TheponywasrevisedinJanuary2021Xtile软件的操作
流程
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X-tile软件的操作流程由于最近在做某基因表达与预后相关性的
分析
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,对如何选择最佳cutoff值很疑惑。搜了丁香园的各大帖子,发现对x-tile如何使用并没有人分享过。经过对照软件中的操作说明,终于搞明白是怎么回事了,现分享给大家!首先,将你excel表格中的“某基因的表达值”“生存期”“删失情况”等等其他一些数据复制到文本文档中。注意:“删失情况”要写成“censored”,“uncensored”,or“unknown”形式。然后打开软件(软件下载见附件),如图点击“Analyze"进入下图:点击“file"--"open"打开刚建的“txt”文本,接着就可以进行设置了。如下图扩大来看!(下图)将“删失情况”即图中的DOD-censor,放入”censor”中,然后将“intertype”改为”DeadOfDiese”;将“生存期”即图中的”Followup-months”放入“SurvivalTime”,j将“intertype”改为你所用的时间度量,如“天”或“年”;将“表达量”即图中的”HER2”放入“Marker1”,Mark2如果没有可以不填。剩余的也可以不填。然后点左上角的“do”,选择”Kaplan-Meier”—“Marker1”.即可。接着会出现下如图所示结果。鼠标左键点击“2PopX-tilePlot”所指的矩形图,软件会自动找到最佳的cutoff值,得到两条线(两组:高表达-低表达)。鼠标左键点击“3PopX-tilePlot”所指的三角形,软件会自动找到最佳的cutoff值,得到三条线(三组:高表达-中度表达-低表达)。条形图下的X轴所指的数值即是最佳cutoff值。其余可以参照软件里的指南。写的比较业余,希望能够给大家一些帮助。