OceanCloud医疗云计算分析平台

上海海云生物科技有限公司OceanCloud医疗云计算分析平台用户手册Ver3.02018-08上海海云生物科技有限公司上海海云生物科技有限公司目录1用户登录.....................................................................................................................31.1登录及退出.........................................................................................................31.2修改用户信息和密码.........................................................................................32首页提供信息 说明 关于失联党员情况说明岗位说明总经理岗位说明书会计岗位说明书行政主管岗位说明书 .....................................................................................................53患者信息.....................................................................................................................63.1添加患者.............................................................................................................73.2修改患者信息.....................................................................................................83.3检索患者信息.....................................................................................................93.4查看患者信息详情...........................................................................................104样本信息...................................................................................................................104.1修改样本信息...................................................................................................114.2检索样本信息...................................................................................................124.3查看样本信息详情...........................................................................................125我的分析...............................................................................................................135.1建立分析的 流程 快递问题件怎么处理流程河南自建厂房流程下载关于规范招聘需求审批流程制作流程表下载邮件下载流程设计 ...............................................................................................145.2检索分析...........................................................................................................175.3查看分析详情...................................................................................................185.4.1位点分析中显示........................................................................................195.4.2筛选位点....................................................................................................196 报告 软件系统测试报告下载sgs报告如何下载关于路面塌陷情况报告535n,sgs报告怎么下载竣工报告下载 审核...................................................................................................................217分析工具...................................................................................................................227.1表型诊断...........................................................................................................227.2信息检索...........................................................................................................248数据云盘...................................................................................................................249数据配置...................................................................................................................249.1私有数据库.......................................................................................................249.3 团队管理 团队管理与情商赵玉平个人与团队管理电大个人与团队管理形考团队内部培训管理制度企业销售团队管理研究 ...........................................................................................................26上海海云生物科技有限公司1用户登录1.1登录及退出在下图的对应框中中输入用户名和密码。