Materials-Studio 论坛问答全

Materials-Studio论坛问答全Materials-Studio论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）1、问：用MS构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪可以查到它的空间群答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如CCDC。你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS自带了一些材料的晶体结构,你可以查询一下.2、问：各位高手，我用ms中的castep进行运算。无论cpu是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？答：请先确认以下几个问题：1，在什么系统下装，是否装了并行版本。2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个CPU3、问：我已经成功地安装了MS3.1的Linux版本，串行的DMol3可以成功运行。但是运行并行的时候出错。机器是双Xeon5320(四核)服务器，rsh和rlogin均开启，RHEL4.6系统。其中hosts.equiv的 内容 财务内部控制制度的内容财务内部控制制度的内容人员招聘与配置的内容项目成本控制的内容消防安全演练内容 如下：localhostibm-consolemachines.LINUX的内容如下：localhost:8现在运行RunDMol3.sh时，脚本停在$MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun$nolocal-np$nproc$MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe$rootname$DMOL3_DATA这一处，没法执行这一命令并行运算时，出现以下PIxxxx(x为数字)输出ibm-console0/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exelocalhost3/home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe请问这是什么原因？谢谢！答：主要是rsh中到ibm-console的没有设置把/etc/hosts改为127.0.0.1localhost.localdomainlocalhostibm-console在后面加个ibm-console也希望对大家有帮助!4、问：在最后结果的dos图中,会显示不同电子spd的贡献,我想问的是,假设MS考虑的原子Mg的电子组态为2p63s2,那么最后的dos结果中的s,p是不是就是2p,跟3s的贡献.比如更高能量的3p是否可能出现在dos中?如果可能的话，在这种情况下,如何区分2p和3p的贡献,谢谢.答：A、取决于你的餍势势里面没有3p电子，DOS怎么会有呢？自然，你的1p1s也不会出现在你的DOS中。B、我觉得原子没有d轨道但是计算出来的DOS图上有d轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然按照教科书上的d轨道上没有电子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。C、我考虑的是dos并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p构成导带能级不可能吗?没有d电子出现d的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认3p的可能?既然不可能有3p,怎么会有1s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似?D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。p能量高于s不太好理解这里有成键反键的因素p的反键是有可能小于s的成键的另外有时候原子电子组态没有d电子的时候计算结果也出现了d轨道估计是做轨道投影的问题。vasp就有这个问题，但是可以消除这个错误的。5、问：那位高手能够介绍一下MS中CASTEP的势能模型的适用范围？比如说LDA的（PWC,VWN），GGA的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好答：LDA局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点r处的电子密度n（r）来决定那点交换-相关能密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分 表 关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf 达。各种不同的局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于Ceperly和Alder`s在８０年代对均匀电子气总能量的MonteCarlo模拟。广义梯度近似（ＧＧＡ）：ＧＧＡ是Jacob阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|∇n(r)|），在描述交换－相关能方面，梯度引入了非定域性。ＧＧＡ泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。