（一）生物信息学数据库
实验目的：了解生物信息学的各大门户网站,了解数据库的
内容
财务内部控制制度的内容财务内部控制制度的内容人员招聘与配置的内容项目成本控制的内容消防安全演练内容
及结构，理解各数据库注释的含义。
1、分别读取人CDK4的核酸序列及蛋白质序列，保存FASTA
格式
pdf格式笔记格式下载页码格式下载公文格式下载简报格式下载
序列，熟悉数据库记录的flatfile格式，看懂其中的注释。
在NCBI数据库中读取人CDK4的核酸序列，步骤入下：
（1）选择核酸(Nucleotide）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。
（2）在Top Organisms中选择人（Homo sapients）
(3)在数据库出现的数据中选择合适的核酸序列，选择FASTA可以使序列以FASTA的格式显示出来。GenBank形式则显示该序列的详细信息。
（4）保存的FASTA格式序列如下
>gi|345525417|ref|NM_000075.3| Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4), mRNA
CACCTCCTGTCCGCCCCTCAGCGCATGGGTGGCGGTCACGTGCCCAGAACGTCCGGCGTTCGCCCCGCCCTCCCAGTTTCCGCGCGCCTCTTTGGCAGCTGGTCACATGGTGAGGGTGGGGGTGAGGGGGCCTCTCTAGCTTGCGGCCTGTGTCTATGGTCGGGCCCTCTGCGTCCAGCTGCTCCGGACCGAGCTCGGGTGTATGGG
(5) 在NCBI数据库中读取人CDK4的蛋白质序列，步骤入下：选择蛋白质(Protein）将CDK4输入搜索栏中，点击Search。
选择CDK4[Homo sapiens]的FASTA格式
2、2BXI
练习
飞向蓝天的恐龙练习非连续性文本练习把字句和被字句的转换练习呼风唤雨的世纪练习呼风唤雨的世纪课后练习
使用Jmol浏览蛋白质的三维结构。()先进入PDB，再查看。
无法访问此网站
3、练习使用Pubmed文献数据库
（1）Pubmed检索运算符
逻辑与：AND；逻辑或：OR；逻辑非：NOT。注：当当一个检索
表
关于同志近三年现实表现材料材料类招标技术评分表图表与交易pdf视力表打印pdf用图表说话 pdf
达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。
截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。
双引号：“ ”，表示对引号中的短语进行检索。
检索字段标识符：[tag]，tag为字段名称。 [ti]，[au]，[ta]， [la]，[pt]。常用字段组成如下：
(2) Pubmed文献数据库网址如下：
（3）Pubmed文献数据库界面如下：
（4）PubMed检索方法包括：基本检索、高级检索、主题检索、其他辅助检索。
、基本检索：
默认检索字段为主题、作者、期刊。
在检索栏里输入关键词、词(词组)或短语，其中，带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。还可以限制检索字段如liver cancer[ti]；作者：Smith J 、 Smith[au]（注2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称）。期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]； 可用期刊简称：JAMA[TA]，(The Journal of the American Medical Association)；刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉：如J HAND SURG[AM] 输入时要写成J HAND SURG AM 。截词：chemo*，复杂表达式：liver cancer AND therapy，带有摘要文献的检索 ：liver cancer AND has abstract
例如：查找关于支气管扩张剂治疗儿童哮喘的引文
关键词是支气管扩张剂、哮喘、儿童。首先将关键词输入搜索栏中，然后点击Search。
检索结果如下：
高级检索：搜索特定领域、浏览索引术语、结合搜索历史、预览搜索结果的数量。
搜索特定领域
点击Advanced
进入高级搜索界面
使用高级搜索生成器，在一个特定的搜索领域搜索，如作者、期刊名、出版如期等。
例如：搜索原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献
、
浏览索引术语
首先在All Fields的
下拉菜单中选择限定此，如Language
然后点击
其中的“—”“+”可以删除和增加限定条目。
预览搜索结果数量：使用Add to history，可以在搜索结果出现前显示找到的引文
结合搜索历史：使用高级搜索历史，可以将搜索结果合并后再以后的查询中使用。
进入Advance高级搜索中，在
中，可以看到历史搜索记录，通过点击Add，可将其合并，然后再进行搜索。
主题检索
点击MeSH Database打开主题检索界面。
使用MeSH数据库找到条目。包括副标题。出版类型、补充概念和药理作用，然后建立一个PubMed搜索。MeSH数据库可以通过MeSH主题词，副标题、出版类型。辅助性概念等进行搜索。
结果的显示、保存
结果的显示
显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。
使用显示设置（Display Setting）:可以改变引文格式；更改每页的条目数量；对搜索结果进行排序。
使用发送（Send to）：可以将引文保存在一个文件中；将引文暂时保存在剪贴板将引文永久保存在我的NCBI收藏中；E-mail引文；订购期刊文章；打印搜索结果。使用结果页面控件（esults page controls）将结果移动到另一页。
保存记录：在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。
其他辅助功能
检索策略的存储和调用：使用My NCBI(Cubby)、首先要登记注册、保存检索策略、定期浏览新的检索结果。
全文链接：点击进入所选引文
相关文献链接：
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