医学信息检索

医学信息检索 医学信息检索 绪 论 本课程主要采用以问 题 快递公司问题件快递公司问题件货款处理关于圆的周长面积重点题型关于解方程组的题及答案关于南海问题 为基础的教学方法Problem-based Learning PBL通过检索理论与实践的教学使学生掌握信息检索的基础知识熟练掌握检索技能具备应用各种专业检索系统和检索工具快准全地查阅所需信息的实际技能从而为以后的学习工作生活 提供帮助 第一节 信息检索的重要性 他山之石可以攻玉但并不是每块石头都可以攻玉的信息检索就是来寻找最好石头 信息检索在科研活动中所占的比例 全世界每年出版的图 书 关于书的成语关于读书的排比句社区图书漂流公约怎么写关于读书的小报汉书pdf 有80万种以上科技期刊8万种以上发表期刊论文大于600万篇以上公开的专利说明书100多万件国际会议文献1万多件美英德日等国产生的科技报告达20万件左右科技文献浩如烟海只有具备一定的信息检索能力才能查找出有用的科技 第二节 信息素养的培养 信息素养 information literacy 信息 是指判断何时何地需要信息并有效的定位获取评价和利用信息的一系列能力的总和 包括计算机素养因特网素养媒体素养图书馆素养研究素养批判性思考的能力 信息素养主要体现在 信息意识是人们对信息需求的自觉反映即对信息的捕捉分析判断和吸收的敏感性 信息能力是人们有效快速的获取加工存储利用和传递信息的能力 信息道德是指在整个信息活动中信息创建者信 息服务提供者和信息使用者所必须要遵守的社会法律法规和行为准则 第三节 教学内容及方法 一信息检索基础知识 学习要求概念明确理解透彻 二图书馆资源利用 学习要求熟悉了解课外自学 三数据库检索 学习要求上机操作熟练掌握 四网络信息资源检索与利用 学习要求提高技能灵活应用 第一 章 信息检索基础 学习目标 1掌握信息情报文献知识的基本概念 2了解科技文献的类型特点 3掌握数据库的类型与结构 4掌握信息检索的途径步骤 5理解检索式的编写与检索策略的调整 第一节 信息情报文献知识 一信息information 英文information信息 一 词源于拉丁文Informatio是指一种陈述或一种解释理解等 《辞海》中将信息定 《现代汉语词典》的解释是对信息接受者来说事先不知道的报道 义为音信消息 香农1948美国数学家信息论创始人 香农认为信息是通信的内容是用来 消除未来的某种不确定性的东西信息的多少反映了消除了的不确定性的大小 不确定性对客观事物的不了解不肯定 维纳1950美国数学家控制论创始人 维纳NWiener将人与外部环境交换信息的过程看成是一种广义的通信过程认为 信息是人们在适应客观世界的过程中与客观世界进行交换的内容的名称是人与 外部世界的中介 信息既不是物质又不是能量信息就是信息 具有广泛 影响的定义 信息是事物存在方式运动状态及其特征的反映是事物发出的 信号消息 二情报information 《辞源》定敌情如何而报于上官者为情报 《辞 海》战时关于敌情之报告曰情报 三知识knowledge 《汉语词典》中解释为 人们在改造世界的实践中所获得的认识和经验的总和 知识 是人类对自然界 人类社会中各种现象规律的信息反映进行思维分析加工提炼经过系统化理论化 的结果也就是人的大脑通过思维重新组合的系统化的信息集合 因此系统化理 论化的信息就称为知识 四文献document 是指记录有知识的一切载体也 就是说用文字图形符号声频视频等手段记录下来的人类知识都可以称之为文献 三个要素知识信息情报 载体 文字图形符号视频 声频 一个特点 记录 信息知识情报文献四者的关系 认识 激活 信息 知识 情报 检索 记录 文献 第二 节 文献的类型 一按文献载体划分 手写型文献Hand Writing Document 人工书写或抄写而成的文献例如写在竹简帛或纸张上的古代文献书法作品原始 记录等 印刷型文献Printed Document 指以纸张为载体通过胶印铅印油印等手段形成的纸质出版物如书刊等 缩微型文献MicroForm Document 以感光材料为载体以照相为记录手段把文献缩小形成的复制文献如缩微平片缩微胶卷 缺点是使用时要借助缩微阅读器使用不方便 视听型文献Audio-visual Document 又称声像型载体是感光材料或磁性材料如录像带录音带科技电影幻灯片等 电子型文献Electronic Document 是指以数字化技术将文献存储在光磁载体上通过计算机或网络进行阅读的文献例如数据库文献和网络文献信息 二按文献出版形式划分 图书Book 期刊Journal 特种文献Special Document ?