怎样用seqman看测序结果
怎样用seqman看测序结果
1打开seqman软件，点file，点New，点。
2弹出新的对话框，点击
。
找到测序文件所在文件夹，在文件类型中选中
，选中四个测序结果
，点“打开”，再点done。
3再点Assemble。软件就会自动拼装序列。
。
4，加入我们已知的参考序列(就是NCBI下下来的那个)。点菜单栏的sequence
中的Add One，找到参考序列所在文件夹，单击它(这里我命名的叫Amplification
product)，打开。就谈加了一个参考序列。
5，双击，弹出框框。
看到小灰色箭头了吗，每个都单击一下。就会出现以下详细资料。
的反
后向端 测
序
参考序列
的正
前向端 测
序
红色峰代表T，蓝色代表C，绿色代表A，黑色代表G 。
大部分的峰是清晰，比如这样的峰。但是有小部分的峰是不清楚的，比如这样的
峰。
清晰的峰可以判断这个碱基，但是不清晰的峰我们一般不判断，就省略过去，
因为不清晰的峰不大可信。
这里要提一点的是，华大小规模测序用的是SANGER法，这种方法有个弊端就
是靠近引物一端的大约20-50个碱基的峰图是可能不清楚，之后的才很清晰。
我说这个话，其实可以通过图里就能反映出来。注意看上面两个，第一个是8
号PCR产物的反向测序，第二个是9号PCR产物的反向测序(就是由后引物那
边测过来的)。第三、第四个分别是8号、9号个体的正向测序。
那我们来看看反向测序的情况
前反
端向
测
序
的
参考序列
后正
端向
测
序
的
是否看到，反向测序的开头和之前正向测序的开头也一样呢,也是开始的地方不
清楚。这是必然的。
那个参考序列在中间。我们可以看到凡是能判断的序列，和参考序列是99.99%
一致的。说明，我们扩增出来的PCR产物是可信的，就是预期的片段位置。
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