Perdew,BurkeandEmzerhof(PBE)以及Perdew-Wangfrom1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的GGA，比如Becke,Lee,ParrandYang(BLYP)是经验性。LYP校正采用了密度的二阶Laplace算符，因此严格上讲属于Jacob阶梯的第三阶，但通常仍然归类为GGA.6、[求助]Linux上MS的安装问题我在RHES4.6上安装MS3.0但是在castep和dmol下的RunDMol3.sh大小为零，没有东西，同时在share下也没有bin目录，也找不到ms_setuo.sh脚本请问是什么原因？相应的出现这样的错误信息：/home/sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom:errorwhileloadingsharedlibraries:libcxa.so.3:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory答：假如你有MaterialsStudio3.1的ISO版本以及licene.dat。在linux机器上的用户名为firefox。下面是安装MaterialsStudio3.1linux版本的步骤1、假定把MaterialsStudio3.1的iso文件mount到/home/firefox/ms目录，切换到root帐号下，然后用下面的命令如下：mount-oloop/home/firefox/MS_MODELING.iso/home/firefox/ms2、文件mount上去后，退出root帐号，回到firefox帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX目录，运行下面的：./Install3、开始按提示安装了1）、指定你要MaterialsStudio安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选上3）、然后指定你License_Pack所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack目录中，那么先建立这样的目录：mkdir/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack接着按提示Enter。开始安装Licens_Pack了。4）、下面把你所得到的licene文件msilic.lic拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses目录中，并改名为msilicense.dat。5)、把/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本安装好了。下面就是把gateway运行起来。4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway目录，运行下面的命令：./msgateway_control_18888start提示说Gatewaystartsucceeded-runningasprocessxxxx。后，就启动成功了。5、在ie的地址栏输入，:18888/;则页面会显示该机器上已经安装好的计算模块基本就安装成功了。(注意之处：不要用root安装它)。7、问：我想对NaYF4的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算??如果有NaYF4的结构的话,请分享一下.答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库ICSD查询，如果查到，直接导出来就可以用ms算了电子云分布算一下电子密度就可以了可以用dmol和castep如果要某个轨道的电子云，dmol算homo－lumo上下若干个轨道castep算能带最后那visulizer看电子云密度图就ok了8、问：各位高手请教一下用demolJ计算分子轨道怎么看HUMO,LUMO图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了答：dmol计算的时候选择properties里面的orbitals把homo和lumo选上然后计算，算完以后打开analysis对话框选择orbitals，就看到你算的homo和lumo了，然后import就在模型中可以看见homo和lumo了9、求助有MS并行计算经验的朋友解答一下我虽然在LINUXCLUSTER并行成功了，但是并行的时候CPU计算利用率很不均衡也不稳定有时候100%有时候0%而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在LINUX中的进程名换了一次之后CPU使用就开始出现不均衡的情况，有一个CPU90%+，别的都是2-5%的样子进程处与sleeping状态只有那一个CPU在RUN另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是CASTEP模块，K点数是CPU数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节K点数目，不均衡不知道是不是算能带的时候导致K点在每个CPU上分布不均造成的还想问一下我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS的效率如何评估答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象B、所有节点空闲内存都在50%以上啊，发现只有一个节点的CPU占用的厉害别的不超过10%C、你选用的几个cpu进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