科技报告 ?专利文献 ?会议文献 ?政府出版物 ?学位论文 ? 标准 excel标准偏差excel标准偏差函数exl标准差函数国标检验抽样标准表免费下载红头文件格式标准下载 文献 ?技术档案 ?产品资料等 三按文献的加 工程 路基工程安全技术交底工程项目施工成本控制工程量增项单年度零星工程技术标正投影法基本原理 度划分 零次文献 是指未公开出版的实验记录原始录音像书信手稿口头交流的信息或实物等 一次文献 是指作者直接以自己的工作科研社会活动等实践经验为依据而撰写并公开发行进入社会流通的专著学术论文专利说明书科技报告等 二次文献 是根据一次文献外表或内容特征按照一定的规则和方法进行整理加工浓缩按一定顺序编排形成的有序化文献如各种目录索引文摘和各种书目型数据库 三次文献 是为了一定的目的和需求对大量一次文献信息中的有关内容进行综合分析提炼重新组合而形成的再生性文献如专题评述综述百科全书参考工具书等 四网络信息资源 图书馆馆藏目录 电子书刊 网络数据库 专业网站 网络检索工具 网络信息导航 其它类型信息 五科技文献的发展特点及趋势 数量庞大增长迅速 交叉渗透分散重复 语种不断增多 新陈代谢频繁老化速度加快 文献发表的时间滞后严重 交流传播速度加快 文献分布既集中 文章的质量下降 日益像缩微化声像化 第三节 数据库的类型和结构 数据库的定义 计算机把大量相关的数据项有机地集中起来存放在数据文件中构成一个存放数据的整体即数据库 一数据库类型按内容分型 一书目数据库 Bibliographic Databases 存储文摘题录目录等书目数据的一类数据 库又称为二次文献数据库 二事实数据库 Numeric Databases 存储描述人物机构事物的等非文献信息源的数据库 三数值数据库 Fact Databases 为用户提供能够直接使用的数值类信息无需再追查原文 四全文数据库 Full Text Databases 存储文献全文或节选其中主要部分的数据库可以直接获取原始资料 Image Databases 以图像为信息主体配有文字解释 记录与字段 五图像数据库 记录Record 是构成数据库的信息单元每条记录都描述了一原始信息的外表和内容特征 字段Field是记录的下级数据单位用来描述实体的某一属性 记录与字段 第四节计算机检索的途径与步骤 是根据特定的信息需求而建立起来 的一种有关信息搜集加工存储和检索的服务系统 可分为 手工检索系统 计算机检索系统 是将描述特定用户所需信息的提问特征与信息存储的检索表示进行一同的比较从中找出与提问特征一致或基本一致的信息 一 自由词检索 自由词来自于文献的标题文摘或正文是一种没有 规范 编程规范下载gsp规范下载钢格栅规范下载警徽规范下载建设厅规范下载 化的自然语言如医学词汇的简称乙肝心衰生活常用语打摆子拉肚子 特点没有严格的语法规范个人使用的爱好不同自由词选择不同乙肝乙型肝炎病毒性乙型肝炎HB等 缺点要查出所有的有关乙肝的文献需要把各种可能的用词都列出来分别查询 二 主题途径 主题词是以自然语言为基础以概念组配为基本原理并经过规范化处理表达主题的最小概念单元作为信息存储和检索依据的一种检索语言 特 点 a 词义词类词形规范保证词语与概念的唯一对应关系具有专指性 b采用参照系统显示词语之间的相关关系 参照 见 see 代 X 如 艾滋病 见 获得性免疫缺陷综合征 获得性免疫缺陷综合征 代 艾滋病 Cancer see Neoplasms Neoplasms X Cancer 相关参照参see related 被参XR c 采用主题词分类索引范畴表或树状 结构显示词语之间的等级从属关系增强了族性检索能力 如Metabolic Diseases 代谢疾病 Acid-Base Imbalance 酸碱失衡 Achlorhydria胃酸缺乏 Acidosis 酸中毒 Acidosis Lactic 酸中毒乳酸性 d组成主题词表 如 简称 MeSH 《汉语主题词表》CMeSH e具有组配组合功能 