1、要分析一个重组事件，首先需要一些基础软件的支持，其中最重要的是mega2、打开一个.meg格式的文件：左击鼠标open按钮。3、点击页面顶端options按钮，进入General页面选择一系列参数：选择你的序列是环状还是线性，
检测
工程第三方检测合同工程防雷检测合同植筋拉拔检测方案传感器技术课后答案检测机构通用要求培训
所需要的方法，建议选择默认的选项（RDP,GENECONVandMAXCH你选择的方式越多，消耗时间越长。如果你分析的是小型数据（小于50个序列），你还可以选择CHIMAERABOOTSCA闻日SISCAN。一般不使用LARD方法，除非在验证重组时间或检测小于20个序列的数据时。再看右边的选项，在你第一次分析数据时，应该选上disentangleoverlappingevents选项，如果分析时卡住了再取消分析，把这个选项删掉就可以了。其他选项选择默认就可以了Di^aincePlotsFtec-omtinsdioLnRsdes(LDHsi)Era^rpcintdistributiorplotMatricesTreesSCl-EWAEP(JENECDMVBodscan|MnCN|dninaera||FhylPrt|VieRD|LARC*De(eelionOptemScquence-sdcdrci^larHigheracceptableP-ValueBortferomcoiediori3[05-4l|印时。鸵四Ophoins15Feqjirephylogerieticevidence际Polishbreal;pdnt$|R/CheckaligrmentconsistencyPernutAtioTODtimsl~DiiseritangleovorkippingiigrchNumbeiofpermdatiDnsP-1SnowoverxiewdiuingscanUseSFQGEKD^ramAlirir!*imul毗ims：纠ListAna^seSeciuenMSUsrcRDP.Dhirnaera□厂丁EootSMn■口GENECONV■rMawCii□Fl
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总结
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性的柱状图，对于99%勺用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60分代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40小于60BackgroundRecombinantregionSavesub CyclethroughCurrentviewFigure2.Theschematicsequencedisplay的分数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于40表示该毒株很可能不是重组毒株。6、Schematicsequencedisplay每一个长条都代表一个重组序列。不同的颜色可以代表不同的意思:每一个最可能为重组事件供体的序列被赋予独一无二的颜色用于检测重组序列的方法。他们相关的P值它们与推测的父母代序列之间的关联性大小。可以通过cyclethroughdisplayoptions"button选项改变颜色。而这些颜色代表的意思可以通过左击击灰色部分看到。右击鼠标灰色部分可以将该图拷贝到剪贴板或保存成.emf文件。该图表可以转换三种模式（1）“ShowalleventsforsequenceX”（sequenceX是你的鼠标距离最近的序列）（2）"Showonlybesteventsforallsequences,"and（3）“Showalleventsforallsequences.”就是有的重组事件可能用所有方法都可以检测到，而有的重组事件只有一到两种方法可以检测到。如果你选择（2）的话只有最优的重组事件会显示出来（即P值最低）。你可以通过键盘上的pgDn和PgUp浏览重组事件。在序列彩色条上右击鼠标会出现一系列的选项，你可以通过“接受或不接受该重组事件”选项来人为修改你认为RDP出现的错误，也可以将父母代供体和重组毒株相互调换，但必须慎重，因为这个调换是不可恢复的，如果你要取消调换只能重新分析。而且，尽管RDP可能出现错误，但它至少是一个客观的判断方法，没有人的主观性。所以，除非你有充足的理由，否则不要随便调换。在你浏览这些重组序列的时候，应该时刻accept你认为正确的重组序列，这样有利于你记录自己的进度，也有利于修改RDP的错误，因为一旦RD唯这里出现错误，那么它在后面出现错误的几率也会增大。所以，在accept之后就选择选项栏的Re-Identifyrecombinantsequencesforallunacceptedevents，或者点击下面的"Re-scan”按钮重新进行分析。检测RDP的误差可以通过选择showallevidences选项来观察不同方法检测到的重组事件的breakpoints是否不同，如果不同的话就值得你人工去观察到底哪个是正确的。如果你认为两个重组事件来源于一个祖代毒株，可以选择通过Mergeevents选项将其合并为一个重组事件PlotDisplay双击这个区域的任何位置都会在上方的sequencedisplaypanel显示出相应的序列。鼠标移动到任何位置都会显示出X轴和Y轴的数值。KeyPresstoabortacheckPlotdisplayPresstoselectmethodP-valuecutoffXandYcoordinatesofthemousepointerFigure4.Theplotdisplay.Seesection8fordetailsonwhatisplotted.TheTreeDisplays如果你按下“tree”按钮，一系列表示该重组毒株与其他毒株关系的树将会以两种不同的方式展示如果单击屏幕顶部在命令面板的“tree”按钮两棵树将会并排显示。而如果你按下recombinationinformationdisplay上方的“Tree”按钮则会在该区域显示一株进化树UF^MAo^regen.Pctartialpa^rroinaitSequerc-es：urtiS«\tderceoftherantntccimbiHatkh-i.pLleliidlnilMJdftsii.FCT'fnQlmi.lTLPGMAgreergreosrbinsbonCELOFOMtfl.Mf/TLIFowladEiD'/ruhgl_wdEnwur|_g，5IFg|j|♦■I-■」0M¥l_3rKm技Fo*fl_aiMF12fwl.