小标本和细胞学标本的基因检测上海市胸科医院病理科内容介绍小标本和细胞学标本的获取标本的病理学评估检测方法的选择EGFR突变检测应用小标本和细胞学标本的获取内科多手段获取肺癌标本病理诊断+基因检测支气管镜活检标本较小通常是福尔马林固定、石蜡包埋处理建议采用灵敏度高的检测方法细针穿刺活检标本较小通常是福尔马林固定、石蜡包埋处理建议采用灵敏度高的检测方法细胞学标本细胞学标本中通常肿瘤细胞数目较少，需要采用灵敏度高的检测方法利用染色后的细胞涂片直接刮片，提取DNA，用于基因检测制备细胞蜡块：处理流程：细胞学标本经离心处理后，常规福尔马林固定、处理及石蜡包埋制备细胞蜡块的好处：（1）便于长期保存；（2）方便用于EGFR基因突变的检测及其他分子生物学标记物的检测胸水或支气管刷片涂片、染色病理诊断液基细胞学病理诊断细胞蜡块，切片染色病理诊断肿瘤组织的异质性遗传异质性正常细胞混杂检测方法的比较ME-PCR/SequencingO=Transferproduct/addreagent/opentubePCR:Real-timeDetectionPCRClean-upSequencingRxnCapillarySequencingPCRPCRClean-upSequencingRxnCapillarySequencingPCRHetero-duplexCapillaryElectro-phoresisARMS&PNA-LNAclampPCR/SequencingNestedPCR/SequencingPCR/HRMA/dHPLCPCR/RFLPPCRRFLPElectro-phoresisSizingPCRPCRClean-upSequencingRxnCapillarySequencingRFLPOOOOOOOOOOOOTaqManClean-upOClean-upOClean-upOOOOPCRSURVEYORcleavagedHPLCSizingOConfirmationbysequencingPCR/SURVEYORPCRClean-upPyro-sequencingRxnPyroSequencingOO123456Steps7ConfirmationbysequencingOConfirmationbysequencingOOO1%~10%3-10%10%3-12%20~30%20~30%PCR:Real-timeDetection~10%<1%1.FHirsch,etal.JCO2006；2.CZhu,etal.JCO20083.TMok,etal.DiscoveryMed2009ISELBiomarker测序法阴性样本（～200）ARMS法重新检测17(+)测序法复测7(+)BR21后续分析测序法阴性样本（n=148）ARMS法重新检测11(+)测序法与ARMS法应用测序法与ARMS法应用实例-2JClinOncol.2011,20;29:3316-3321.ARMS法比测序法更灵敏，灵敏度为1%国际肺癌协会专家共识小标本和细胞学标本的EGFR突变检测应用支气管刮取物样本检测肿瘤EGFR突变BritishJournalofCancer,2006,95:1070-1075支气管刮取物样本可以进行EGFR突变检测JClinOncol30,2012(suppl;abstre21103)EBUS-TBNA样本检测肿瘤EGFR突变样本数量：52例样本种类：EBUS-TBNAEGFR突变：25例（25/52=48%）：15例exon199例exon211例T790M检测方法：ARMS方法与突变富集测序，结果一致验证方法：其中6例样本手术样本的检测结果一致EBUS-TBNA样品可以用于EGFR突变检测CancerCytopathol2009,117:67-72细胞学样本检测肿瘤EGFR突变细胞学样本可以进行EGFR突变检测FNAPleuralfluidBronchoalveolarlavage癌性胸水检测EGFR突变EGFR突变状态ARMStotal+-测序法+303-51520total81523*用肺腺癌胸水中细胞检测EGFR突变*Kimuraetal.CancerSci2006;7(7):642-648EGFR突变检出率:ARMS法35%；测序法13%用胸水检测肿瘤EGFR突变需要敏感的ARMS方法其敏感度与特异性尚无结论不同来源样本的数量要求和检测方法BritishJournalofCancer2006,95:1390-1395;CancerSci2006;97:642-648;LungCancer2006;54:265-266样品基因检测中的相关角色患者临床医生胸外科医师内镜医师收集肺癌组织标本病理科医生病理评估实验操作及结果分析实验室人员报告结果给临床医生肿瘤科医生放疗科医生呼吸科医生多学科的合作是确保基因检测顺利开展和成功的关键通过对不同类型标本的病理评估，选择合格的样本是确保基因突变检测成功的重要步骤ALK基因检测符合以下标准的小标本和细胞涂片均可利用FISH方法进行ALK基因重排的检测:肿瘤细胞>200个肿瘤细胞相对集中免疫组化及RT-PCR法检测ALK正在验证中
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