概念相交组配 胃溃疡 消化性溃疡出血 出血性胃溃疡 概念限定组配 卡托普利 胃溃疡 十二脂肠溃疡 治疗应用 概念并列组配 消化道溃疡 检索举例冠心病的治疗 自由词 三分类检索 根据文献内容在学科分类体系中的位置作为文献信息的检索途径它的检索标识是分类号是一种族性检索 我国按《中国图书资料分类法》进行分类如R 医药卫生R28 中药学R5 内科学R9 药学 国外有《国际十进分类法,,,》 《杜威法,,,》 四著者检索 用文献的著者编者译者的姓名或机构团体名称编制而成的索引 按著者姓名字顺编排 书写格式 姓前全称名后缩写即用首字母 如Willian Henry Harrison ?Harrison W H Ren Shu Min ? Ren SM 五引文检索 是以被引用文献为检索起点来查找引用文献的过程 六机构检索 以机构名称为检索词来查该机构学者发表的文献 排除同名同姓 七刊名检索 检索限定刊物上发表的文献可用刊名全称或缩写 八默认检索 又称缺省检索隐含检索是指在检索系统预先设定的多个字段中进行检索 九限定检索 常用的有语种LA文献类型PT出版日期PD仅要含全文的记录full text only等 十其他检索途径 专利号检索化学物质登记号检索分子式检索 计算机检索途径的另一种划分 分类浏览 简单检索 高级检索 专家检索 二检索步骤 分析检索课题明确检索要求 用户的检索需求大致分为3类 新及时获得最新的内容对查全没有过高要求 准要解决研究中的具体问题要求检出的文献有针对性对查准要求较高 全要全面了解某一特定领域的发生发展和现状是一种回溯性检索对查全有较高要求 2选择数据库和检索途径 根据课题的学科专业范围主题内容选择合适的数据库确定检索途径 3确定检索标识构筑检索提问式 根据数据库的词表把主题内容转换成检索系统采用的检索标识和检索词并准备若干自由词 4编写检索式表达课题的检索要求然后输入计算机检索 5浏览检索结果获取全文 检索步骤图示 索取原文的方法 1 记录文献线索 2 掌握各种缩写的还原 3 向著者索取 4 利用馆藏目录公共查询系统联合目 5 利用网上全文传递服务 国家科技图书文献中心NSTL com 中国高录 等教育文献保障系统CALIS ccom PubMedOrder comgovPubMed 全国医学文献信息中心 北医大图书馆 libcomcn 解放军医学图书馆 mcom 6 利用网上出版社杂志 Springer出版社 httpspringer 提供电子全文期刊439种近400种英文刊 Amedeo group freemedicaljournals 网上有990种免费医学期刊 HighWirePress的电子期刊 com 免费标识free sitefree trialfree issue PubMedCentral pubmedcentral 7 检索网上全文数据库 中文全文数据库 1 中国期刊全文数据库CNKI com 2 万方数据库 wanfangdatacn 外文全文数据库 1 EBSCO secomt 专线访问 2 Ovid系统 gateway-diovidautologinhtml 第五节 编写检索式与调整检索策略 检索式是检索策略的逻辑表达式也称检索提问式是指计算机信息检索中用来表达用户检索提问的逻辑表达式由检索词和各种布尔逻辑算符位置算符以及系统规定的其他组配连接符号组成 一运算符 又称逻辑算符是表达检索词之间逻辑关系和限制关系的运算符号是复合检索式不可缺少的构件 一 布尔算符 1 and 称为逻辑与文字表示为and符号表示为 检索词A与检索词B用and组配提问式可写为 A and B 或者 A B 表示检索结果中每条记录必须同时含有A和B检索词增强检索的专指性缩小检索范围提高了查准率 举例逻辑运算 AND 2 or 称为逻辑或文字表示为or用符号表示为 检索词A与B用or组配提问式可写为 A or B 或者 A B 表示包含检索词A的文献或包含检索词B的文献或同时包含检索词A和检索词B 的文献均为命中文献逻辑或扩大了检索范围提高查全率 举例逻 辑运算 OR 3 not 称为逻辑非用文字表示为not用符号表示为- 检索词A与检索词B用not组配提问式可写为 A not B 或者 A – B 表示检索结果中每条记录必须包含检索词A 但不包含检索词B 