第五讲_分子动力学模拟的Lammps实现课件

B、使用L-J势模拟裂纹的扩展 L-J无量纲化计算中的单位B、使用L-J势模拟裂纹的扩展裂纹lowerupperleftupperleftlowerxyLammps计算输入文件 #2dLJcracksimulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary ssp #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor0.3bin #建近邻 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modifydelay5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表Lammps计算输入文件 #creategeometry创建初始几何构形 Latticehex0.93 #指定晶格类型（二维hex）和晶格常数 Regionboxblock0100040-0.250.25 #定义一个区域 create_box 5box #在指定区域建立一个simulationbox,5表示原子类型的种类数 create_atoms1box #在simulationbox中创建类型为1的原子（原子位置初始化） Mass11.0 Mass21.0 Mass31.0 Mass41.0 Mass51.0 #指定单个原子的质量Lammps计算输入文件 #LJpotentials(指定原子作用势) pair_style lj/cut2.5 #指定lj势，截断半径为2.5 pair_coeff**1.01.02.5 #指定lj势参数 #definegroups（便于加载） Region1blockINFINFINF1.25INFINF Grouplowerregion1 #定义lower组（便于施加外加速度） Region2blockINFINF38.75INFINFINF Groupupperregion2 #定义upper组（便于施加外加速度） Groupboundaryunionlowerupper #定义总边界组 Groupmobilesubtractallboundary #定义可动原子组（便于统计温度）Lammps计算输入文件 region leftupperblockINF2020INFINFINF region leftlowerblockINF20INF20INFINF group leftupperregionleftupper group leftlowerregionleftlower #定义左上、左下原子组（便于指定裂纹的存在） set groupleftuppertype2 set groupleftlowertype3 set grouplowertype4 set groupuppertype5 #指定原子类型（便于指定裂纹的存在）Lammps计算输入文件 #initialvelocities初始化速度 compute newmobiletemp #定义温度的计算（可动区域内统计平均） computenew2mobilestress/atom #定义原子应力的计算（整个区域） Velocitymobilecreate0.01887723tempnew #按指定的温度（0.01）计算 方法 快递客服问题件处理详细方法山木方法pdf计算方法pdf华与华方法下载八字理论方法下载 ，初始化原子的速度 Velocityupperset0.00.30.0 #upper原子组y方向的速度为0.3 Velocitymobilerampvy0.00.3y1.2538.75sumyes #mobile原子的速初始度从0到0.3线性变化 #fixes施加约束 fix 1allnve #nve系综的积分算法 fix 2boundarysetforceNULL0.00.0 #边界boundary上力条件，钢化原子，便于加载！！Lammps计算输入文件 #run运行计算 timestep 0.003 #时间间隔步 Thermo200 #每200步输出热动力学统计量 thermo_modifytempnew #计算温度通过new指示的方法计算 neigh_modifyexcludetype23 #原子2，3之间作用取消（也就是通过不使他们在近邻表中出现实现） Dump1allatom500dump.crack #每隔500步将原子信息写入文件dump.crack Dump2mobilecustom500dump2.cracktagxyzc_new2[2] run 5000 #进行5000步的模拟C.使用EAM势模拟Ni的循环行为uzxy常温30K条件下金属 材料 关于××同志的政审材料调查表环保先进个人材料国家普通话测试材料农民专业合作社注销四查四问剖析材料 模拟中Lammps的单位Lammps计算输入文件 #3dmetal拉伸模拟 #模拟条件的初始化 Unitsmetal #指定模拟中的单位类型 boundary sss #指定模拟的边界条件 atom_styleatomic #指定原子类型，原子的属性 Latticefcc3.52 #指定材料的晶格类型和晶格常数 regionboxblock-55-55-1515 #xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi=区域box的上下限 create_box1box #建立只有1中原子类型的simulationbox create_atoms1box #在simulationbox中创建类型为1的原子（原子位置初始化）Lammps计算输入文件 pair_style eam #定义原子之间相互作用势 pair_coeff **Ni_u3.eam #定义作用势的参数，通过文件输入 Neighbor2.0bin #定义近邻表参数(r+rc),rc=2.0埃 neigh_modifydelay5 #定义更新近邻表的加载步间隔Lammps计算输入文件 region lowerblockINFINFINFINFINF-13 #生成lower区域，便于加载 region upperblockINFINFINFINF13INF #生成upper区域，便于加载 group lowerregionlower #定义lower组 group upperregionupper #定义upper组 group boundaryunionlowerupper #定义boundary组 group mobilesubtractallboundary #定义mobile组，便于计算统计温度（调温）Lammps计算输入文件 #定义计算和边界钢化 computenew2allcentro/atom #定义计算原子的适配度（针对所有的原子） computenew3mobiletemp 定义计算统计温度（针对可动原子） Fix1allnve #时间积分算法（微正则系综） fix 