesthepattern，输入non_cored)点击Applyselectedfilter.。23e)多少边已被选定？f)根据Cytoscape桌面的Edit，选择DeleteSelectedNodes/Edges。g)通过同样的方式删除SD4型的边。多少边缘被选定/删除？有多少留？I.下请注意，现在有一些节点没有邻居。通过如下的步骤删除：a)选择中心节点：7157。b)选择第一个邻居的节点。c)重复前面的步骤，直到没有更多的节点被选中。d)在选择菜单中，选择InvertSelection.。e)在Edit菜单上，选择DeleteSelectedNodes/Edges。f)有多少节点被删掉？所以根据这一点上，新的图形布局可能会有所帮助。g)请注意，有一些节点相连多个边缘。这表明，这些节点连接两个或两个以上的较高的信度形式的互动数据。因此，这种相互作用可以被认为是可靠的。5.现在，我们将探索一些新的机制，提取数据。第一个是酵母：在酵母基因组数据库批量下载工具。A.转到http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/batchDownload.B.向下滚动到标有Step1:YourInput。C.在EnterFeature/StandardGenenames中，输入PPA2。这是一个有趣的基因有许多酵母的相互作用关系。D.根据Step2，在标有Otherdata，检查physicalandgenetic相互作用，然后点击Submit。E.您将重新转到一个标记DownloadData的网页。点击下面的链接NameofDownloadableFile下载它。F.如果在下载过程中您的系统并不自动解压缩文件，解压缩它。G.压缩文件加载到Cytoscape。在您套用您最喜爱的布局算法，您应该会看到一个形象类似的。H.什么样的互动都派代表参加这个网络？物理或遗传？246另一个很好的资源Cytoscape数据是cPath数据库和Cytoscape插件。CPath是一个自由互动数据库服务器软件包开发纪念SloanKettering癌症中心有关中央交换相互作用和途径的数据。默认情况下，CytoscapecPath插件界面演示cPath数据库，设在MSKCC，其互动关系来自MINTandIntAct数据库。任何有关数据关系的实验，可以通过安装cPATH本地副本取得，这将让他们从一个中央资料库获得他们的数据。在这里，我们应探讨使用cPath插件获取数据Cytoscape。A.根据插件菜单中，选择搜索cPath...B.应该会出现一个窗口，如下所示。C.在下拉菜单标示AllOrganisms中，选择HomoSapiens。D.在标示SearchcPath的栏里，输入P53和点击Search按钮。在您的Cytoscape油画，您应该会看到一个网络类似如下所示（使用yFiles产生的有机布局）。25E.在您的网络中选择节点。在cPath插件窗口，您应该看到的信息节点，如下所示：F.选择一个边。在cPath窗口，您应该可以看到有关的互动关系，如：26G.请注意，在相同的节点之间的可能有多个边。造成这种情况的原因包括：不同的外部引用，这意味着互动关系应用了多次;在实验对称一致的结果（如共同immunoprecipitated与B，和B共同immunoprecipitated与a）和不同形式的证据。探讨这一点。H.正如你可能知道，现在的一些互动检索的默认限制为10。不过，您可以通过cPath插件窗口的下拉菜单改变这种。请善待服务器！当探索查询，开始低相互作用的限制。如果查询证明有用的，然后逐步提高您的互动限制。I.您可以使用cPath搜索属性包括疾病（如淋巴瘤）和生物过程（如细胞凋亡）。您也可以结合起来的搜索字词使用AND和OR操作。仅此一点。请记住，善待服务器！7BIND的是蛋白质相互作用数据的中央资料库。虽然目前正经历一个长期的停顿，但它仍然是一个研究蛋白质相互作用非常有用的资源。BIND的有一些新的接口Cytoscape即将发布的，和输出SIF的数据格式如下所示。A.使用Web浏览器，浏览BIND网站http://bind.ca/Action？B.在Search表的下拉行中，单击Fieldspecificsearch。你就可以看到如下图所示：C.点击标示为field的链接。这将弹出QueryFields窗口，如下所示：27D.点击EntrezGeneID。E.在Fieldspecificsearch的右手边，输入7157，EntrezGeneID为人类基因TP53。F.单击Search。这样就会带来一长串的结果，如下所示：G.在Options菜单的右边，在ExportResults，向下滚动到CytoscapeSIF。H.在VisualizeResults，向下滚动到SavealltoSIFfile，保存所有的文件。I.在您的桌面上，您应该会看到一个新的searchresults.sif文件。加载此网络到Cytoscape。J.根据CytoscapeLayout菜单中，选择yFiles和Organic。这应该产生一个网络接近下图所示：28