珈Fowl_a«FeL#HA1JV-；gEDS代。虬岫rwwi.JFcrwl.朝d-rw,留■UFq*Iadcnoyiru-「□%侦d5E]i.ihil_-|h,,UN-trkF口・]..■&日MT.orrieacruithfivn^g1meHsunofthicann.tNUkwFa>l_sdFTimrin：itferviajnrp^r^ntFaiil^ftderiCiTFircitT?>inorpmrEt:5fltflFcwlactDCvinjH奴h虹kplctwittiFwladewvira-..Clcu：cvl^ur5«vi>ta卜叩fil#Chof*ir#*tyr#TiivQjiUulii点击右上角的"cyclethroughtrees”按钮即可以用该序列的不同部分进行做树分析。包括：（1）根据重组序列的不同部分分别作树（2）只有已确认的重组区域做树（即用minorparent部分）（3）只用已确认的非重组区域做树（即majorparent部分）（4）忽略重组的所有区域做树。在同一个页面显示两棵树可以追踪一个序列在不同区域做树后的变化，左击树上的某个序列可以标记这个序列在树上的位置。在树的部位右击会出现一系列的选项，比如“活除颜色”“自动选择颜色”“自主选择颜色”等，可以把树上的序歹0分别弄上不同的颜色。你还可以选择不同方法做树，包括：neighbourjoining,leastsquares,maximumlikelihood,andBayesiantrees."Mark[sequencename]asalsohavingevidenceofthisevent”和"Mark[sequencename]asnothavingevidenceofthisevent.”选项可以使你在树上手动修改你认为RDP所犯的错误，就是如果你认为这个序列不属于这个重组事件你可以把它从该事件中剔除，或这个序列本应属于该重组事件，但RDP^E他排除在外了，你可以认为把它加进去。"Goto[sequencename]”选项可以指弓I你在schematicsequencedisplay板块看至U这个序列。"Recheckplotwith[sequencename]asrecombinant/minorparent/majorparent”选项可以使你看到如果你替换了重组序列/次要母本/主要母本（即树中的红色、蓝色和绿色序列）其中的一个序列后，进化树会变成什么样子。TheMatrixDisplay点击主面板上的Matrix选项，就会显示出矩阵图像，有好多种矩阵的显示方法供你选择。右击鼠标或者点击主面板上的下拉三角都可以选择。如果你确定一个重组事件真的发生了，这时你就要仔细检查RDPW没有准确判断出重组发生的位点，和有没有夸大或过小分组的现象，你就要用其他RDP＜供的附加应用进行验证。可使用的方法简介：RDPmethod,GENECONV,Bootscanning,MaxChi,Cimaera,3SEQandSiScan.是7种基本验证程序，LARD,PHYLPRO,distanceplotsandTOPAL.是四种附加验证程序。RDP:8.1GENECONVAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTATATTACGGCATAAAACGCGattGCaGGaaGGCatatgttatGGCatGGCGattCCtGGaaGCCttacGtaatGGCatAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCATGGCGataGCaGGtaGGcttacgttatcgcatGGCGAAGCAGGIGGCCIIACAIIAIGGCAIAA：SelectthreesequencesanddiscardallGAGATGTTATCCTGAAGATGTTGTCTACTCGATInformation-richsub-sequenceMultiplesequencealignmentnon-informativesitesMoveaslidingwindowacrosssub-sequenceandcalculatepairwiseidentitiesRecordsignificantevidenceofrecombinationRepeatwiththenextthreesequencesLNN!P=GXN二=M(m!(N-m)!)pNX(1-p)N-mCalculatesignificancewhere:CheckforevidenceofrecombinationGisthetotalnumberofofpossiblesequencetripletsListheLengthofthesequenceNisthelengthoftheputativelyrecombinantregionmistheproportionofnucleotidesincommonbetweentheputativerecombinantandparentalsequencesintherecombiantregionpistheproportionofnucleotidesincommonbetweentheputativerecombinantandparentalsequencesintheentiresequence.B1.0ynd6e1.07x10-6p0.5wP0.017601521PositioninalignmentPotentialrecombinantregionPositionsofinformativesitesMajorparent:recombinantplotP-ValueMinorparent:recombinantplotMinorparent:majorparentplot22823043Figure8.TheoriginalRDPmethod.ATheanalysisprocedure.BAnexamplepairwiseidentityplot.DiscardmonomorphicsitesAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTATATTACGGCATAACGCGATTGCAGGAAGGCATATGTTATGGCATAAGGCGATTCCTGGAAGCCTTACGTAATGGCATAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCATAAGGCGATAGCAGGTAGGCTTACGTTATCGCATAAGGCGATAGCAGGTGGCCTTACATTATGGCATMultiplesequencealignmentGCAGATAGTTATCGCCTGAAAGATGTTGGCTCTAACTCGATGGTAGATACTCAATCGCAGATAGTCGTTCGCAGATGCTCATTGGCAGATAGTTATCGCCTGAAAGATGTTGSelect2sequencesfromthepolymorphicsitealignmentSelectthenexttwosequencesRecordsignificantfragmentsUsingfragmentscoreslookforregionsinthepairwisealignmentwheresequenceshaveunusuallyhighsimilarityFragmentscore=I-Where:IisthenumberofidenticalsitesinafragmentCalculatesignificanceoffragmentscoresbypermutationtestingand/orcalculationofKarlin-AltshulBLAST-likeP-valuesBDisthenumberonnon-identicalsitesinafragmentNtisthetotalnumberofpolymorphicsitesintheoriginalalignmentNdisTotalnumberofnon-identicalsitesinthesequencepairGistheG-scalevalue.3.71.80.0CPotentialrecombinantregionGlobalP-ValuecutoffLocalP-ValuecutoffHighscoringalignedpair(HSAP)PotentialrecombinantregionGlobalP-Valuecutoff3.31.60.017601521Positioninalignment22823043Minorparent:recombinantHSAPLocalP-ValuecutoffMajorparent:recombinantHSAPMinorparent:majorparentHSAPFigure9.TheGENECONVmethod.ATheanalysisprocedure.BAnexampleplotofhighscoringalignedpairs(HSAPsorfragments).CAnexampleplotinwhichGENECONVisusedtochecktheRDPderivedresultinFig8B.8.2Bootscanning8.3注意事项：RDP4只是一种检测手段，也会出现很多的错误，不能完全依赖RDP4^判断重组。我们可以从以下几方面入手来减少RDP4发生错误的概率:1、尽量Select3sequencesanddiscardmonomorphicsitesAAGGCGATAGCAGGAAGGCATATGTTACGGCAT]AAGGCGATTCCTGGAAGCCTTACGTAATGGCATAAGGTGATAGCAGGTAGCCTTACATAATCGCAT」AAGGCGATAGCAGGTAGGCTTACGTTATCGCATAAGGCGATAGCAGGTGGCCTTACATTATGGCATGAGATGTTATCRecordsignificantevidenceofrecombination6.9MultiplesequencealignmentRepeatwiththenextthreesequencesRepeatwiththenext2sequencesorproceedtothenextstepWhenallthreepairwisescansarecompletechecksignificanceofpeaksusingP-valueand/orapermutationtestandmatchpeakstofindrecombinantregionsGAGATGTTATCCTGAAGATGTTCTGAAGATGTTGTCTACTCGATSelect2sequencesfromthepolymorphicsitealignmentMoveaslidingwindowwithacentralpartitionacrossthepair-wisealignmentandcalculatea2x22ofthedifferencebetweentheproportionsofsitesoccupiedbythesameanddifferentbasesoneithersideofthepartitionCheckforevidenceofrecombinationbreakpointsPotentialrecombinantregionPositionsofinformativesites3.40.0Majorparent:recombinantplotMCcorrectedP-ValuecutoffMinorparent:majorparentplotMinorparent:recombinantplotUncorrectedP-Valuecutoff1760152122823043Positioninalignment4.12.00.0MCcorrectedP-ValuecutoffChisquareP-valueplotUncorrectedP-ValuecutoffPositioninalignmentFigure11.TheMaxChimethod.ATheanalysisprocedurewhentheMaxChi"scantriplets"settingisused.Whenthe"scanentiredatasetsimultaneouslysettingisusedtheanalysisprocedureisthesameexceptthatthereisonlyoneanalysiscyclewiththepolymorphicsitealignmentbeingproducedfromtheentirealignment(insteadofitbeingproducedfromthecurrentlyselectedtriplet)BAnexampleofChisquaredP-valueplotsusedtoconfirmtheRDPderivedresultinFig8B.CAnexampleplotinwhichMaxChiisusedtochecktheGENECONVderivedresultinFig9B.Potentialrecombinantregion多收集与你最感兴趣的序列同源性大于50%的序列，尽可能搜集全。
浙公网安备 33021202002483