个cpu进行计算,那么应该是节点之间的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了10、问：CASTEP能算pdos的自旋情况吗答：可以计算体系的自旋态密度alpha和beta分别为自旋向上和自旋向下totalspin是总自旋计算的时候必须把自旋极化－spinpolarized选上才能画自旋态密度11、问：大家帮忙看看这是什么问题我再用demol计算动力学的时候,不管怎么设置参数它老出现这个提示Error:SCFiterationsnotconvergedin50iterationsMessage:SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfileYoumayalsoneedtochangespinorusesymmetryResubmitDMol3Message:DMol3jobfailedError:DMol3exiting请教高手这是什么原因啊?答：SCFnotconverging.Choose"UseSmearing"onDMol3SCFpanelorset"OccupationThermal"intheinputfile无法收敛，加大计算步数。你错误的原因是体系在50步内不能收敛,你可以增加收敛计算步数,比如增加到100系统提示你改变"UseSmearing"和"OccupationThermal"的设置参数(这两个参数在设置对话框中),还提出建议让你改变自旋和对称设置来试一试。不收敛，解决方法一加大圈数，DMol3calculations－》electronic标签下More选项－》SCF选项，中Max.SCFCycles加大，最多1000圈，如果1000圈收敛不了就用方法二，加大smearing在SCF标签下把orbitaloccypancy下面的勾打上，然后设置smearing设置重小到大逐渐增大，smearing如果很大，虽然能收敛但是最后的构型有问题。做MS计算，我的感觉是没有必要一步算到位，就是说你的计算精度（能量，力等等）可以一步一步来，或者是smearing慢慢变小，这样容易收敛些。12、新手请教几个不专业的问题1.(1x1)CO中(1x1)是什么意思？2.态密度、能态密度和电子态密度的区别？3.K││-resolved是什么意思？4.如何在半导体上建金属表面？5.如何翻译？supercellgeometrytheViennaab-initiosimulationpackage(VASP)thegeneralizedgradientapproximationtheplanewaveexpansionstructuralrelaxationsatight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)methodtheTB-LMTOmethodtheprincipal-layerGreen’sfunctiontechniquetheK││-resolvedtransmission6．K││-resolvedDOSattheFermienergy这句话怎么理解啊？7．用MS能不能计算一个体系的电导？如何去算？答：1.(1×1)表示的是表面的构型，2×2是(1×1)的四倍，也就是x和y上分别用两倍单位平移定义表面的晶格常数a和b，c轴与表面方向平行，c的大小取决于原子层和真空层厚度2.应该是没有区别，可能是称呼不同而已。3.不清楚什么意思4.用ms里面的layerbuilder构建界面，基底为半导体，半导体上长金属层是通过layerbuilder构建的5.supercellgeometry——超胞结构theViennaab-initiosimulationpackage(VASP)——维也纳从头算模拟软件包thegeneralizedgradientapproximation——广义梯度近似theplanewaveexpansion——平面波展开structuralrelaxations——结构弛豫atight-bindinglinearmuffintinorbital(TB-LMTO)method——紧束缚线性丸盒轨道theTB-LMTOmethod——紧束缚线性丸盒轨道方法theprincipal-layerGreen’sfunctiontechnique——？theK││-resolvedtransmission——？6.不是很清楚，没有上下文7先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：GeorgK.H.Madsen,DavidJ.Singh.ComputerPhysicsCommunications175(200667~71.PhilipB.Aleen,WarrenE.Pickett,HenryKarkauer.PhyscicalReviewB37(1988)2721~2726.13、请问：在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了在build下的symtrey有makeP1不是降低对称性，是构建超胞makesuppercell然后就可以删去一个原子了正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理，毕竟缺陷浓度是很低的。14、[求助]MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。谢谢指教！答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求B、感谢楼上各位。不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。