RepeatMasker网页版和命令行版使用说明〔中文翻译版〕引用自Tarailo-GraovacM,ChenN.UsingRepeatMaskertoidentifyrepetitiveelementsingenomicsequences.CurrProtocBioinformatics.2009Mar;Chapter4:Unit4.10.doi:10.1002/0471250953.bi0410s25.RepeatMasker是一款广泛应用于基因鉴定、分类和maskrepetitiveelements,包括低复杂度序列和散布重复序列.RepeatMasker通过将数据库如：Repbase中已知的重复序列与输入的基因组序列比对来搜素重复序列.在此我们描述两个基础
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,它对如何运用RepeatMasker去分析基因组序列的重复元件提供细节上的指导,而不论是通过网络界面还是通过Unix/Linux命令系统.在RepeatMasker中的序列比较通常经过cross-match程序的序列比对来实现,对于较大序列这一过程需要大量处理时间.交替协议描述的是通过应用诸如WU-BLAST这样的选择性比对程序来怎样减少处理时间.而且RepeatMasker的优势、局限和已被发现的漏洞将在此进行讨论,最后提供理解其处理结果的指南.在新的RepeatMasker程序包中添加了鉴定蛋白质序列的重复原件的程序.要运行RepeatMasker,首先要选择重复库文件〔repeatlibraryfiles〕,这一文件包含重复元件共有序列.目前,RepbaseUpdate是最大的商业性〔商购〕重复库〔freeforacademicuse〕并且包含了相当数量的包括人、啮齿动物、斑马鱼、果蝇以与拟南芥在内的生物体.生物体的库文件中没有RepbaseUpdate时,库文件会用RECON〔BaoandEddy,2002;://selab.janelia.org/recon.html>或RepeatScout<://bix.ucsd.edu/repeatscout/;Priceetal.,2005>从头产生.最新版本的RECONv.1.06已经发布并且可以从:// repeatmasker.org/RepeatModeler.html.中获得RepeatModeler程序包.RepeatMasker的序列比较常通过PhilGreen改进的cross-match<:// phrap.org/consed/consed.html#howToGet>来实现,另外也可以为了快速程序来用WU-BLAST<://info.cchmc.org/help/wublast.html;seeAlternateProtocol>来代替cross-match.一、通过网络界面运用RepeatMaskerRepeatMasker可通过:// repeatmasker.org/cgibin/WEBRepeatMasker来获得,它不像命令行版本的RepeatMasker,网络版RepeatMasker的核苷酸序列长度限制在100kb,不能分析长度超过100kb的序列〔提示会在窗口中显示〕.短于100kb的序列可以用网络版RepeatMasker来分析,其花费的时间与序列的长度相关.对于北美以外的快速服务有在德国、以色列和澳大利亚的RepeatMasker镜像.另外,如果常规分析大片段序列,最好是下载并本地运行命令行版本.重要的是,如果需分析的序列超过100kb,唯一的选择就是下载RepeatMasker并在本地运行.必需资源硬件：任意一台联网的计算机.软件：浏览器如IE或火狐浏览器文件：FASTA文件或能通过网络界面处理的收集的FASTA文件.1.点击网页浏览器,进入:// repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker.通过序列名或浏览文件下载FASTA序列文件〔最大100kb〕,或者粘贴FASTA序列〔最大100kb〕到指定的文本框.如果输入的序列包含非DNA符号或者序列太长,RepeatMasker会提示错误信息.2. 从单选框下的"returnformat"来选择结果的格式："html"或"tarfile".如果选择"html",那么结果会以一个超文本标记语言〔html.〕文件输出.如果选择"tarfile",那么结果会打包为用Unix系统"tar"协议的文档.3. 从"returnmethod"下两个单选按钮选择会送结果的方法,即："html"或"email".如果选择这一步和上述第2步都选择"html",那么所有的结果会通过窗口显示,如果过这步选择"html",而第2步却选择"tarfile",那么结果会在窗口内提供.如果选择"email",那么需要填写电子地址,以确保结果可以通过电子发送.这里以"html"为例.4.目前,可以选择点击提交序列的按钮来运行RepeatMasker,同时可选择其他选项来设置默认值.如果系统默认值不能满足需要,可继续第5到8步并按第9步提交序列.设置其他选项设置默认值后点击提交序列,结果会在窗口中展示,如图4.10.2,4.10.3,4.10.4和4.10.5.为理解结果的细节可以看参考.5. 通过点击Speed/Senitivity下的四个单选按钮来调整速度："rrush","quick","default",或"slow".注意速度和敏感度相关.比如选择"default",为了便于理解结果可以看参考.6.在下拉菜单中选择"DNAsource"的次选项,每一项等同于不同的重复原件库.比如这里的例子,其默认值是人,选择人是因为其序列来自于人类的基因组.注意如果待测序列所来自的生物体在菜单中没有,那么就必须本地运行命令行版本的RepeatMasker了,而且需要选用来自Rebase中的合适的副本文件.如果Rebase中不含合适的副本文件,那么RECON
