VENUS软件使用
指南
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2009年7月中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心1目录VENUS软件使用指南......................................................................................................1 目录...............................................................................................................................................2 1.软件介绍..................................................................................................................................3 2.软件的安装与测试..................................................................................................................3 安装方法.......................................................................................................................................3 2.2测试结果............................................................................................................................4 3.软件的运行使用方法..............................................................................................................4 4.用户建议................................................................................................错误！未定义书签。 21.软件介绍VENUS(VisualizationofElectron/NUcleardensitiesandStructures)程序进行晶体结构和电子/核密度（即可以来自X-射线或中子衍射，也可以来自WIEN2k，GAMESS，VASP（或其图形界面MedeA），ABINIT，Gaussian和SCAT的电子结构计算）的3D显示和操作。它还可以显示GAMESS，ABINIT，Gaussian和SCAT计算的静电势和波函。此外，VENUS还包含两个用最大熵方法(MEM)的程序，用于三维显示电子密度，核密度和Patterson函数。VENUS由四个独立的程序组成：VEND显示电子密度和核密度，VICS显示晶体结构，PRIMA进行迭代MEM分析，ALBA进行此后的LeBail分析2.软件的安装与测试安装方法文件准备1、从http://science.shinshu-u.ac.jp/~chemstaff/muki/topics/VENUS/index-en.html下载venus-full.tar.bz2包。2、从http://www.vinelinux.org/index-en.html下载Vine31-i386.iso系统镜像。3、从网上下载Mesa-glut-3.0-4.i386.rpm包。4、从VMware官方网站下载VMwareWorkstation的试用版本，Windows和Linux的均可（这里假设下载的是Windows平台下的试用版本）。5、从VMware官方网站下载VMwareVMPlayer的Linuxx86_64版本，这里为VMware-Player-2.5.1-126130.x86_64.rpm。虚拟机制作1、安装VMWareWorkstation，然后在虚拟机中安装Vine31-i386.iso，这里记为Vine_Linux_3.1（用户名/密码：root/111111和lenovo/lenovo）。2、将Mesa-glut-3.0-4.i386.rpm上传至Vine_Linux_3.1中并安装。3、将venus-full.tar.bz2上传至Vine_Linux_3.1，解压即可。4、关闭虚拟机，将虚拟机文件打包压缩以便分发。虚拟机分发1、将下载的VMware-Player-2.5.1-126130.x86_64.rpm上传至可视化节点之上（这里为v3904）并安装。2、将打包压缩的虚拟机文件也上传至v3904，这里目录为/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/VENUS。至此，VENUS安装结束。2.1安装所需文件VENUS目录：/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/VENUS2.2测试结果3.软件的运行使用方法虚拟机启动1、图形模式登录v3904，启动VMwarePlayer，如下图所示：图1菜单2、启动VMPlayer之后如图2所示，从“OpenanexistingVirtualMachine”中选择/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/VENUS/Vine_Linux_3.1/Vine_Linux_3.1.vmx即可。图2VMwarePlayer界面选择“Vine_Linux_3.1”，然后点击“PlayVirtualMachine”按钮即可启动虚拟机。3、以lenovo用户登录，进入/home/lenovo/VENUS/bin目录中，运行其中的VEND命令，如图3所示：图3VEND界面注意：这个vmware的镜像目录需要可写，所以到时候用的时候需要单独创建一个venus的用户来管理这个镜像。另外虚拟机的密码跟用户名一样，文档里没说；我这边直接用teminal打开，速度很慢，显示效果很差，基本没法用，也许用rgs会好些，目前我没条件测试rgs了。
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