排除了不希望出现的检索词缩小了检索范围提高查准率 举例逻辑运算 NOT 1一般性检索有关老年 二位置算符 near with 痴呆的文献 3一般性检索头针治疗老年痴呆的文献 位置算符表示所连接的各个检索词之间位置关系的符号在不同的系统中往往以不同的符号表示 常用的位置算符有near with等 near算符 表示此算符两侧的检索词出现在同一句子中 A near n B 表示命中记录中左右两个检索词出现在同一句子中 with算符 表示此算符两侧的检索词在命中记录中必须出现在同一字段中 A with n B 表示同时出现于篇名或文摘中但前后位置可以颠倒 以上运算符的优先次序是 NOT NEAR WITH AND OR 如果有则先运行 三字段限制符 in 检索系统中缩小或约束检索结果的方法成为限制检索常用的有特定字段的限制检索限制符为in和 例如 in 对某一指定数据项进行检索 如肝炎 in TI 用于限定性字段的检索 精确限定 如LA ENGLISH 限制符还有其他形式 py 2000 表示检索2000年前发表的文献记录 四截词符 和 后截断将截词符号放在一个字符串的右方以表示其右的有限或无限个字符不影响该字符串的检索例如immun 涉及到词的单复数作者年代同根词等方面的检索时选用后截断技术 前截断将截词符号放在一个字符串的左方以表示其左的有限或无限个字符不影响该字符串的检索例如 sighted可查到farsighted 与nearsighted 前截断只检索后缀相同的一类词常用于检索化学化工文献与复合词较多的文献 查找有关肿瘤引起的贫血的非英文文献 首先确定检索词 neoplasmscomplications并发症 anemiaetiology病因学 English 1 1687 NEOPLASMScomplications 2 179 ANEMIAetiology 3 23867 English in LA LA English 4 20 1 and 2 not 3 三检索要领与检索策略的调整 检索要领是为实现检索结果的全和 准 因为检索结果主要通过查全率查准率两个指标来进行评价 查全率系统进行检索时检出的相关文献量与系统文献库中相关文献总量的比率 查准率系统中检出的相关文献量与检出的文献总量的比率 思考如某数据库中共有 探讨吸烟与肺癌关系的相关文章1000篇而你在这个数据库中只检索出900篇而且其检索出的结果中还有100篇是不相关的那么你这次检索的查全率和查准率各是多少 提高查全率的方法 降低检索词的专指度选出一些上位词和相关词补充到检索式中 调节检索式的网罗度减少逻辑与的组配面 进行族性检索可采用分类检索或用一组同义词近义词和相关词用或连接在检索式中 采用截词技术取消某些限制过严的限制符 提高查准率的方法 提高检索词的专指度换用专指度较强的规范词或自由词 增加与连接进一步限定主题概念 限定检索词所在的可检字段用位置算符控制检索词的词间顺序与位置 限制输出文献的外部特征如限制年限语种文献类型等 用逻辑非限制与提问不相关的文献的输出 用主题词检索不用或少用自由词检索 对文献查新的建议 1 用Medline检索改为用PubMed检索 2检索PubMed与CBMdisc 数据库时除了用主题词检索外用自由词检索进行补充因为一部分最新入库的文献尚未进行主题词标引 3借用Update字段限定检索最近入库的文献 4显示检索结果时将最新文献排序在前 5进行引文检索 6检索和收集最新召开的学术会议论文 第七节 网络信息检索 一网络信息资源类型见教材P7 二网络信息资源的特性见教材P20 三获取网络信息资源的主要工具 一电子邮件 二FTP 三Archie 四Telnet 五Gopher 六Usenet 七浏览器 八搜索引擎 提高查准率的方法 提高检索词的专指度换用专指度较强的规范词或自由词 增加与连接进一步限定主题概念 限定检索词所在的可检字段用位置算符控制检索词的词间顺序与位置 限制输出文献的外部特征如限制年限语种文献类型等 用逻辑非限制与提问不相关的文献的输出 用主题词检索不用或少用自由词检索 检索式老年痴呆 检索式老年痴呆 OR 早老 性痴呆 OR 阿尔茨海姆氏病 2全面检索有关老年痴呆的文献 检索式头针 AND 老年痴呆 4全面检索有关头针治疗老年痴呆的文献 检索式 头针 AND 