1.Clustlx导入序列 —>alignment->out put format 选择NEX 比对序列|| 第二选项clustalw sequence number 后面的off 改为on ，第四选项同样的改为on ——> do complete alignment ->save sequence as >from___to__ 格式为nxs格式的，备用。
2.MEGA软件同样也可以实现
2.Paup+modeltest：
打开paup，打开(execute )你自己的 *.nex文件 打开并执行所下载的modelblockPAUPb10.txt文件 Paup将运行并产生一个名为model.scores的文件。
将产生的model.scores文件与modeltest执行程序放置在相同的文件夹内，这里为C:\modeltest\Modeltest3.7 folder\bin\modeltest3.7.win。
3． 在开始－运行中输入cmd命令，确认，弹出一个dos界面的窗口，将其默认目录改为model.scores文件所在文件夹，修改方式为在dos窗口输入：cd 盘符：\filename\filename，确认，这里我们输入
cd C:\modeltest\” Modeltest3.7 folder” \bin\。带有空格的文件夹名要用双引号括起来。
4． 修改好后，在窗口内输入：Modeltest3.7.win.exe < model.scores > test.outfile，确认。在model.scores所在文件夹内产生test.outfile文件，即我们所需要的文件。文件test.outfile的文件名可以修改。
5． 用记事本打开test.outfile文件，里面列出了两种检验标准LRT和AIC分别选出的最优DNA进化模型。
6． 如果你要在paup中利用最大似然法建树，那么只需将其中一种标准的对应命令拷贝到下载的ML-serch.txt文件中标记的位置，然后用paup execute 打开你的nex文件之后执行该文件即可。或者将命令拷贝到你自己的ML批处理文件内执行。命令既是begin paup;和end;之间的部分。
7． 如果是用于mrbayes分析，不能直接拷贝上述命令。
得到的*.all.nex格式文件既是保存树的文件
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