西安交通大学实验
报告
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课程 生物信息学 实验名称 双序列比对
系 别 实 验 日 期 年 月 日
专业班级 组别_______ 实 验 报 告 日 期 年 月 日
姓 名 学号 报 告 退 发 ( 订正 、 重做 )
同 组 人_________________________________ 教 师 审 批 签 字
实验目的：1、练习使用动态规划算法进行双序列比对；
2、理解打分矩阵和参数对；
3、双序列比对结果的影响；
4、理解动态规划算法的原理。
实验步骤：
1、 RNP1 和RNP2 是否得到比对（选择至少三个（差别大的）空位罚分和延伸值来进行比对）
图1,空位罚分为10分，延伸度0.5, 图2,空位罚分5分，延伸度0.4,
结果：比对成功 结果：比对成功
图3，空位罚分1分，延伸度0.2,结果：比对成功
2、a.算法找到了RNP1 和 RNP2 的正确比对如下图。
b. 当空位开启罚分高时，结果发生什么变化
图2-1 空位罚分10，延伸度0.5时的比对结果如下图：
图2-2 空位罚分25，延伸度0.5时的比对结果如下：
对比两图可发现，当延伸度维持0.5不变，空位罚分由10上升到25，其比对结果未发生明显变化,当延伸度维持1和2同样操作后仍未发生明显变化。当开启高空位罚分时，应该出现的结果是，两条序列的比对中间隔空位数变多，但在实验中的结果没有差别，这可能是由于比对的两条序列同源性太高所致。
C、当空位延伸罚分高时，结果发生什么变化
图2-3 空位罚分为1，延伸度罚分为0.5时，比对结果如下：
图2-4 空位罚分为1，延伸罚分为5时，结果如下：
对比两图可发现，当空位罚分为1时，延伸度罚分由0.5上升到5时，结果同样无明显变化。当开启高空位延伸罚分时，应该的结果是，两条序列中出现的连续空位数变多，但在实验中的结果没有差别，这可能仍是由于比对的两条序列同源性太高所致。
d. 为什么k 个连续的空位罚分要小于k 个间隔的空位罚分
答：在两条序列的比对过程中，如果一条序列发生了一个或多个字符的连续删除演化事件[11],那么必然会在另一条序列中出现一个或多个字符的连续插入与删除,随之产生了相应的空位罚分规则[12].因为在连续的插入与删除事件中,可将多个字符的插入与删除看成是一个进化过程,因此其进化的难易程度就比多个字符的单独插入与删除的难度小得多,按照这种进化推理,我们很容易得出其空位罚分规则: w=K+k×(L-1)
其中K为开放空位罚分,k为扩展空位罚分,L为空位长度.参数k
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