我想做这样一件事：已知原子数为10的构型，第11个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化11个原子的位置（既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，15、msdiscover停电后如何处理msdiscover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入autorecover，jobexplorer里面还显示未算完的任务，serverconsole打不开，无法查看是否正在算查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中userestartresult，但是结果显示完全从头开始算没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算谢谢答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中userestartdate选项，就可以了。【转帖】Materials-Studio论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）216、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属于同一个不可约表示。如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光照就可使其进行）。若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。17、请问MS计算能带的问题由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过 报告 软件系统测试报告下载sgs报告如何下载关于路面塌陷情况报告535n,sgs报告怎么下载竣工报告下载 。我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。另外对于dmol来说，何来什么能带全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gapC、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关纵轴表示能带的能量。带隙可以分成直接带隙和间接带隙直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。18、什么是Overlappopulations？在一篇文章上看见Table2Bonddistances(A˚)andOverlappopulations(/E/inbrackets)TiO2TiO2/Sn6cTiO2/Sn5cTiO2/Sn6-inTiO2/Sn5-inOb–Me6c1.831(172)1.963(220)1.83(165)1.831(172)1.832(171)Op–Me6c2.066(86)2.107(32)1.989(64)2.070(84)2.069(83)Op–Me5c1.938(122)1.912(114)1.995(139)1.988(123)1.933(120)O1–Me6c2.065(86)2.165(86)2.097(117)2.072(115)2.086(119)O2–Me5c1.853(130)1.854(119)2.006(122)1.865(134)1.890(112)O1–Me6-in1.936(160)1.950(142)1.983(163)2.056(177)1.968(161)O2–Me5-in1.968(83)1.961(84)1.950(96)1.976(86)2.047(90)请问Overlappopulations是什么？如何得到的？答：A、Overlappopulations重叠布居CASTEP计算性质时的population选项可以算B、重叠布居相当于键级的概念一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强0表示纯离子键。负值表示反键。主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别19、请教一下这些数据在那？您能把您算过的这部分给贴上来吗？CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了但是我找不到它在那谢谢答：CASTEP中计算的时候选择properties里面的populationanalysis下面的bondpopulation计算得到的结果除了有atomicpopulation以外还有就是bondpopulation也可以叫overlappopulation在.CST或者.CASTEP文件最后部分。20、用MS需要什么样的配置？谢谢！老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！答：A、双核至少奔D2.8GHz1G内存高分子结构最好准备买服务器！！！！B、楼上的，没那么夸张吧？CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！C、我觉得看你做什么体系你如果做简单的分子体系用demol可以解决的谱图电脑夜可以的如果算晶体那必须是搞配置的机子D、关键是cpu，内存，和硬盘ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify--Constraints”实现的吗？如何实现？