进入首页。点击右上角的出现个人中心选项和注销选项，选择注销，可以退出当前账号。1.2修改用户信息和密码上海海云生物科技有限公司点击右上角的出现个人中心选项和注销选项，选择个人中心选项，进入如下页面。在此处可以修改用户信息，包括上传头像，修改昵称等等，其中用户名不可修改。修改后选择确定，可以保存修改。点击修改密码，进入如下页面。上海海云生物科技有限公司2首页提供信息说明点击版块，可以快捷地进入“样本分析”的“报告管理”中。点击版块，可以快捷地进入“样本分析”的“我的分析”中。上海海云生物科技有限公司点击版块，可以快捷地进入“样本分析”的“患者信息”中。点击版块，可以快捷地进入“样本分析”的“样本信息”中。在版块中，点击分析项后面的可以直接进入该项分析的详情页面。3患者信息在目录索引中点击患者信息，如下：上海海云生物科技有限公司进入如下页面：3.1添加患者点击右上角的，弹出如下窗口。上海海云生物科技有限公司在此处填写各项信息，其中患者ID为必填项，一旦确定无法再修改。填写完之后，点击窗口右下角的保存填写的信息。3.2修改患者信息点击患者条目后的弹出如下窗口上海海云生物科技有限公司在此处可以修改除了患者ID外的各项信息。修改完之后，点击窗口右下角的保存修改的信息。3.3检索患者信息在框中输入想要检索的信息，点击上海海云生物科技有限公司显示检索结果，点击进行刷新。3.4查看患者信息详情点击患者条目后的弹出如下页面：在此处显示了患者信息详情，也可以进行对包含对该患者添加分析和对该患者上传对应样本。4样本信息在目录索引中点击样本信息，如下：上海海云生物科技有限公司进入如下页面：4.1修改样本信息点击样本条目后的弹出如下窗口：上海海云生物科技有限公司在此处可以修改除了样本编号外的各项信息。修改完之后，点击窗口右下角的保存修改的信息。4.2检索样本信息在框中输入想要检索的信息，点击显示检索结果，点击进行刷新。4.3查看样本信息详情点击患者条目后的出现如下页面：上海海云生物科技有限公司在此处显示了样本信息详情。5我的分析在目录索引中点击样本信息，如下：上海海云生物科技有限公司进入如下页面：5.1建立分析的流程点击右上角的，进入如下页面：上海海云生物科技有限公司1.在中依据实际情况选择 标准 excel标准偏差excel标准偏差函数exl标准差函数国标检验抽样标准表免费下载红头文件格式标准下载 单样本分析或遗传病家系分析。2.进入，选择对应的患者。如果选择新患者则会在“患者信息”中自动新增一个患者条目录。3.点击右下角进入，选择患病状态，点击，出现SNV文件选项、fastq文件选项、已有样本选项。如果选择SNV文件选项，点击右侧的，弹出如下窗口：点击可从本机上传样本。点击可从系统提供的文件上海海云生物科技有限公司中选择样本，点击文件后的进行选中，不符合格式的文件后没有。点击窗口右下角的保存上传样本的信息。如果选择fastq文件选项，点击右侧的，弹出如下窗口仅支持从系统提供的文件中选择样本，点击文件后的进行选中，点击窗口右下角的保存上传样本的信息。如果选择已有样本选项，点击右侧的，弹出如下窗口：可以在中检索已有的样本信息，点击样上海海云生物科技有限公司本条目前的进行选中，点击窗口右下角的保存上传样本的信息。4.点击右下角进入，可以在中检索表型，也可以在左侧表型条目中直接选择，点击疾病条目前的进行选中。如果想重新选择，点击进行初始化。最后点击右下角的完成建立分析，系统进入分析工作。5.右上角的显示分析状态。5.2检索分析在框中输入想要检索的信息，点击显示检索结果，点击进行刷新。在中选择不上海海云生物科技有限公司同的状态，会显示对应状态的分析。5.3查看分析详情点击患者条目后的出现如下页面：在此处显示了分析信息详情，也包含该分析的患者对象的信息和对应的样本信息。在此处可以点击上传样本。双击进行分析说明的编辑。5.4分析结果中的位点分析和筛选点击分析详情右上角的进入位点分析页面，如下：上海海云生物科技有限公司5.4.1位点分析中显示位点被分为：四类，可分别点击查看。在表格中默认显示相关度，ACMG，小工具，染色体位置，REF，ALT，基因名称，最大表型相关度，Clinvar等相关信息，也可以点击右上角的弹出窗口，勾选需要显示的信息，取消勾选不需要显示的信息。5.4.2筛选位点1.点击右上角的，弹出如下窗口：上海海云生物科技有限公司在此处可以从等位基因频率，测序深度，基因名称，Clinvar几项进行筛选，也可以在的框中输入相关表型，或者点击在目录中勾选相关表型进行筛选。如果选择表型中选错了，可以点击右侧的删除该表型，或者点击把选中的表型全部删除。点击窗口右下角的保存上传样本的信息。2.在表格中，点击选项的下划线，可以以该项为标准对所有位点信息进行排序，点击选项右侧的，弹出筛选窗口，如下上海海云生物科技有限公司此处提供和以及对单项勾选或取消勾选的操作。点击会全部重选，点击会全部不选。点击下侧的保存此次筛选，点击可取消此次筛选。6报告审核可以按照报告的不同状态查看报告，也可以通过输入关键字进行查找或刷新上海海云生物科技有限公司，报告的状态分别按照不同的颜色显示在状态一栏中，如图：每一个报告可以分别进行预览、审核、删除操作，点击审核出现如下对话框：选择审核通过或不通过，选择填写说明后点击保存后保存审核结果。7分析工具7.1表型诊断点击表型诊断可进入分析工具中的表型诊断，页面默认自由输入，如下图：上海海云生物科技有限公司用户可以在输入框中自由输入表型，也可以选择表型树输入，如下图：点击表型前方的方框进行勾选选择，如果想要清除某些表型时，可以点击清除表型按键进行一键清除，也可以点击表型后方的叉号单独清除。如下图：可以在输入框中输入想要查询的疾病或者输入想要查询的基因上海海云生物科技有限公司7.2信息检索在输入框中输入想要检索的信息，可以对检索条件进行限制、对三类选项进行勾选。如下图：8数据云盘存储数据，点击上传数据，点击建立文件夹。键入文件的名称直接搜索想要找出的数据，进行搜索或刷新。在三个模块中存储数据，用户个人数据保存在中，公共信息存储在中，对所有用户均可见。也可以在中进行存储。9数据配置9.1私有数据库分为无效有效两种，可以通过输入数据库名称进行检索或刷新数据库上海海云生物科技有限公司，点击可以新建数据库，按照如下表格填写，创建新数据库。9.2流程配置流程配置分为私有公开，也可以通过输入分析流程名称进行搜索或刷新。可以对分析流程进行查看、复制。上海海云生物科技有限公司9.3团队管理团队管理分为我创建的团队和我参与的团队，点击创建团队，必须填写团队名称。可以查看团队详情或退出我参与的团队。