或RepeatScout<://bix.ucsd.edu/repeatscout/;Priceetal.,2005>会从头建立重复文件.7. 在下拉菜单的一系列功能中,单选按钮和LineageAnnotationOptions下的检查框〔checkboxes〕来选择合适的选择项.这些选项不需要说明,比如选择ComparisonSpecies,与所选物种相关的世系特异性重复就会通过RepeatMasker输出.8. 在高级选项〔AdvanceOption〕的下拉菜单中,选择合适的选项.这些选项同样简单明了.比如,如果想在MaskingOption的两个选项间选择,则要么选择模糊特性,诸如"N"或"X"此类的隐藏,要么选择小写字母,这更适合于序列比对.这些细节解释和附加选项可通过右边的下拉菜单中获得.9. 点击提交序列按钮运行RepeatMasker.二、在Unix/Linux下运行RepeatMaker命令行版本的RepeatMasker为使用者提供了更多的选择,并且没有最大100kb的长度限制.要本地运行RepeatMasker需要获得RepeatMasker、cross_match和来自RepbaseUpdate的相应的重复元件库,下文有详细描述.这也是对于RepeatMasker运行快速程序WU-BLAST所必须的〔参见可选项目〕.注意：对于不熟悉Unix的研究者请参见附录1C和附录1D.必须资源：硬件：任意网络的Unix或Linux计算机软件：RepeatMasker：现在软件为开源版本V.2.1,可从:// repeatmasker.org/RMDownload.html下载.Cross_match：软件为Phred/Phrap/Consed软件安装包的一部分,同时也是对学术研究者免费的〔:// phrap.org/consed/consed.html#howToGet;alsoseeUNIT11.2〕.为PhilGreen所写〔phgu.washington.edu〕包括以下信息：〔a〕##；〔b〕同意上描述的授权条件〔描述Cross_match
要求
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〕；〔c〕研究机构或部门；〔d〕以后联系用得e-mail地址〔e-mail的获得需通过Unix电脑运行通用mail程序,因为许多程序发送的是非编码文件,而这是与一些mail程序相冲突的〕.需要注意的是获得许可需要花费大约两周的时间.RepbaseUpdate：这一数据库〔:// girinst.org/;Jurka,2001〕包含大量可选择的重复元件库,这些是运行RepeatMasker所需的.这些库对于学术研究者是免费下载的,对于需求者需要填写在线
表
关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf
格以说明要获得的数据库文件〔:// girinst.org/accountservices/register.php〕.而商业性质的使用者需要联系JolantaWalichiewicz〔jolagirinst.org〕.此外,如果要研究的基因组在RepbaseUpdate中没有合适的重复库时就需要利用RECON〔BaoandEddy,2002〕或RepeatScout〔://bix.ucsd.edu/repeatscout/;Priceetal.,2005〕来进行处理.Steinetal.<2003>使用RECON建立了线虫C.elegans和C.briggsae的重复库.RECON可以从RepeatMasker安装包中获得,有效的可用下载地址是：:// repeatmasker.org/RepeatModeler.html,另外RepeatMasker利用RepeatScout软件从新的基因组序列中标注重复家族的序列.文件：某一FASTA文件〔附件1B〕或者一批FASTA文件可以通过命令行版RepeatMasker处理,注意在这里没有文件大小的限制.例子中使用的是Caenorhabditiselegans的基因组全序列,有102,287,094bp长,下载自WormBase<:// wormbase.org>FTP站点.系统准备1、下载并安装RepeatMasker、TandemRepeatFinder〔TRF〕、cross_match、WU-BLAST和Repbase库文件.RepeatMasker为Perl文件,可以安装在任一所需根目录下.Cross_match会通过e-mail方式由作者发送给符合条件的申请者.RepbaseUpdate将给予使用者名字和密码以便下载重复数据库文件.在实例中,建立一个文件,将其命名为repeat并置于home根目录下,然后复制RepeatMasker、TRF和cross_match到这一目录下.实例命令如下：$mkdirrepeat$cdrepeat2、更改程序许可.命令：$chmoduxRepeatMasker$chmoduxcrossmatch$ln-strf321.linux.exetrf3、通过配置脚本设置路径首先,找到Perl的安装路径：$whichperl默认为：/usr/bin/perl然后更改到repeat文件目录和RepeatMasker的目录,获得现在路径的命令是：usernameRepeatMasker$pwd默认路径是：/home/username/repeat/RepeatMasker接下来按照同样的方法获得TRF和cross_match的路径.
浙公网安备 33021202002483