答：就是用“Modify--Constraints”步骤：第一：选择要加限制的原子第二：打开constrain对话框第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出一个点，而且jobexplorer显示是running,不知道怎么回事？答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果感觉很不对。向各位请教！谢谢我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite）在reflex里面选powerdiffraction设置xrd谱图的范围，靶的种类等等点caculate就ok了24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件，坐标比较多。答：利用MS的Export输出为mol格式的文件然后利用Hyperchem打开上面的输出文件另存为xyz文件即可25、Dmol计算的频率如何看明白啊？偶用Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！答：性质中频率是算声子的。最后给出的振动模式vibrationalmode输出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振动频率的数据如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降如果是晶体则有3N个振动频率，其中有3个为刚性振动，频率接近0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的数值（振模频率），还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的振动频率，而不能计算其他点的振动频率。完毕【转帖】Materials-Studio论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）432、怎么可以计算比较准确的扩散激活能？用TSRESEARCH算的时候所有的基体原子都不能移动，与实际过程不同，得到的激活能准确嘛？有什么方法可以解决这个问题嘛？谢谢赐教！答：A、做表面相关的计算不能优化cell把，如果优化cell的话基本上是算不了了表面＋真空层，晶胞体积太大，算不动的。一般是先优化晶胞的平衡构型，然后在切表面，在进行相应计算B、谢谢各位的建议！可是我想算体扩散，比如在H在Ti中的扩散，先优化含氢的一个构形，再优化另一个构形，可是它要求所有基体原子不动，只有扩散的原子运动，所以优化的时候就得让基体原子都不动，我不知道这样算的结果是不是合理C、体扩散应该难度不大，个人认为远离H的原子可以固定，在H附近的原子不能固定，要不然结果可能不具有可信度。如果不好确定H附近的原子，则建议全部不固定。D、楼主说的有点像渗碳渗氮。这是一个扩散穿质的过程，解一个二阶偏微分方程，解的准确性关键在一些系数的选取，像扩散系数D。不知道第一性原理能不能算这种很具体的系数。33、请教DMol3Calculation出现的问题我是新手，DMol3Calculation点Run后出现一个对话框Failedtocreatejobfortheserver:DMol3.NodefaultlocationdefinedforserverDMol3.UseServerConsoletospecifyagateway.答：A、网关没有启动，或者被防火墙拦截了。如果是winxp系统，把系统防火墙关闭，如果还有杀毒软件的防火墙，第一次运行，要允许Apache.exe等访问网络还有一个可能就是你安装的只是客户端，而没有安装服务器段如果全部都安装的话，第一次运行你可能没有让网关启动。B、根据我的经验如果在安装的时候没出什么错误的话是不用重装的，这可能是serveconsole里面出错了，你试试把以前的sever删掉，再新建一个，选服务器（如果是自己的机子就输入你的计算机名），在这之前确保网络是通的，防火墙关掉（WINDOWS自带的也关掉），装完之后test一下。如果这样不行的话，你可以在cmd命令行中输入：pingIP地址，看一下网络是否是通的；ping服务器名字，看一下名称解析是否有问题。出现这种问题往往是由于网络的问题，比如在运行任务的时候，修复一下IP地址，马上会出现问题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE的时候也必须关掉防火墙。C、可如果有防火墙的话,到防火墙里面开启相关项如Apache.exe,alg,lmgrd,perl,msi等,看看行不34、请问能在castep中得到内聚能吗?怎样得到,请高手指教,谢谢答：1。如果是结合能，castep和dmol都可以算dmol能直接给出结果，在outmol文件中。castep得自己算。算法：晶体的总能量(finalenergy)－（N1×晶胞中原子1个数原子＋N2×晶胞中原子2个数原子＋。。。。），就是原子成键后导致体系的能量下降。原子的能量在.castep文件开始算赝势的地方找。35、请教MS中切面几何优化和原子之间的配位1.我用MS-中DMol3切面做几何优化，假如主族氧化物A2O3,切三层，五层，七层，分子式分别为A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终不收敛，设置自旋激化，和无自旋激化都试了就是不收敛，其他都是默认值。请问应该怎样设置？为什么？2.体相O是四配位的，A是六配位的，切面时第一层是O第二层是A出现两种情况，一种O是两配位，A是六配位,另一种O是两配位，A有四配位和五配位，做吸附气体小分子哪种切面好，为什么？