2lowersetforceNULLNULL0.0 #使得lowergroup之间没有z方向的力，z方向钢化 fix 3uppersetforceNULLNULL0.0 #使得uppergroup之间没有z方向的力，z方向钢化Lammps计算输入文件 #定义控温和原子速度初始化 fix 4mobiletemp/rescale1030.030.05.01.0 #使用直接调温法调整mobile原子的速度，每10步一调 #使得目标温度为30+-1K，温度在30+-5rescale之外调 fix_modify4tempnew3 #调温时，计算温度采用news计算 Velocitymobilecreate30887723tempnew3 #初始化mobilegroup中原子的初速度 #通过温度30K初始化，温度通过new3计算，887723为随机数Lammps计算输入文件 dump2allcustom200d_t.txttagxyzc_new2 #定义输出，每两百步输出一次 #tag为原子标号 #x，y，z为原子坐标 #c_new2为new2所计算的原子适配度 #这一参数可以判断原子是否是理想晶格 #或者在位错和堆垛层错上 timestep 0.001 #时间步长间隔（ps=10e-12秒） #时间步长在飞秒量级10e-15秒 #小于原子自振周期的十分之一（0.1ps/10）Lammps计算输入文件 thermo_stylecustomsteptemppeetotalpressvol #屏幕输出梁的控制，step加载步 #temp温度，pe总势能，etotal总能量 #press为压强,vol为simulationbox的体积 thermo 100 #每100步在屏幕上打印统计热动力学量 thermo_modifytempnew3 #输出的温度为new3的计算值 #弛豫和循环加载 run2000 #不加任何载荷计算2000步 velocity upperset000.4 velocity lowerset00-0.4 run10000 velocity upperset00-0.4 velocity lowerset000.4 run20000 velocity upperset000.4 velocity lowerset00-0.4 run10000 #循环载荷模拟Lammps计算输入文件D.使用EAM势模拟Ni的剪切行为vupperlowermobilezxy<100><011><011>NiFCC晶格D.使用EAM势模拟Ni的剪切行为Z‘xY’<100><010><001><011>yzLammps计算输入文件 #3dmetalshearsimulation3维金属剪切模拟 Unitsmetal #采用金属材料单位 boundary ssp #施加z方向的周期边界条件 atom_style atomic #定义原子之间的相互作用（没有键键作用） Latticefcc3.52 #指定晶格为fcc，晶格常数3.52埃 Regionboxblock016.0010.002.828427 #定义区域box（x上下限，y上下限，z上下限） create_box3box #在box区域内创建包含3种原子类型的simulationboxLammps计算输入文件 Latticefcc3.52orientx100orienty011orientz&0-11origin0.500 #指定晶格类型、晶格常数、x,y,z坐标的晶向 #&续行符、晶胞的起始点（0.5表示半个晶格常数） create_atoms1box #在box区域内建立类型为1的原子 pair_style eam #定义原子之间作用势为嵌入原子势 pair_coeff**Ni_u3.eam #指定嵌入势参数文件Lammps计算输入文件 neighbor 0.3bin #指定原子近邻列表参数rc+r1中的r1 neigh_modifydelay5 #指定近邻表更新频率 region lowerblockINFINFINF0.9INFINF region upperblockINFINF6.1INFINFINF group lowerregionlower group upperregionupper group boundaryunionlowerupper #指定边界组，用于施加边界条件 group mobilesubtractallboundary #指定可动部分组，用于计算温度Lammps计算输入文件 set grouplowertype2 set groupuppertype3 #设置原子类型lower为2，upper为3 Computenew3dmobiletemp #设定温度计算new3d Computenew2dmobiletemp/partial011 #设定温度计算new2d，忽略x方向速度 computenew1dallstress/atom #设定原子应力计算Lammps计算输入文件 Velocitymobilecreate300.05812775tempnew3d #初始化mobile区域原子的速度 #使new3d方法计算的温度为300k？？ Fix1allnve #使系综为nve系综，同时确定了方程的积分方法 Fix2boundarysetforce0.00.00.0 #使边界上原子x，y，z方向的受力均为0 Fix3mobiletemp/rescale10300.0300.010.01.0 #使用直接调温法，每10步准备调一次 #如果在300+-10k内不调 #如调的话要求其范围在300+-1k之内 fix_modify3tempnew3d #fix3调温时采用new3d的计算方案Lammps计算输入文件 #以下为弛豫过程 thermo 25 #每25步在屏幕上打印热动力学统计量 thermo_modifytempnew3d #输出的温度按new3d方案计算 timestep 0.001 #时间步长为0.001ps run 100 #弛豫100个载荷步Lammps计算输入文件 #以下为剪切加载 velocity upperset1.000 #上边界原子施加x方向的速度 velocity mobilerampvx0.01.0y1.48.6sumyes #在y[1.4,8.6]区域定义0，1之间的vx插值速度 #该速度累加到弛豫的速度上 Unfix3 #释放弛豫时候的温度约束3 fix 3mobiletemp/rescale10300.0300.010.01.0 #重新施加温度调控约束3 fix_modify3tempnew2d #温度的计算采用new2d计算方案Lammps计算输入文件 #以下为剪切计算 Dump1allcustom100dump.sheartagtype& xyzc_new2[4] #每100步输出，c_new1d[4]为new1d计算的原子应力 thermo 100 thermo_modify tempnew2d #每次输出屏幕上的温度按new2d方案计算 reset_timestep 0 #重新设当前为第0步 run 3000 #剪切计算3000步