老年痴呆 OR 早老性痴呆 OR 阿 尔茨海姆氏病 5检索非更年期妇女内源性雌激素减少与冠心病发病的关系的文献 检索式 冠心病 NOT 更年期妇女 二 检索式编写 查全率 80 查准雌激素减少 AND 率 889 调整检索策略提高查全率和查准率 字段1 字段2 字段3 记录1 记录2 记录3 文档1 文档2 文档3 数据库 二数据库结构 顺序文档 Sequential file 以文献记录作为信息存储单元按文献记录入藏的存取号从小到大顺序排列而形成的目录式文档由于它存储有关于每篇文献的最完整信息所以通常又把它称为主文档Master File相当于印刷型检索工具的正文部分 倒排文档 Inverted file 就是把记录中一切可检字段或属性值抽出按某种顺序重新加以组织后所得到的一种文档倒排档从主文档中派生出来所以又叫做辅助文档 001专家系统在情报检索中的应用 标引词专家系统智能检索系统 002一种新的倒排档溢出处理算法 标引词倒排档溢出处理 003情报检索专家系统的特点与发展 标引词专家系统智能检索系统 004提问式中的位置算符 标引词提问逻辑式位置算符 005提问式准波兰变换算法的研究 标引词提问逻辑式准波兰变换 006 智能检索系统的设计与开发 标引词智能检索系统 001专家系统在情报检索中的应用 002一种新的倒排档溢出处理算法003情报检索专家系统的特点与发展004提 问式中的位置算符005提问式准波兰变换算法的研究006智能检索系统的设计与开发 倒排档 002 提问逻辑式 004005 位置算符 004 溢出处理 002 智能检索系统 001003006 专家系统 001003 准波兰变换 005 主文档 倒排档 信息检索系统 本质是用户的信息需求与存储 在信息集合中的信息进行比较和 选择 即匹配的过程 信息检索的原理 文献的 信息内容 主题 概念 检索者的 信息需要 信 息 检 索 语 言 标识 检索 系统 检索 结果 主题 分 析 主题 分析 标引 标引 输入 检索 输出 信息 存贮 信息 检索 主题 概念 标识 一检索途径 冠心病 冠状动脉疾病 冠状动脉粥样硬化性心脏病 冠状动脉心脏病 冠状动脉疾病 主题词 文献 治疗 治疗 《中国图书资料分类法》将人类全部知识分为五大部类 马列主义毛泽东思想哲学社会科学自然科学综合性图 其中社会科学部类分为9个基本大类自然科学部类分为10个基本大类自然科书 学部类的10个基本大类的序列如右图 N 自然科学总论 O 数理科学和化学 P 天文学地球科学 Q 生物科学 R 医药卫生 S 农业科学 T 工业技术 U 交通运输 V 航空航天 X 环境科学安全科学 Z 综合性图书 R1 预防医学卫生学 2 中国医学 3 基础医学 4 临床医学 5 内科学 6 外科学 71 妇产科学 72 儿科学 73 肿瘤学 R74 神经病学与精神病学 75 皮肤病学与性病学 76 耳鼻咽喉科学 77 眼科学 78 口腔科学 79 外国民族医学 8 特种医学 9 药学 R 医药卫生 分析课题明确检索需求 选择数据库和检索途径 确定检索标识构筑检索提问式 输入计算机 浏览检索结果 选出满意的结果 获取全文 医学信息检索 事后查明早在十多年前就有人研究出来了方法 非常简单只需在甲醇中加入2的水即可检索这篇 文献的时间是10多分钟 两个小故事 美国在实施阿波罗登月计划中对阿波罗飞船的燃料箱进行压力实验时发现甲醇会引起钛应力腐蚀为此付出了数百万美元来研究解决这一问题 南方医院曾经有位老主任为了通过测定羊水中氨基酸成分鉴别胎儿性别的课题几乎查遍了图书馆收藏的所有书刊而毫无头绪 原因没有掌握文献检索技能不知道查文献也有一套科学的方法 信息概念的发展 今天人们对信息的理解所处的时代好比牛顿之前人们对力的理解所处的时代一样那时侯动能位能的动量冲量转动惯量等等概念统统称之为力到了牛顿才把这种概念科学地区分开来并给予严密的数学形式描述 佩特利 信息具有共享性存储性和传递性价值 性时效性 情报 是指运用一定的形式传递给用户并产生效益的知识或信息 三个属性知识性传递性效用性 糖尿病的饮食治疗 糖尿病 饮食治疗 微量元素铜锰硒与克山病的关系 A C B A or B or C 简例逻辑运算 NOT 非病毒性肝炎除病毒性肝炎之外的其它肝炎 A各种肝炎 B病毒性肝炎 A NOT B