谢谢指教答：A、你看一下你的输出结果，看一看他的收敛程度如果没有收敛，那就改变一下结构试一试如果一直是往收敛的方向走，那就增大一下SCIcycles试一试也许在多进行几步SCI就可以收敛第二问题，这两种情况你都要计算进行比较，找出最有利的吸附构型，具体那个面容易吸附积要看你的吸附体，也要看你的吸附质不同的物质不一样一般情况下，容易发生在晶面间距较大的面B、SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０１都试了不收敛．还可以调什么参数？就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗?选１００面晶面间距是较大，吸附小分子ＣＯ，ＮＯ，ＮＯ２，Ｎ２Ｏ，Ｈ２ＣＨ４等应该选哪种面？C、如果这样，五层每次都是第九步不收敛，我觉得可能有一下几方面原因，（自己的拙见，仅供参考）：一、再检查一下你的结构是不是有问题，七层都可以收敛，说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用半经验优化一下，然后再用Dmol优化，这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些，也比较容易收敛。二、循环次数你已经增大了，如果是你说的一会变大，一会变小，那就是结构在震荡，也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。如果不行，只能调节收敛精度了。至于选层，没有什么具体要求，一般都是3－6层，这样要你自己计算，一般都是把基层都优化以下，看看表面结构影响到几层。比如，你有优化的3层，4层结构，发现第三层、第四层对表面影响很小，计算到第三层就可以了。至于吸附，选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO，一方面看表面是C吸附，还是O吸附，还要看是金属吸附还是O吸附，他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C，那就会选择含金属原子比较多的面。D、跟smearing设置有关，你可以试一下smearing从小逐渐增大，就收敛了。不过smearing太大，最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛，一般得设置smearing，你可以看outmole文件，里面如果不收敛的话会有体系你修改什么参数的。好运36、请教用MS计算半导体氧化物的能带时怎样设置路径?用MS计算半导体氧化物的能带时,More按扭里有K点Path给出有G(000),F(00.50),Q(00.50.5),Z(000.5),B(0.500).其自动的路径是Ｇ－Ｆ－Ｑ－Ｚ－Ｇ，但是得到的能带很乱，请高手指点怎样设置路径能够好些？答：A、实际能带结构应该是4维图像，而从对称性来考虑，我们关心的仅仅是一些高对称点之间的能量分布，所以一般的结构都是给出的2维图像。再者，通常意义上能带结构中k-point的数值只有相对的意义。能带关系就是E_k关系，所以如果在CASTEP中把能带图export成数据格式的话，看到的两列数据分别是k和能量。k对应的数值如何理解，这个好像不同软件包做法并不一样。CASTEP中将所选的所有bandline也就是kpoint-path的长度定义为一，不同区域的宽度(kpoint-path)对应两个高对称点的相对距离。如果你使用的是Castep自己默认的，那么他确认的都是高对称k-point，得出的图像E和K-point应该是对应的。你可以自己设置，但是这样计算，你的出的DOS是不可用的。你检查一下你的模型是不是有问题最好能够把你的图传上，这样好分析原因B、最后的方法就是所有的点都两两相邻，比如系统有G，X，M,R四个点路径如下G－X－M－G－R－X－M－R所有的点都两两相邻这样反应能带的信息更全一些。37、请教MS里面的图怎样复制到WORD里面来?我在MS计算出的图中点复制,然后在WORD里面粘贴出来的是一些数据，请问改如何操作呢？谢谢答：1、你可以利用这些数据在Origin里作图，这种方法你可以调解坐标轴，坐标。然后把Origin里的图拷贝到Word里。2、利用MS的File菜单下的Export，将你要的图形输出为图形，好像只能输出为bmp格式，然后插入到你的Word里3、就是利用一些抓图软件，我常用的是UltraSnap，通过抓图软件将你要的图形粘贴到Word里38、请教主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化?不吝指教答：A、这个不好说要看你计算什么物质自旋极化对他们有没有影响，如果有影响必须考虑如果没有影响，或影响很小，可以忽略B、假如A2B3,是主族的,切面三层分子式为A6B12,五层A12B21,七层是A18B30,都不是A2B3的整数倍,考虑自旋极化,五层七层不收敛,是不是不用自旋极化?还有要是不用自旋极化,如果做吸附NO,NO分子有单电子那要不要考虑自旋激化?谢谢指点!C、不收敛和用不用自旋极化应该没有关系，不收敛应该检查Cut-offenergy、smear、Band数、体系是否合理等问题39、请问各位大侠，在很多文章中都可以看到电荷密度图这是怎么来的？如何在CASTEP中实现电荷密度图示？？？？答：A、电荷密度图在ms里面是很容易实现的，首先你在选择计算任务的时候，找到电荷密度的单词，然后选中进行计算。算完以后，你在分析的时候，选择分析电荷密度，就可以看到电荷密度图示。既可以调节2d也可以看3d的图。如果你是vasp算的电荷密度图，那么就要程序转换成ms认识的格式，才能导入到ms里面看了，一样是2d和3d都能显示。如果你用lev00处理，当然也行，那就是origin直接画图，一般可能是等高图多。B、view--->toolbars--->volumevisualization,可以调出creatslices,这样就可以选择2D的electrondensity，然后选中这个slice，在properties中修改slicecrystaldirection(修改所取面的晶向)，修改slicefractionalpostion(修改你所取的面的确定位置)，然后从工具栏选择colormap,即可得到想要的面的电荷密度40、关于价态的问题我算了一下TiO2的结构但是它给出的结果如下：SpeciesIonspdfTotalCharge(e)==============================================================O11.874.790.000.006.65-0.65O21.874.790.000.006.65-0.65O31.864.780.000.006.65-0.65O41.864.780.000.006.65-0.65O51.844.800.000.006.64-0.64O61.844.800.000.006.64-0.64O71.844.800.000.006.64-0.64O81.844.800.000.006.65-0.65O91.844.780.000.006.62-0.62O101.844.780.000.006.62-0.62O111.844.780.000.006.62-0.62O121.844.780.000.006.62-0.62Ti12.246.252.230.0010.721.28Ti22.246.252.230.0010.721.28Ti32.216.242.240.0010.691.31Ti42.216.242.240.0010.691.31Ti52.256.262.180.0010.691.31Ti62.256.252.190.0010.681.32Ti72.256.262.180.0010.691.31Ti82.266.272.170.0010.701.30理论上说：Ti应该是＋4价，O是－2价，为什么才是－0。6和1。3多呢？希望高手指教答：A、你说的是一个分子式的价态，而计算的结果是一个晶胞上每个原子均匀分得的电子量是晶胞能量最低的优化结果，从计算结果可以看到即使是同一个原子价态也不同，这是由于各个原子在空间分布不同。B、离子键或者共价键之类的吧,共用电子的程度不同.另外也顺便有个疑问:改变某原子的电荷在计算中有影响吗?C、这个是否与你定义的原子的半径有一定的关系，如果你定义的O的原子半径大，则所带的电量就大，反之亦然。不知道MS里面是不是这样，不过VASP里面是这样的D、前面说的是设置问题关于你说的计算结果，理解是这样的：以O1为例子SpeciesIonspdfTotalCharge(e)======================O11.874.790.000.006.65-0.65计算以前O1的电子结构是2s22p4，Total＝6（e）计算后O1的结构变为2s1.872p4.79，Total＝6.65（e）-0.65表明优化以后，O1得到0.65（e）E、如果考虑的是纯离子，当然就是＋4和－2了。但是由于Ti和O之间形成共价键，价带不是完全有O原子轨道构成而是有O原子和Ti原子轨道贡献构成。这部分贡献可以通过PDOS可以分析出来。CASTEP中PDOS面积表示电子数。也就是由于形成共价键，导致价带有Ti原子的贡献，当电子在价带上填充时填充在价带中Ti原子所贡献的那部分态上的电子划归为Ti原子的电子，这样由于价带不是纯O原子的轨道贡献，当然不可能得到2个电子，所以也就不可能是－2价。如果Ti和O是纯离子，也就是Ti的原子轨道在价带上对O轨道的贡献可以忽略，这时候才可能打到＋4和－2价。由于Ti－O之间是共价键，所以O和Ti不可能为－2和＋4价。【转帖】Materials-Studio论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）432、怎么可以计算比较准确的扩散激活能？用TSRESEARCH算的时候所有的基体原子都不能移动，与实际过程不同，得到的激活能准确嘛？有什么方法可以解决这个问题嘛？谢谢赐教！答：A、做表面相关的计算不能优化cell把，如果优化cell的话基本上是算不了了表面＋真空层，晶胞体积太大，算不动的。一般是先优化晶胞的平衡构型，然后在切表面，在进行相应计算B、谢谢各位的建议！可是我想算体扩散，比如在H在Ti中的扩散，先优化含氢的一个构形，再优化另一个构形，可是它要求所有基体原子不动，只有扩散的原子运动，所以优化的时候就得让基体原子都不动，我不知道这样算的结果是不是合理C、体扩散应该难度不大，个人认为远离H的原子可以固定，在H附近的原子不能固定，要不然结果可能不具有可信度。如果不好确定H附近的原子，则建议全部不固定。D、楼主说的有点像渗碳渗氮。这是一个扩散穿质的过程，解一个二阶偏微分方程，解的准确性关键在一些系数的选取，像扩散系数D。不知道第一性原理能不能算这种很具体的系数。33、请教DMol3Calculation出现的问题我是新手，DMol3Calculation点Run后出现一个对话框Failedtocreatejobfortheserver:DMol3.NodefaultlocationdefinedforserverDMol3.UseServerConsoletospecifyagateway.答：A、网关没有启动，或者被防火墙拦截了。如果是winxp系统，把系统防火墙关闭，如果还有杀毒软件的防火墙，第一次运行，要允许Apache.exe等访问网络还有一个可能就是你安装的只是客户端，而没有安装服务器段如果全部都安装的话，第一次运行你可能没有让网关启动。B、根据我的经验如果在安装的时候没出什么错误的话是不用重装的，这可能是serveconsole里面出错了，你试试把以前的sever删掉，再新建一个，选服务器（如果是自己的机子就输入你的计算机名），在这之前确保网络是通的，防火墙关掉（WINDOWS自带的也关掉），装完之后test一下。如果这样不行的话，你可以在cmd命令行中输入：pingIP地址，看一下网络是否是通的；ping服务器名字，看一下名称解析是否有问题。出现这种问题往往是由于网络的问题，比如在运行任务的时候，修复一下IP地址，马上会出现问题。奇怪的是在服务器是自己的电脑的情况下，在新建SERVE的时候也必须关掉防火墙。C、可如果有防火墙的话,到防火墙里面开启相关项如Apache.exe,alg,lmgrd,perl,msi等,看看行不34、请问能在castep中得到内聚能吗?怎样得到,请高手指教,谢谢答：1。如果是结合能，castep和dmol都可以算dmol能直接给出结果，在outmol文件中。castep得自己算。算法：晶体的总能量(finalenergy)－（N1×晶胞中原子1个数原子＋N2×晶胞中原子2个数原子＋。。。。），就是原子成键后导致体系的能量下降。原子的能量在.castep文件开始算赝势的地方找。35、请教MS中切面几何优化和原子之间的配位1.我用MS-中DMol3切面做几何优化，假如主族氧化物A2O3,切三层，五层，七层，分子式分别为A8O16,A16O28,A24O40,五层优化始终不收敛，设置自旋激化，和无自旋激化都试了就是不收敛，其他都是默认值。请问应该怎样设置？为什么？2.体相O是四配位的，A是六配位的，切面时第一层是O第二层是A出现两种情况，一种O是两配位，A是六配位,另一种O是两配位，A有四配位和五配位，做吸附气体小分子哪种切面好，为什么？谢谢指教答：A、你看一下你的输出结果，看一看他的收敛程度如果没有收敛，那就改变一下结构试一试如果一直是往收敛的方向走，那就增大一下SCIcycles试一试也许在多进行几步SCI就可以收敛第二问题，这两种情况你都要计算进行比较，找出最有利的吸附构型，具体那个面容易吸附积要看你的吸附体，也要看你的吸附质不同的物质不一样一般情况下，容易发生在晶面间距较大的面B、SCI设置为1000轮了,就是每次几何优化第九轮时自洽迭代不收敛,一会儿变小,一会儿变大,不收敛.Smearing为０.００５或０.０１都试了不收敛．还可以调什么参数？就是想计算表面能看选五层还是七层就可以,选层方面有其他方法确定吗?选１００面晶面间距是较大，吸附小分子ＣＯ，ＮＯ，ＮＯ２，Ｎ２Ｏ，Ｈ２ＣＨ４等应该选哪种面？C、如果这样，五层每次都是第九步不收敛，我觉得可能有一下几方面原因，（自己的拙见，仅供参考）：一、再检查一下你的结构是不是有问题，七层都可以收敛，说明你的计算机是满足要求的。不会能因为内存不足等原因。建议你先用半经验优化一下，然后再用Dmol优化，这样l优化后的结构Dmol再优化会收敛快一些，也比较容易收敛。二、循环次数你已经增大了，如果是你说的一会变大，一会变小，那就是结构在震荡，也有可能说明这个表面结构就是不稳定的。如果不行，只能调节收敛精度了。至于选层，没有什么具体要求，一般都是3－6层，这样要你自己计算，一般都是把基层都优化以下，看看表面结构影响到几层。比如，你有优化的3层，4层结构，发现第三层、第四层对表面影响很小，计算到第三层就可以了。至于吸附，选什么面。一般情况下首先晶面间距较大的面。但也要具体问题具体分析。比如对CO，一方面看表面是C吸附，还是O吸附，还要看是金属吸附还是O吸附，他们会选择最有利于吸附的晶面。比如是金属吸附C，那就会选择含金属原子比较多的面。D、跟smearing设置有关，你可以试一下smearing从小逐渐增大，就收敛了。不过smearing太大，最后优化的构型可能会有问题。DMOL优化不收敛，一般得设置smearing，你可以看outmole文件，里面如果不收敛的话会有体系你修改什么参数的。好运36、请教用MS计算半导体氧化物的能带时怎样设置路径?用MS计算半导体氧化物的能带时,More按扭里有K点Path给出有G(000),F(00.50),Q(00.50.5),Z(000.5),B(0.500).其自动的路径是Ｇ－Ｆ－Ｑ－Ｚ－Ｇ，但是得到的能带很乱，请高手指点怎样设置路径能够好些？答：A、实际能带结构应该是4维图像，而从对称性来考虑，我们关心的仅仅是一些高对称点之间的能量分布，所以一般的结构都是给出的2维图像。再者，通常意义上能带结构中k-point的数值只有相对的意义。能带关系就是E_k关系，所以如果在CASTEP中把能带图export成数据格式的话，看到的两列数据分别是k和能量。k对应的数值如何理解，这个好像不同软件包做法并不一样。CASTEP中将所选的所有bandline也就是kpoint-path的长度定义为一，不同区域的宽度(kpoint-path)对应两个高对称点的相对距离。如果你使用的是Castep自己默认的，那么他确认的都是高对称k-point，得出的图像E和K-point应该是对应的。你可以自己设置，但是这样计算，你的出的DOS是不可用的。你检查一下你的模型是不是有问题最好能够把你的图传上，这样好分析原因B、最后的方法就是所有的点都两两相邻，比如系统有G，X，M,R四个点路径如下G－X－M－G－R－X－M－R所有的点都两两相邻这样反应能带的信息更全一些。37、请教MS里面的图怎样复制到WORD里面来?我在MS计算出的图中点复制,然后在WORD里面粘贴出来的是一些数据，请问改如何操作呢？谢谢答：1、你可以利用这些数据在Origin里作图，这种方法你可以调解坐标轴，坐标。然后把Origin里的图拷贝到Word里。2、利用MS的File菜单下的Export，将你要的图形输出为图形，好像只能输出为bmp格式，然后插入到你的Word里3、就是利用一些抓图软件，我常用的是UltraSnap，通过抓图软件将你要的图形粘贴到Word里38、请教主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化?不吝指教答：A、这个不好说要看你计算什么物质自旋极化对他们有没有影响，如果有影响必须考虑如果没有影响，或影响很小，可以忽略B、假如A2B3,是主族的,